我国石刻佛教经典始于北齐。如山西太原风峪的《华严经》、山东泰山经石峪的《金刚经》、徂徕山的《般若经》等，都是北齐时代的石刻佛经。北齐的唐邕自天统四年至武平三年（西元五六八～五七二年）在今河北武安县北响堂山（即石鼓山）刻了《维摩诘经》、《胜鬘经》、《弥勒成佛经》等许多佛教经典，并且留下有名的《鼓山唐邕刻经铭》，历叙發愿刻经的原因，所刻经数及开刻起讫年月。这些石刻佛经，特別是唐邕镌刻石经的事业对后代佛教徒从事大规模的石刻佛经有很大的影响。

房山石刻佛教大藏经始于隋代，创始人为僧人静琬。静琬是北齐时天台宗二祖南岳慧思大师的弟子，他的详细身世和事迹已不可考，但刻造佛教石经是他一生中最主要的事业，这是可以肯定的。从隋大业中一直到他死时为止，约三十年时间，他的刻造佛教石经事业从未间断。关于静琬發起刻造佛教石经的文献记载，最初见于唐初唐临所著的《冥报记》中。《记》云：

「幽州沙门释智苑（按：即静琬），精练有学识。隋大业中，發心造石经藏之，以备法灭。既而于幽州北山，凿石为室，即磨四壁而以写经；又取方石別更磨写，藏储室内。每一室满，即以石塞门，用铁锢之。时隋炀帝幸涿郡，内史侍郎萧瑀，皇后之同母弟也，性笃信佛法，以其事白后。后施绢千匹及余财物以助成之，瑀亦施绢五百匹。朝野闻之，争共舍施，故苑得遂其功。………苑所造石经已满七室，以贞观十三年卒，弟子犹继其功。」

唐临《冥报记》著于唐高宗永徽年间，在有关房山石经记事部份之末，唐临自注说：「殿中丞相李玄奖（一作『奘』）、大理丞采宣明等，皆为临说云尔。临以十九年从车驾幽州，问乡人，亦同云尔。而以军事不得（往）云。」这是说，唐临早在长安就从两位同僚中听说过幽州释智苑刻造石经之事。贞观十九年（西元六四五年）他随同唐太宗到幽州，问了当地乡人，也同样说是如此，只因军事繁忙，未能亲往调查。

又，据《寰宇访碑录》著录，唐元和四年（西元八〇九年），幽州节度使刘济所撰之《涿鹿山石经堂记》亦记有静琬创刻石经之事：

「济封内山川，有涿鹿山石经者，始自北齐。至隋，沙门静琬，睹层峰灵迹，因發愿造十二部石经，至国朝贞观五年，涅槃经成。」

静琬为什么要發愿刻造佛教石经呢？佛教自东汉明帝时传入我国，由于历代统治者的提倡，至南北朝时期已极为盛行，佛教大小乘经典也大量翻译过来。随著佛教的盛行，寺院经济迅速發展起来，出家僧侣急剧增加。如南朝梁武帝时，尊佛教为国教，仅京都一地就有佛寺五百余所，僧尼十余万；北朝北齐时全境寺院竟达四万余所，僧尼三百万人之多。社会上出现如此众多的寺院和僧尼，自然就容易引起一部份非佛教信徒的反感甚至反对。因此，一些当政者为了政治和经济的原因，有时也采取了抵制佛教發展的措施。如北魏太武帝太平真君年间就曾下令诛沙门，毁神像。特別是北周武帝建德年间下令废佛教，前后三年间，关、陇地区佛法诛除几尽。建德六年（西元五七七年）武帝灭北齐后，将北齐的所有庙宇，充作王公第宅，命令三百万僧徒全部还俗。武帝的废佛运动，对佛教是一次沈重的打击，佛教史上称之为「法难」。

北魏太武帝死后，文成帝继位，立即發出敕令，再兴佛教。北周武帝死后，宣帝继位也立即允许再兴佛教。隋灭北周统一南北后，更大力提倡佛教，佛教又重新复兴起来。

但是，北魏和北周的废佛运动，在佛教徒心中还是留下了深刻的印象的。他们顾虑到说不定什么时候还会出现「法难」，考虑如何来保存佛经的问题。北周废佛时，许多手写佛经一时化为灰烬，然而北齐唐邕刻在石上的佛经却依然无恙。唐邕当时刻造石经就是由于「以为缣缃有坏，简策非久，金牒难求，皮纸易灭，于是發七处之印，开七宝之函，访莲华之书，命银鈎之迹，一音所说，尽勒名山。于鼓山石窟之所，写《维摩诘经》一部，《胜鬘经》一部……。」（《鼓山唐邕刻经铭》）这给佛教徒以很大的启發。据刘侗、于奕正的《帝京景物略》说：

「北齐南岳慧思大师，虑东土藏教有毁灭时，發愿刻石藏，閟封岩壑中。座下静琬法师承师咐嘱，自隋大业迄唐贞观《大涅槃经》成。」

关于慧思發愿刻石藏，究竟实现了没有，现已不可知。然而静琬是继承其师遗愿刻造石藏，至此已十分清楚了。静琬刻石藏的目的，则正如他自己所说的，并不是为了一时的传播佛经，而是为了一旦遭到「法难」时，可以此石经充作「经本」之用。如他在贞观二年（西元六二八年）题刻残碑上说：「冀于旷□〔刼〕，□□〔济度〕苍生，一切道俗」。在贞观八年（西元六三四年）题刻残碑上说：「此经为未来佛□〔法〕难时，拟充经本，世若有经，愿勿辄开」。又如，在新發现的《涅槃经堂题刻》残碑上说：「此堂内唯有石涅槃经一部，更无余物。本为未来悬远无佛法时，留为□〔经〕本，开生□〔慧〕目，静琬□头，愿□□〔尽未〕来」，等等。

从静琬發愿刻造到明末止，房山石经的历史，大体上可以分为四个时期。清代康熙以后虽然几次修葺云居寺，也刻了一些经碑立于寺中，但已失去石经原来锢藏以备法灭时充经本用的意义了。

第一个时期——隋唐

这一时期又可分为几个阶段，首先是隋大业中至唐初，静琬及其弟子玄导刻经时期。如上所述，静琬自隋大业中發愿刻造石藏是得到隋炀帝皇后萧氏及其弟萧瑀的大力施助的；但从现存石经及题刻中，自隋大业至唐武德之终的二十年间，未见任何题记，可能是准备时期。静琬發愿刻造石经是有计㓰进行的。他在贞观二年（西元六二八年）题刻中说：「静琬为护正法，……就此山顶刊《华严经》等一十二部。」可见他原计㓰要刻十二部佛经，《华严经》就是他最初刊刻的一部。又，刘济《涿鹿山石经堂记》说：「至国朝贞观五年《涅槃经》成」，静琬《涅槃经堂题刻》也证实了这一事实，可见《涅槃经》也是他最初刊刻的一部经。此外，现存雷音洞（即第五洞，又称石经堂或华严堂）中的《法华经》、《胜鬘经》等，历来认为是静琬时所刻之石经，如清查礼的《游𢘿题（𢘿、古莎字）、上方二山日札》中说：「石经洞宽广如殿，中供石佛，四壁皆碑石叠砌，即隋静琬法师所刻佛经也。字画端好，有欧褚楷法，无一笔残缺。」静琬最初發愿要刻的十二部经具体经名没有写明，已无法考查。然就现存可认为是静琬刻造的石经，主要有：《法华经》、《华严经》（晋译）、《涅槃经》、《维摩经》、《胜鬘经》、《金刚经》、《佛遗教经》、《无量义经》、《弥勒上生经》等。

静琬于贞观十三年（西元六三九年）入寂，继其刻造石经事业者，据辽代赵遵仁撰《续镌成四大部经记》说：

「（静琬）以唐贞观十三年奄化归真，门人导公继焉；导公没，有仪公继焉；仪公没，有暹公继焉；暹公没，有法公继焉。自琬至法，凡五代焉，不绝其志。」

关于静琬的这些后继者，佛教史籍从未见记载，只是从石经山的一些题刻中弄清了他们的一些主要事迹，至于僧仪的事迹，甚至他的全名是什么，至今尚未發现任何记载。

直接继承静琬刻造石经事业的是玄导。从保存在雷音洞门楣上的唐总章二年（西元六六九年）玄导题刻的残碑看，玄导继承静琬刻造石经事业也是很有计㓰的，而且刊刻了许多佛经。题刻云：

「……玄导……夙厕缁林……先师遗训，于此山峰□□□、楞伽、思益、佛地四部经律……愿云居□□□，群萌助施，修营……。」

由此可见，玄导承其先师遗训续刻了《大品般若经》、《楞伽阿跋多罗宝经》、《思益梵天所问经》、《佛地经》四部。同时，刻有玄导题记的经碑尚有：《胜天王般若经》、《大乘大集地藏十轮经》、《僧羯磨经》、《比丘尼羯磨经》、《佛说四分戒本》、《比丘戒本》、《比丘尼戒》、《四分大尼戒本》、《菩萨受戒法羯磨文》等。其他刻有玄导时期年月题记的经碑有：显庆六年（西元六六一年）的《心经》，麟德二年（西元六六五年）的《四分戒本》和咸亨二年（西元六七一年）的《佛说造立形象福报经》等。此外，玄奘译的《说无垢称经》和《解深密经》，虽未见题记，从字迹上看与玄导所刻诸经极为类似，很可能也是玄导时所刻。

玄导的后继者僧仪，如上所述其事迹至今不明。僧仪所处时期，可能正当武周当政。从镌刻石经的资料来看，武周当政时期房山石经虽然继续镌造，但未见刊造大部头的佛经。现存的有垂拱元年（西元六八五年）庞德相造的《金刚经》，天授三年（西元六九二年）刘行举造的《佛说当来变经》、《施食获五福报经》，长寿三年（西元六九四年）沙门正智造的《弥勒下生成佛经》和张任德造的《观弥勒上生兜率经》，长安四年（西元七〇四年）汤怀玉造的《金刚经》及《普门品》。此外还有宋小儿造的《金刚经》碑等。

其次，为盛唐开元天宝之间，惠暹和玄法主持刻造石经事业的时期。这一时期可以说是房山石经的全盛时期。据通常称为「金仙公主塔」上所保留的开元九年（西元七二一年）释玄英所撰的《云居石经山顶石浮图铭》记载，惠暹是当时云居寺的「都检校」「上座」（寺中地位最高者），玄法是「律师僧」，而同塔背面开元二十八年（西元七四〇年）王守泰所撰《山顶石浮图后记》中，记述开元十八年（西元七三〇年）金仙公主奏赐经本和施田事，其时惠暹似已入寂，而玄法已升为「都检校禅师」了。

惠暹和玄法的刻造石经事业，得到了唐玄宗第八妹金仙长公主的大力施助。据上述王守泰撰《山顶石浮图后记》记载：

「大唐开元十八年，金仙长公主为奏圣上，赐大唐新旧译经四千余卷，充幽府范阳县为石经本。又奏，范阳县东南五十里，上垡村赵襄子淀中麦田庄，并果园一所，及环山林麓，东接房南岭，南逼他山，西止白带山口，北限大山分水界，并永充供给山门所用。又委禅师玄法，岁岁通转一切经，上延宝历，永福慈王，下引怀生，同攀觉树。」

《后记》同时还载明了当时负责送这些经本的人是长安崇福寺沙门，著名的《开元释教录》著者智升。由此可见，金仙长公主当时对房山云居寺石经事业的施助，不仅送来四千多卷经本，而且㓰出大片田园山林作为刻造石经的经费。因此惠暹和玄法才有条件刻造几部大部头的佛经。同时由于雷音洞及其左右各洞已放满石经，于是惠暹和玄法又在雷音洞下开凿新堂二口（现称为第一洞、第二洞）。这在新發现的《大唐云居寺石经堂碑》残石中已得到明证。碑记云：

「初此堂之经营也，绵乎十纪，作者三人。刻贯花之言，日不暇给。……有上座暹公者，……乃购倕石，执坚钢，□峭𪩘，填深陴，……于旧堂之下，更造新堂两口。其始皆削青壁，不骞不崩，……岁聿云暮者五之。……有静流、玄法二上座者，非暹公之徒欤？……克纂前修，咸熙至愿。」

就石经贮藏情况看，惠暹、玄法时期所刻造的佛经也均藏在第一洞和第二洞内。现存石经中，属于惠暹、玄法时期刻造的主要有：开元十年（西元七二二年），幽州良乡县仇二娘造的《药师经》一卷，为范阳县进士阳子推所书，字画端好，是盛唐时期很宝贵的遗物。开元十一年（西元七二三年）幽州总管梁践惁刻的《佛说恒水流树经》、《佛说摩达国王经》。新经堂造成后，惠暹似即开始刻造大部头的《正法念经》七十卷，此经始刻于开元初年，刻成于开元十七年（西元七二九年）。继之又刻《大方等大集经》三十卷，刻成于开元二十九年（西元七四一年）。玄法时期最值得提出的是开始刻造玄奘译的巨部佛经《大般若经》六百卷。这部佛经，计刻石一千五百十二条，是石经中卷数最多的一部。这部石经从玄法时开始刻造，一直续刻到辽代才全部完成。从刻石题记看，现存第二十一条（卷九）刻于天宝元年（西元七四二年），因此推想它的刻造，可能开始于开元末年。就可见的题记所载，至天宝十三年（西元七五三年），刻至第一百六十三卷。此外，开元末年刻造的《佛顶尊胜陀罗尼经》一卷，以及现存第二洞的《大集经日藏分》和《月藏分》，从字迹上看也都是这一时期所刻之石经。

再次，为晚唐时期，其中以贞元至元和期间，云居寺住持律僧真性，得到幽州地方上，特別是幽州节度使刘济的施助，所刻石经为多。

天宝末，经安史之乱，房山石经的刻造并未停止。从现存《大般若经》第一百九十五卷至二百一十四卷的题记看，有安禄山的「圣武」、史思明的「顺天」、史朝义的「显圣」、朱泚的「应天」等年号，可以为证。其后贞元至元和间，刘济刻了《法华经》和一部份《大般若经》。据刘济元和四年（西元八〇九年）撰的《涿鹿山石经堂记》说：

「济遂以俸钱，奉为圣上（宪宗）刊造《大般若经》，以今年四月功就，亲自率励，与道俗齐会于石经峰下，……会同《华严》，……或推之，或挽之，以跻乎上方，缄于石室。」

这裡刘济说「四月功就」，容易使人误认为《大般若经》六百卷他已全部刻完。事实上，验对石经，刘济所刻的只是从卷三百前后，至卷四百十二止的一百余卷，而其中还有一些是別人捐助所刻者。刻造时间为贞元五年（西元七八九年）至元和四年（西元八〇九年）。终唐之际，这部《大般若经》约刻造到卷第五百二十左右。

晚唐时期房山云居寺刻造石经的事业，主要是得到幽州地方上的支持。所以中间虽经唐武宗会昌年间的废佛运动，云居寺一度也遭到打击而衰落，但很快又复苏起来。自大和元年（西元八二七年）至咸通四年（西元八六三年）的三十余年间，在当地官长杨志诚、史再荣、杨志荣、史元忠、史元宽、张允伸、张允皐等及其亲属们的施助下，先后刻造石经不下百余卷。但是，这些石经大部份是小部头经，而且许多是重复的，可见他们刻经并无计㓰，只是为了供养祈福而已。不过这些石经中大部份都有年月题记，经碑上下还刻著佛像供养人，为我们研究晚唐石刻艺术提供了丰富资料。

房山云居寺石经，始于隋末唐初，踵兴于盛唐，至唐末而衰落，经五代战乱，遂陷于完全停顿的状态。

第二个时期——辽

西元十世纪末，当时称为北方燕云十六州，包括房山地区，归由契丹统治，并于西元九四七年，辽大同元年，太宗耶律德光建国号大辽。辽建国后，大力吸取中原汉族文化，佛教也在鼓励之列。在辽代，除刊行足以与北宋官版开宝藏媲美的《契丹大藏经》外，房山石经事业也得到了继续發展。

辽代房山石经的续造，始于圣宗，其后兴宗、道宗继之，对刻石经尤为热衷，至天祚帝时尚维持不断。

辽初，云居寺得到保护，穆宗应历年间，在寺主谦讽的倡导下结「千人邑会」，筹集经费，大修云居寺，对石经的保护起了很大的作用。据应历十五年（西元九六五年）王正所撰之《重修范阳白带山云居寺碑》（碑额题「重修云居寺壹千人邑会之碑」）云：

「云居寺之东一里有高峰，峰之上千余步有九室，室之内有经四百二十万言。……原夫静琬之来也，以人物有否泰，像教有废兴。传如来心成众生性者，莫大于经；勒灵篇儆来刼者，莫坚于石，石经之义远矣哉！……寺主谦讽和尚，……见风雨之坏者，及兵火之残者，请以经金，遂有次序。……谦讽等同德经营，协力唱和，结一千人之社，合一千人之心，………无贫富后先，贵贱老少，施有定例，纳有常期。……故寺不坏于平地，经不堕于东峰。」

谦讽主持云居寺期间有无刻造石经，今已不可知。明周忱《游小西天记》说：「至辽统和及金明昌之际，有沙门留公、顺公亦增刻之」。石经洞外拓片有辽统和十三年（西元九九五年）题记的《般若心经》残片四块，略可见辽圣宗时代续刻石经之一斑。

关于辽圣宗、兴宗、道宗时期施助云居寺刻造石经事业的情况及所刻经数，在清宁四年（西元一〇五八年）赵遵仁所撰之《续镌成四大部经记》和天庆八年（西元一一一八年）志才所撰之《续秘藏石经塔记》中，有详细记载。赵遵仁《记》云：

「我朝太平七年，会故枢密直学士韩公讳绍芳知牧是州。因从政之暇，命从者游是山，诣是寺，陟是峰。暨观游间，乃见石室内经碑，且多依然藏贮。遂召当时耆秀，询以初迹，代去时移，细无知者。既而于石室间取出经碑，验名对数。……乃知自唐以降，不闻继造。佛之言教，将见其废耶？公一省其事，喟然有复兴之叹，以具上事，奏于天朝。我圣宗皇帝，锐志武功，留心释典，既闻来奏，深快宸衷。乃委故瑜伽大师法讳可元提点镌修，勘讹刊谬，补缺续新，释文堕而复兴，梵匠废而复作。琬师之志，因此继焉。迨及我兴宗皇帝之绍位也，……常念经碑数广，匠役程遥，借檀施则岁久难为，费常住则力乏焉办。重熙七年，于是出御府钱，委官吏贮之，岁析轻利，俾供书经镌碑之价，仍委郡牧相承提点。……」

志才《记》云：

「至大辽留公法师奏闻圣宗皇帝，赐普度坛利钱，续而又造。次兴宗皇帝，赐钱又造。相国杨公遵勗、梁公颖奏闻道宗皇帝，赐钱造经四十七帙，通前上石，共计一百八十七帙。」

由以上两碑记所述，可知最初对石经进行验名对数的是辽初涿州刺史韩绍芳。据赵遵仁《记》载，韩绍芳当时验了《正法念处经》一部全七十卷，《大涅槃经》一部全四十卷，《大华严经》一部八十卷，《大般若经》五百二十卷，合计碑二千一百三十条。就当时条件讲，韩绍芳对石经验名对数的工作是很艰巨的，但他也遗漏了许多经碑，与拓印实物的数目有很大出入。更重要的是韩绍芳将云居寺石经情况奏闻圣宗，促使了刻经事业的继续發展。志才《记》中说是「留公法师奏闻圣宗」，这可能是当时留公是云居寺住持，而当韩绍芳上奏本时，留公作为僧方代表，列名同奏上闻之故。总韩绍芳、留公主持所续刻之石经主要有：《大般若经》八十卷。《大宝积经》一部全一百二十卷。至此完成了所谓「四大部」经数。

之后，在道宗大安年间又有名僧通理续刻石经四十四帙，计碑四千八十片。上述志才《记》云：

「有故上人通理大师，缁林秀出，名实俱高，教风一扇，草偃八宏。……师因游兹山，寓宿其寺，慨石经未圆，有续造之念……。至大安九年正月一日，遂于兹寺开放戒坛，……所得施钱，乃万余镪，付门人见右街僧录通慧圆照大师善定，校勘刻石，石类印板，背面俱用，镌经两纸。至大安十年，钱已费尽，功且权止，碑四千八十片，经四十四帙。」

志才《记》末，详列通理所刻经名及帙号。通理所刻之佛典，与他以前所刻者有一很大不同。以前所刻多为大乘的经，而通理所刻则多为律和大乘论。如《大智度论》一百卷，《十地经论》十二卷，《佛地经论》七卷，《瑜伽师地论》一百卷，《显扬圣教论》二十卷，《大乘阿毘达磨集论》七卷，《成唯识论》十卷，《大乘起信论》一卷，《摩诃衍论》十卷等。由此可见，通理刻经是很有计㓰的，他补前人所刻之缺，使大乘经、律、论三藏完备。通理刻成这些石经后，大概石经山上各室已满，一时无处贮藏，暂置山下。据志才《记》述，通理入寂后，他的门人善锐，「念先师遗风不能续扇，经碑未藏，或有残坏，遂与定师（善定）共议募功。至天庆七年（西元一一一七年），于寺内西南隅，穿地为穴，道宗皇帝所办石经大碑一百八十片，通理大师所办石经小碑四千八十片，皆藏瘗地穴之内。上筑台砌砖，建石塔一座，刻文标记，知经所在。」这座标记经碑所在的云居寺南塔，后人即称之为「压经塔」。

通理之后，辽代续刻石经事业并未停止。通理的弟子善伏，从天祚帝乾统七年（西元一一〇七年）开始续造，一直到保大元年（西元一一二一年）。其间得到辽「故守太保令公陈国別胥」的施助，共刻石经十三帙，一百多卷。后来金天眷三年（西元一一四〇年）玄英及其俗弟子史君庆刻《镌葬藏经总经题字号目录》的二十七帙中，其前十三帙石经即是辽天祚帝年间所刻的。

第三个时期——金元

金代刻造石经开始于天会十年（西元一一三二年）当时涿州知州张玄征刻的《佛印三昧经》（「景」字号）等，距辽保大元年（西元一一二一年）最后所刻的《虚空藏菩萨求闻持法》（同「景」字号）等仅十一年。前述玄英等天眷三年（西元一一四〇年）刻《总经题字号目录》的二十七帙石经中，其中「覆」字以下十三帙，至「景」字的前一部分所收石经，均为辽刻，「景」字的后一部份及自「行」至「八」后十四帙，乃是金天会十年（西元一一三二年）至天眷三年（西元一一四〇年）涿州知州张玄征、刘庆余和奉圣州（今河北涿鹿）保宁寺僧玄英及其弟子史君庆等募刻的。可见金代的刻经是继续辽代的经帙而进行的。其间，于天会十四年（西元一一三六年），有燕京圆福寺沙门见嵩「因游东峰，见大岩室，遂發心续造石经一帙，名《大教王经》」（「府」帙，见同经卷十题记）。

金天眷三年（西元一一四〇年）以后，自皇统元年至九年（西元一一四一～一一四九年）间，刘庆余、玄英及史君庆等还续刻了自「刻」字至「多」字，共三十九帙。其中「刻」至「惠」三十帙是「宋朝新译经」，它和《高丽藏》入藏的自「杜」至「毂」三十帙的经目正同。这是研究宋开宝藏印行后，天息灾、法天、施护等所翻译的密教经典，以及把「宋朝新译经」与《高丽藏》、《契丹藏》入藏内容作比较的很有价值的材料。同时，这些石经多有序文和题记，也是研究唐末至辽代佛教的重要史料。

皇统九年（西元一一四九年）以后，历正隆、大定至明昌之初，约五十年间，有刘丞相夫人韩氏、张守仁、皇伯汉王等，曾刻了自「履」至「息」及「取」、「定」等共二十帙（其中「渊」、「澄」二帙系《別部阿含》，未见）。这些石经主要是：《阿含经》。此外，辽译《金刚摧碎陀罗尼经》和辽代新撰之《一切佛菩萨名号集》等也是金代所刻的。金代所刻石经除见嵩刻的《大教王经》藏于第三洞外，其余的经碑，都继续埋在压经塔下地穴内。

金末兵乱以后，房山石经事业又告停顿。元顺帝时，石经山已非常荒凉。至正元年（西元一三四一年），高丽僧慧月等从五台山来游石经山，见华严堂（雷音洞）石扉毁废，经本残缺。他读了洞门外贞观二年（西元六二八年）静琬自述刻经因缘的石刻，很受感动，遂募化修理了洞门和五个经碑而去。贾志道为撰《重修华严堂经本记》详记其始末，这是元代关于房山石经的唯一记载。由上可见，元代房山云居寺石经事业完全陷于停顿状态。

第四个时期——明

明代初期洪武年间，明太祖朱元璋曾派名僧道衍（姚广孝），前往石经山视察。姚广孝于洪武二十一年（西元一三八八年）到达房山石经山。他看了那裡的情况，惊叹静琬以来历代刻造石经事业之宏大，当时写了一首五言古诗，「镌于华严堂之壁」。之后，洪武二十六年（西元一三九三年），朝廷曾拨款修理过云居寺和石经山一次。又，据《释氏稽古略续集》卷三载：「永乐十八年三月，旨刻大藏经板二副，南京一藏，六行十七字；北京一藏，五行十五字。又旨石刻一藏，安置大石洞。向后木的坏了，有石的在。」但明代官刻石藏后来似未实现。所以明初虽然对房山云居寺和石经进行了考察、保护和修理，但并未见续造的石经。

明中期宣德三年（西元一四二八年），道教南北两派代表人物，全真教的陈风便和正一教的王至玄等，仿效佛教刻造石经的意图，募刻了道教的《玉皇经》，包括《高上玉皇本行集经髓》、《太上洞玄灵宝高上玉皇本行集经》、《玉皇本行集经纂》、《无上玉皇心印经》等四部，共刻石八块，也送至房山石经山贮藏（藏于第七洞）。此经的跋文说：

「涿鹿山云居寺，有洞室贮释梵之经，殆至万卷，故名是山为小西天焉。夫三界万灵，莫尊于昊天金阙玉皇上帝，玄功妙法，载在本行集经。正当刻金石，藏之名山，传之万世也。是以至心各捐资力，请匠镌刻《经髓》暨《经纂》及《心印经》，共为一卷，凡一千七百四十八字，置诸石室，用彰悠久。……时大明宣德三年四月吉日……。」

这些道教石经和佛教石经比较起来真是沧海一粟，但通过这次道教石经的贮藏，却可以看到明代佛道两教关系的一斑。

成化年间云居寺的住持，喇嘛僧嗔嗒㗭哩，以及附近的佛教信徒张普旺等，也曾对云居寺和石经的维护尽过力的。万历时名僧达观真可和憨山德清曾到云居寺访问，当时云居寺石经山又趋衰落。真可在《示东西云居寺僧众》中感慨地说：「涿州石经山为天下法海。自隋琬祖以来，龙象蹴踏，振扬宗教，代不乏人。逮我明，珠林鞠为草莽，金碧化为泥涂！」他于感慨之余，募缘修理了琬公塔。德清撰《复涿州石经山琬公塔院记》为记其事。

明代正式续造石经是在明末万历末年至天启、崇祯年间。当时有吴兴沙门真程劝说在北京的一些南方籍官吏、居士，如葛一龙、王思任、赵琦美、冯铨、李腾芳、董其昌、黄汝亨等刻造石经。他们集资先在北京石灯庵用小石版刻好佛经，然后送往石经山贮藏。据现存石经资料显示，这时期所刻的石经有：《四十华严》、《法宝坛经》、《宝云经》、《佛遗教经》、《四十二章经》、《大方广总持宝光明经》、《梵网经》、《阿弥陀经》等十余部。这时由于石经山上洞穴都已藏满封闭，于是又在雷音洞左边新开凿一小洞，将这些经碑藏入，洞额由董其昌题「宝藏」二字，俗称为「宝藏洞」（今为第六洞）。房山云居寺石经的刻造事业，到此才算最后结束。