正释
甲一 缘起分
乙一 叙事证信
如是我闻：一时薄伽梵游化诸国，至广严城，住乐音树下。
与大苾刍众八千人俱；菩萨摩诃萨三万六千，及国王、大臣、婆罗门、居士，天、龙、药叉，人、非人等，无量大众，恭敬围绕，而为说法。
这是列举听法的大众。本经为大乘教典，普为一切众生逗机启教，所以所列举的，有声闻众、菩萨众、人天众等。佛为众生开示法门，圆满究竟而又广大普及的。如大根器的众生，听了得大益；小根器的听了得小益。所以佛法的分別大小等类，实以行者的發心和愿行为主；若行愿广大悲切，处处以利济众生为前提，即是大乘；若行愿偏狭，时时以自了生死为大事，则为小乘；如于本经，若但求免难消灾，人天福报，不厌生死，而以世间欲乐为目的，便是人天乘。
释尊宣说本经时，第一类听众，是「苾刍众」，即行声闻法、证阿罗汉果的小乘人。这应有四众——比丘、比丘尼、沙弥、沙弥尼，或加式叉摩那为五众，不过出家众以比丘为主体，故特举为声闻乘的代表。苾刍，即比丘的异译，其主要意义为乞士。出家比丘过的是乞士生活，无论衣、食、住等，依信徒的布施来维持；同时又从佛乞法。这样，一方面向施主乞食以维持色身，另方面从佛乞法以养慧命，故名比丘——乞士。「与」会的比丘众，有「八千人」，其实不止此数，这不过约「大」比丘说。大，不是年龄老大，而是指那能精勤修学，业已断尽一切烦恼，证得无学阿罗汉果的圣者。众是众多，比丘过著团体生活，团体非一人二人，所以每称比丘为众——僧。现在，这许多大比丘们，「俱」集在一个地方——乐音树下，共听佛的说法。这并非一群乌合之众；他们有著同一的知见，同一的戒守，同一的意志，大家一心一德，共住一处，为法修行，过著和乐清净的僧团生活。
第二类听众，是「三万六千」的「菩萨摩诃萨」；此为修学大乘法门的菩萨众。大乘与小乘的界说，极简单明确，如专为独善的，自了生死的，便是小乘；若不仅独善其身，而兼度一切众生的，即为大乘。菩萨为梵语菩提萨埵的简译，此译觉（菩提）有情（萨埵）。凡有生命活动的，有情识作用的，在生死轮回中的，不论是天、人、鬼、畜、地狱，通是有情。菩萨有高度的智慧，是有觉悟分的有情，也即是有情中的觉悟者。又，在修学过程中，菩萨一面上求佛道，一面下化众生。佛的大菩提，众生——甚至小乘行者，不知希求，唯有菩萨知道希求；同时，众生的无边苦痛，也唯有菩萨肯發心伸垂救之手，给予援助，使众生获清凉法味。这是约上求与下化，智慧与慈悲，而说名菩萨。
一听说菩萨，大家就会联想到曼殊、普贤、观音、地藏等大菩萨，其实菩萨是有大小和浅深的。我们如肯学菩萨上求下化的精神，我们当下就已经是菩萨了，不过是初發心菩萨。由浅至深，从小至大，如小学一年级到大学，同样名为学生，只是学力的差別而已。所以，如人人能上求下化，人人都發菩提心，行菩萨行，人人即是菩萨。菩萨的名称极通泛，但此处所说的三万六千菩萨，是指的大菩萨——摩诃萨。摩诃是大，萨即萨埵（有情），合称大有情。经裡说，大菩萨于一切众生中，最为上首，是人中的领导者；有高超的智慧，深切的悲心，广大的行愿，成就了无边净功德法，所以说是大有情。如曼殊、观音等初地以上的菩萨，都是此中所指的大菩萨。除了三万六千大菩萨而外，应该还有许多十信、十住、十行、十回向等位次菩萨，也在会听法。药师法会的大菩萨，有三万六千，比起八千众的大苾刍，超过多多，可见学大乘法门的多于小乘。
「及国王、大臣、婆罗门、居士，天、龙、药叉，人、非人等，无量大众」。这是第三类的人天众，也可以说是大乘或小乘根性的未决定者。人中，此处举四类：(一)、国王：王为自在义，于国政权衡，有著自由自主的决定作用，故名为王。这通指一国的领袖、元首、主席、总统等。(二)、大臣：是国王的助手，协助国王处理国家政务，和卫国安民的要员，如现代政府中的院长、部长之类。(三)、婆罗门：译为净行，是印度四阶级之一，他们不事耕种，不做生意，也不做工，专门执行祭祀的职务。印度极重视祭祀，而祭祀也有一定祭法，必须聘请专门人才——祭师，方能如法举行。因此，印度社会，就产生一种地位极高的宗教师阶级——婆罗门阶级。(四)、居士：印度社会的第三阶级，叫做吠舍，也就是一种自由民，其中富有的，有地位的绅士，即被称为居士。以现代说，他们是属于资产阶级，是地主，或工商界的实业巨子。中国每称在家学佛的人为居士，这是不符印度居士本义的，不过现在已成了习惯，也就通行而解说为居家之士。以上的王、臣、婆罗门及居士，只是由四姓阶级中，举出有力量有地位的人，作为人众的代表，其他參预法会的，当然还不少。
天龙八部，属于天众。然而既说是天，何以又有龙等八部？因为，天有高级和低级的分別，有些鬼畜，因为福报大，得以受生天上，受天的统摄，所以也算是天众。八部各有名称（下文再详），今但提出天、龙二名为代表。天，即光明之义，指空界中的神明。依佛法说，有二十八天。关于龙的传说，印度与中国大致相同。据说，龙的形态跟蛇差不多，而鱼和虾蟆也可化为龙。这个世界的下雨、落雪、降冰雹，都与龙有关。龙等八部，都是守护佛的神将。如中国的寺院中，一进山门就有威风凛凛的四大天王，或二大金刚的神像，站岗一般的镇守著。这是善的护法神。八部中，也有性情暴戾、善于捣乱的不良分子，那是没有受过佛法薰陶的；受过佛法薰陶的八部，不但维护佛法，而且也乐意护卫修学佛法的善人。国王、大臣等是人，天龙八部则系非人，故经说人非人等。
释迦佛的教化众生，主要对象是人，如菩萨、比丘、国王、大臣等，都是出自人间或现人身的。天龙八部，只是护法者。他们深知佛法的好处，所以發愿护持佛法，凡是法会道场，以及修持佛法的行者，他们都乐于保护。所以他们虽属非人，佛教也非常尊重他们。不过我们总得认清，佛法是以人为中心的，天龙鬼神仅处于旁听和护法的地位，不能反宾为主，专门著重敬奉天龙鬼神，倒把人本的佛法忽视了。我们对于天龙八部，可以恭敬供养，以犒赏其热心护法的辛劳，然而绝不能皈依祂。我们的真正皈依处，是三宝；崇高而伟大的三宝，才是我们皈依的对象。
如上所说，比丘、菩萨、国王、大臣、婆罗门、居士，天、龙、药叉，人、非人等，这无量无数的法会大众，虽然身分不同，阶级不同，职业不同，而大家都能有秩序地「恭敬围绕」著佛陀，如星拱月，聚精会神地安坐那裡，谛听慈悲仁愍的佛陀「为」他们宣「说」微妙「法」门。
乙二 礼请起说
尔时，曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵，曲躬合掌。
次说缘起分的礼请起说。「尔时」，即大众围绕而听法的时候。「曼殊室利」，为文殊师利的异译；文与曼，古音相近。曼殊室利，义译妙（曼殊）吉祥（室利），在大乘佛教中，是以智慧为特德的菩萨，曾为诸佛之师。「法王子」，是菩萨的尊称。法王指佛陀，佛说『我为法王，于法自在』。法王子是菩萨，如国王的太子，是候补的国王，将来要继承王业的。曼殊室利为佛的继承者，所以称法王子。约这个意义，观音、地藏等大菩萨，实也具备继承佛陀的资格，应该也可称为法王子的，而经中为何独以此名尊称文殊？我们知道，佛果是由菩萨因行而来，菩萨因地有种种功德，而主要的是智慧；佛名觉者，也即大菩提；曼殊室利有高超的智慧，于诸菩萨中最为第一，与佛的大菩提相近，若再进一步，便是大觉的佛陀了，故经裡处处称赞他为法王子。曼殊室利有大智慧，了解法会大众的内心要求，更深知末法众生对此法门的必要；由于悲愍心的驱使，觉得应由自己来启开这一救苦法门。于是，他「承」受了「佛」的「威神」之力加被鼓励，便在广大的听众中，「从」自己的「座」位上，从容地站立「起」来。「偏袒一肩，右膝著地」，面对「薄伽梵（佛），曲躬合掌」。佛的威德，巍巍赫赫，不可思议，若无佛的威神慈悲加被，弟子们是不敢冒然启问的，恐自己的智力不够，问得不三不四；有了佛的威神力的加被，就有發问的胆量，而问题也可问得恰到好处。偏袒一肩，即露出右臂；右膝著地，即右边的膝盖靠著地面下跪；曲躬，就是鞠躬。这都是印度当时集会请法时，必用的一种崇重的礼节；为众生而向佛请法的曼殊，当然也不能例外。这些既是礼节，本不必再作解说，但佛法即事表法，所以这也是富有深义的。偏袒一肩，表示荷担佛法；右膝著地，表示下化众生；曲躬表示内心的谦恭、至诚；合掌当胸，表向于中道。有说：十指即表示十波罗蜜，和合而归中道。我们礼佛，应该这样的观想。
白言：「世尊！惟愿演说如是相类诸佛名号，及本大愿殊胜功德，令诸闻者业障销除，为欲利乐像法转时诸有情故。」
上文是曼殊从意业而现的身业的恭敬，此中请法，即表口业的清净。曼殊是大智的代表者，然而所请的法门，却为慈悲救济边事。可见慈悲须从智慧中流出，由智慧而摄导慈悲，才是佛教的真慈悲。
请法之前，曼殊先尊称一声「世尊」，以表示恭敬恳切。他接著说：「惟愿」佛为我们「演说如是相类」的「诸佛名号」，以「及」诸佛因地的「本大」行「愿」，无边「殊胜功德」。因佛曾在《阿弥陀经》，或其他经中，说过西方或其他的净土，是如何如何的微妙庄严；其土有佛，是称什么什么；其佛的本愿功德，又是何等的伟大；众生闻其名称，或称念，或忆持，便可获得无量功德等。因此，曼殊代表大众，要求世尊宣示与此相类似（如是相类）的教法。
曼殊的劝请，纯为大智慧的表现，大慈悲的流露，非自求个己的利乐，所以他又向佛表示：这是为「令」末世「诸」听「闻者」，能够因此得以「业障销除」。障是障碍，业即我们现生或过去事业所作的潜力。善业是不發生故障的；作的恶业多了，就要障我们的前途，尤其当我们要向光明的菩提道前进时，是最容易發生魔障的。例如家庭裡，丈夫要学佛，妻子不赞成；妻子要学佛，丈夫不赞成。或因身体多病，或因事务羁缠，或因恶友包围，以致错失学佛的机会。或者愚痴不信佛法；或信佛法而家庭太穷，受著生活的鞭策拖累，无法抽身，于是永远陷在苦痛中，不能自拔。要弥补这些人生缺陷，只有修学净土（非专指西方）法门，时常念佛，与佛接近，就会消弭业障，增长善根，渐渐远离了逆境，恶人；得遇顺利环境，善人，受善者的引导，步上正途，生活于佛法的光明中。
佛在世时，是正法时代，众生的智慧利，业障轻，修学佛法易得受用，大多能获得果证。但过千年，到了像法时代，佛法都走了样，变了质，到处是一些相似的佛法；所以名像法。其时众生的善根浅薄，智慧暗钝，业障深重，苦难多而不易修学。所以这净土念佛法门，佛住世时原可不一定说（初五百年正法时代，净土念佛法门不大流行，就由于此），然「为欲利乐」那些福慧浅薄、烦恼特重的「像法转时」的一切「诸有情」之「故」，不得不劝请佛陀，慈悲哀愍而为敷演了。
佛灭千年后，为像法时代；两千年后，即从像法转入末法时代，也就是我们这个时代。众生的善根越来越浅，烦恼越来越重，修行了生死者少，而苦痛愈来愈多。佛为慈济这些众生，所以应曼殊的请求，开示这简易的药师净土法门。
尔时，世尊赞曼殊室利童子言：「善哉！善哉！曼殊室利！汝以大悲，劝请我说诸佛名号，本愿功德，为拔业障所缠有情，利益安乐像法转时诸有情故。汝今谛听，极善思惟，当为汝说。」
上由曼殊室利代表启问诸佛名号及本愿功德，今佛允许开示。
当代众请法的「时」候，「世尊」便「赞」叹「曼殊室利童子」说：「善哉！善哉！」即是说：好极了！好极了！因为菩萨的劝请，不但适应众生的需要，而且契合佛陀救世的悲怀，所以世尊对他频频称许。
上称曼殊菩萨为法王子，此地又称他是童子。童子的含义，略说两点：一、约世俗说：菩萨都是随应众生而现身的，没有一定的形相；为什么样的众生，就示现什么样的身相，一切都是为了适应众生。不过，在诸大菩萨中，曼殊多示现童子相；如观音菩萨，多现女人身，虽然他有三十二应。曼殊菩萨的道场，据《华严经》说，是在印度东北的清凉山，中国佛学者，一向肯定即山西五台山。从前无著文喜禅师，因仰慕曼殊菩萨，特地从老远的南方，到北方去參拜，结果是走遍全山，都不曾遇见菩萨，内心觉得非常失望，惭恨自己的善根浅薄。后来看见一个放牛的小孩，手裡牵著一条牛，引导他去參见一位老者。禅师因遇不到曼殊菩萨，心裡总有些怏怏不乐，可是等到与他们晤谈后，忽然小孩变了相，骑在一头狮子身上，显然就是曼殊菩萨。这一公案，见于中国的佛教传记。曼殊示现童子相的事迹，在中国很多。
二、约胜义说：菩萨修行，进入高阶段的时候，有一位次叫童子地（即第九地）。童子有良好的德性，一切是那么天真、纯洁，那么热情、和乐，易于与人为友，没有记恨心，不像世故深的成人，那么虚偽、冷酷、无情。菩萨修到那阶段，洋溢著慈悲与智慧，热情与和乐，内心纯净，故以童子形容菩萨，表征菩萨的纯洁、天真、高尚、热情、和乐的美德。
佛因曼殊童子问法，极为扼要、恰当，所以称赞他，接著便说：「曼殊室利！汝以大悲」心，「劝请我」广「说诸佛名号」及「本愿功德」；这是「为」了要救「拔」那些受「业障所缠」的「有情」，及「利益安乐像法转时」一切「有情」之「故」。这本为曼殊菩萨请说的话，现在佛把话重提一遍，以赞美印可他所问的合理。
缠，如绳索綑缚；人有了业障，受业障的牵制，就像被绳子纠缠住一样，不得自由。拔，即拯拔、救拔。众生受业障的缠缚，陷入生死苦痛泥泞之中，无力自拔，今由曼殊菩萨的悲愍，请求释尊开示诸佛圣号及本愿殊胜功德，使众生听闻以后，能够依法受持，以挣脱业障的桎梏，跳出苦难的深渊。
谈到业障所缠，陡然想起：前天有位居士告诉我，某公司，最近有一个人跳楼自杀，谁也找不出他自杀原因。听说这几天，他常觉得有两个什么人跟著他。近乎这类的事情，实在很多。这不一定是非人所逼，大都是自己的业障现前。由于现世恶业，或宿业所缠，才有种种灾难、种种不如意的遭遇。曼殊请佛说净土法门，就是要拔除这些业障，使人类过著自由、安乐的生活。
佛对曼殊的启请，先赞叹他所说的合理，后即允许他说：「汝今」可以静心「谛听」，同时更须「极善思惟」，我「当为汝」宣「说」。
谛听，即细心地、聚精会神地听；极善思惟，是要善巧地思考，将已听过的，用智慧加以抉择、思辨、审察。我们若听经闻法，最低限度应做到这两点：第一、集中精神，专心一意地听；第二、听闻以后，好好地思考一下，才能得到更深刻的理解。儒家教人治学，也要『慎思明辨』，何况佛法？《般若经》曾说：有的人听了佛法觉得无味；有的虽乐意听法，但不留心，听过便忘；有的人虽能记得，但不加以思惟考察。这都是我们的宿习。如我们这一生听经不感兴趣，不肯用心，听了佛法，不肯深刻思惟，那么我们来生还是会这样的！所以世尊开示曼殊室利，教他谛听，教他极善思惟。佛在宣说每一部经的开始，总反复提到：『谛听！谛听！善思念之！』絮絮的叮咛策勉，实为大悲佛陀的苦口婆心！大家应该体会这点，切实遵重，切实学习，不可因为是常谈而等闲视之。
曼殊室利言：「唯然！愿说，我等乐闻。」
「曼殊室利」听了佛的叮嘱教勉，即欢喜地答覆世尊：是，是！世尊的诲导，我们当然唯命是从，现在「愿」您就「说」，「我等」弟子，都是好「乐」——极愿意听「闻」的！佛说，好乐闻法的程度，应如同饥饿的遇到美食，口渴的得到清凉饮料。我们沈沦于生死轮回之中，苦痛不堪，一旦遇到佛陀说法，慈悲救济，该是如何的欣喜呢！
甲二 正宗分
乙一 如来开示
丙一 依正行愿
丁一 总标依正
佛告曼殊室利：「东方去此过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来、应、正等觉、明行圆满、善逝、世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、薄伽梵。
从这以下，是正宗分，今分三大科，即如来开示、菩萨弘传、药叉誓护。在如来开示中，先说药师如来的依正行愿。其中又分三段，先总标依正，即标明如来的正报（佛身）与依报（佛世界）。
「佛告」诉「曼殊室利」说：从我们的「此」一世界，向「东方去」，经「过」了「十殑伽沙」那么多的「佛」国「土」，「有」一个「世界」，「名」叫「净琉璃」。殑伽沙，即恒河沙的异译。恒河，义译天堂来，是印度有名的大河，河中的沙又细又多；佛多在恒河流域一带说法，所以每说到极多时，总是举恒河沙为喻。净琉璃世界，就在我们这个世界的东边，距离了十恒河沙等佛土之远。那个国土的「佛」，「号」称「琉璃光」。净琉璃是依报世界，琉璃光是正报佛名。琉璃光一名，上文已经解释。世界名净琉璃，即常寂光净土，以究竟清净真如为体。药师如来彻底破除无明障蔽，证得最清净法界，所以约所证成的境地——国土说，名净琉璃世界；而不离法界，圆具大智慧，光明遍照，能破一切愚痴暗昧，约能证智——佛说，名琉璃光。
从如来至薄伽梵等文，是佛的十大通号。这十名，全是依佛的功德而安立的。因佛的功德太大，一名不足以表诠；同时，印度的一般习惯，凡歌颂或赞美，多用十个名词，如帝释、大自在天，都有十号，佛法循世俗习惯，也采用十种名称赞佛。
十名中，一、「如来」，已如上释。二、「应」，即梵语阿罗诃的义译。因佛功德最为圆满，应受人天供养，为人天作大福田；又应已断净烦恼；应不再受生死。三、「正等觉」，即梵语的三藐三菩提。觉即觉悟，能通达一切法相，远离一切颠倒。但说正觉，可通于小乘；大乘称正等觉，等是普遍义，即普遍的觉了一切法真性。四、「明行圆满」，旧译明行足；圆满，就是足的意思。明是智慧，行如布施持戒等万行；佛的福德智慧，自利利他功行，一切圆满具足，无欠无缺，故名明行圆满。五、「善逝」，逝，即去的意思，也就是入涅槃。小乘圣者，丢下无边苦恼众生，自己一人入涅槃，是逝而不善；大觉佛陀不离生死而证菩提，不舍众生而般涅槃，故名善逝。六、「世间解」，解是解了：对世间事理，众生苦本，苦因，以及灭苦的方法，离苦的究竟处，都明达、解了。七、「无上士」，士是士夫，佛于天上人间而独称尊，为人天的导师，故称无上士。八、「调御丈夫」，调御如马师，能把暴戾的马，训练成驯服的马。佛教化众生，无论众生的根性如何恶劣、乖戾，如何刚强难服，也能善巧调御，使他慢慢转向佛法，修学佛法而得成就。佛陀教化的方法不一，因人而异：有时慈颜爱语，赞叹鼓励，如说你行布施、持戒，功德无量，希有难得；有时则当头棒喝，诃斥一顿，如说你业障深重，愚痴无智，再不精进修行，必堕三途恶道。这等于调马，在软硬兼施的训导下，就可慢慢驯服。九、「天人师」，佛出世间，不但教化人类，也同样教化天人。有无量诸天參预法会听法，故佛为天人的教师。十、「佛」即是觉者，能究竟觉悟生命的秘奥，和觉察世出世间的种种法相。「薄伽梵」，即世尊。
至此为止，总标了东方净土的名称，及佛陀的圣号。
丁二 別陈行愿
戊一 行愿
己一 总说
曼殊室利！彼世尊药师琉璃光如来，本行菩萨道时，發十二大愿，令诸有情，所求皆得。
依正行愿中，上文已总标药师如来的国土（依报）及其名号（正报），现在要分別陈述药师如来的行愿。此科文长，又分三节，先总说。
佛呼「曼殊室利」说：「彼」东方净琉璃世界的「世尊药师琉璃光如来」，他所以证得圆满佛果，成就清净庄严的世界，即因过去生中，「本行菩萨道时」，以大悲心，「發十二大愿」，摄导众生。药师佛因地所發的大愿，不同凡夫的为了满足自我的欲求，也不像小乘的只顾自了生死，独善其身；自是慈悲心怀的流露，为了满足众生的愿欲。所以这裡说，药师如来的本行大愿，是为了「令诸有情」的「所」有希「求」，「皆」能获「得」。如希求离生死苦，成菩提乐；或求往生净土；或有病患而要求全愈；或因其他种种人生缺陷而要求弥补。如此各式各样的欲求，药师如来从他的大功德，慈悲善巧中，能随众生心所欲者，皆得满足。
因地發十二大愿，是愿力；令一切有情所求皆得，则是成佛以后，本愿功德的完满实现。佛在因地發了大愿，并非一切留到成佛以后，而是照愿心去实践，去求充实，这样，惑业渐渐蠲除，功德一天天增长，到了成佛，才究竟圆满。药师佛成大菩提时，十二广大悲愿，都能一一如期实现，就因他在菩萨因地中，对自己所發的誓愿，能随分随力，躬行实践，一步步地做去，一点点地聚积，所以他一登大觉地，一切大愿也就宣告完成了。药师是如此，弥陀等也莫不如此。我们依愿去求，确能如愿感应，这必有其感应的力量存在。偈说：『福慧资粮力，诸佛加持力，及与法界力。』愿求之所以能获成就，实有这三种力量。一、自力，即自身方面，要集有福报及智慧的资粮，特別是信愿真切。如医生给你治眼疾，要眼有复明的机能；如眼睛真的坏了，再高明的医生，也无能为力。二、佛的加被力，佛菩萨的悲愿，永远顾念著众生，光照著众生，只要众生的希求，是合理而有可能的，便都可以交感。三、法界力，一切法的本性——法界本无差別，无限碍的平等法界中，生佛平等，凡圣一致。所以众生有成佛可能性，诸佛菩萨有随感而应的可能。这样，我们若能一面依自己的福慧力，一面仗佛愿力的加被，那么，我们要求消灾免难，离苦得乐，必定可以成办。
己二 別叙
庚一 生佛平等愿
第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明，炽然照曜无量无数无边世界，以三十二大丈夫相，八十随形好，庄严其身；令一切有情，如我无异。
此下即将十二大愿，逐一分別叙说。
释尊对曼殊菩萨说：药师如来在因地所發的十二大愿中，「第一大愿」，是生佛平等愿。他立「愿」说：「我来世」证「得阿耨多罗三藐三菩提」的「时」候，「自身」能放射大「光明」，「炽然照耀无量无数无边世界」。三藐三菩提，此译正等觉。正觉通于小乘，等觉通于菩萨，故在三藐三菩提之上，又加一阿耨多罗，阿耨多罗译为无上。无上正等觉，即佛的圆满觉；佛的正觉，是最极遍照最极究竟的。平常说『放下屠刀，立地成佛』，成佛好像是很容易的。其实必须福慧资粮具足，自利利他的无边功德，都达到最高峰，最圆满的境地，才能成正等觉。修行者，只是或多或少，成就佛德的一部分而已。药师说他将来成佛时，要身放光明。光明如火燄一样，叫炽然；从佛身而遍照一切世界，这是诸佛同具的身相。如佛像后有一光圈，即是（化身）佛陀的圆光相。毘卢遮那佛，就是光明遍照的意思；大日如来，也即以太阳的光照为喻；大乘经中，常说到佛的光明，照耀无量世界。我们虽生活在这去佛时遥的末世，未见佛陀的真身，但我们仍然沐浴于佛的慈光中，只是不自觉罢了。如太阳虽悬空朗照，可是瞎子却见不到。佛光也如此，无时不照，无处不照，众生因无明烦恼的障蔽，常在光中而不见光。修学佛法的，果能精勤进修，净除烦恼的尘垢，见佛光明，或是见佛现身，那是必然之事。
药师如来证大菩提时，又「以三十二大丈夫相」及「八十」种「随形好，庄严其身」。身似琉璃光辉映彻，已显得药师如来的身相，是如何地明净！再加上这三十二相、八十随形好等，更见德相的圆满庄严。三十二相是为印度公认的大人相，特別为男子的胜相。这裡不能一一说明，略举数种来说：如佛足底的平满相，千辐轮相，佛身的紫金色相，垂手过膝相，顶髻相等，共有三十二种之多（详见法数）。这些相，依印度当时的相法，为最高贵最庄严的福德相。轮王或如来，才完满的具足。八十种随形好，是随身体的某部形态，所有某种美的特征，如佛手柔软，毛发光泽，面容丰满等。释尊当时即因德相庄严，每次出游教化，还不曾说法，便有很多人要求归依。佛法本不著相，但为了导引众生，令众生欢喜生信，所以药师如来因地中，要發愿具足这种福德庄严相。药师佛的本愿，不但希望自己身相光明，众好具足，同时还希望，「令」所有「一切有情」，皆「如」自己一样，平等平等，「无」有差「异」。这可约两方面说：一、约净琉璃世界的生佛平等说：生于东方净土，身相圆满，与佛无异。但不能说一切有情，因为现实的众生界，并不曾真的如此平等。二、约一切众生佛性说：一切众生性，本都是光明遍照，具三十二大丈夫相，八十随形好的。《如来藏经》说：一切众生皆有如来藏，光明显赫；三十二相，八十随形好，本来具足。只因众生为无明所覆，不曾开显，所以隐而不现。这要到成佛，方能如实证知。故《华严经》说：『奇哉！奇哉！一切众生皆有如来智慧德相，但因妄想执著，未能证得。』在佛的心境，照见一切众生，确是平等不二的。约这意义说，佛证得无上正等觉时，大地众生无不是佛，众生与佛平等平等。但从众生边看，众生苦恼，愚痴暗昧，于一切诸法实相，从来不知不见，痛苦流转，何能与佛平等？因此，有人说我们是凡夫，不要妄自尊大；侭管生佛平等，而我们还是众生。有人说：我们要深信自己是佛，如禅宗要人直下承当自心是佛；密宗要人起佛慢，说即身成佛。这些话，可说都有一分道理。我们是凡夫，所以要修行办道；因为有成佛的可能性，所以可修行成佛。
庚二 开晓事业愿
第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
此文与第一大愿的意义有关而用意不同。上愿重于佛的法性身，显示生佛平等。此愿重在从法性而起应化身，开晓众生。
药师如来因地所發的「第二大愿」，是说：「愿我来世」，究竟证「得」大「菩提时」（菩提，即阿耨多罗三藐三菩提的略称），「身」相犹「如琉璃」宝，「内外」都极「明」亮莹「彻」，「净」洁得没有丝毫的「瑕」疵和垢「秽」。所有的「光明广大」，豁破无边黑暗；如此「功德」庄严身，「巍巍」不动如须弥山一样，所以说：清净佛「身」，「善」于「安住」。佛身的光明炽盛，光光相照，形成一种「庄严」的「焰网」。光明遍照，「过于日月」——日月只是世间的光明，自然不及佛身的光明。
《如来藏经》曾以九喻说明众生的本有佛性，也有琉璃宝喻。众生的佛性，如清净无瑕的琉璃宝，虽藏在污染中，但它的光泽明净，依然不损分毫。懂得此理，众生的佛性身，也如琉璃，侭管流转生死淤泥中，也不失其原有的光洁。药师如来，彻底揭去无明暗影，刷除烦恼污泥，本身佛性身毕竟显發，故说身如琉璃。
药师如来的身光，照及「幽冥」的苦恼「众生」，使其痴暗心眼，「悉蒙开晓」，而能「随」著各人心「意」的「所」有「趣」求，「作诸事业」去。这段文义，约浅显说：佛放光时，住在黑暗世界，一向不见光明、不闻佛名的众生，受到佛的光明照了，就得著开晓，而随自己的意趣，做他所乐意做的种种事业。这如太阳东升，一切人都从悟而起，作工的作工，读书的读书，种田的种田，做生意的做生意，大家各事其所事。然约深密说：众生无始以来，在愚昧昏迷之中，什么都不晓得，由于佛的慈悲愿力，启發众生的智慧，便一样一样都明白起来，会做起来。古代厚生利群的發明家，可说都是佛菩萨的化身；佛菩萨在无知的众生前，每每现身开导，發明房屋、耕种、纺织、文字……；种种器具，种种正当学说，使众生知道实行。世界文化的进步，各种工巧技术，都發生于佛菩萨的慈悲与智慧之中。所以经说：若无佛菩萨出世，世间一切善法，一切资生具，就都没有了。故佛菩萨化世，不但开导众生以身心修养，也开导众生以一切知识和技能。约这个意义说，我们是无时无处，不在药师佛的智光遍照中，慈光护持中。
庚三 无尽资生愿
第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
一个人生存在世界上，为了维持生命，必须有足够的资生物——衣、食、住、行，乃至医药。这一切物质生活的受用，不仅要有，而且要多，要丰足，少了就会引生世间的诸般罪恶。譬如盗窃、劫杀、斗争……等罪恶的滋长，多因资生物的缺乏。所以药师如来的悲愿，不但要使众生获得谋生的知识和作事的能力，而且要「以无量无边」的「智慧方便」，生产多量的「受用物」资，「令」一切「有情」，凡有「所」需要的，「皆」能「得」受用「无尽」，而给大家过著富足、丰裕、安乐的生活，绝不「令众生」，对于物质的供应上，「有所乏少」，發生你有我无的现象。
《瑜伽师地论》说：菩萨学法，当于五明处求。五明，除了佛法——内明，还有工巧明、医方明、声明、因明。修学大乘菩萨行，凡有利众生的学问技能，都要学，智慧一天天求增长，到了成佛，一切功德妙法，始能圆满具备，取之无竭，用之不尽。所以大乘佛法，并不反对科学物资的增产。现代世界科学昌明，有人埋怨它是罪恶的渊薮，其实病在人类不善于运用他，这才引生严重的弊害。人类若增进德性的修养，爱人爱群，善于控制，善于运用，那么科学对人生，如机器發达，增加生产数字，提高货物品质，都是有莫大利益的！所以菩萨对于此种种有助民生的学识和技巧，不独不厌弃，而且还应该学，应该会；然后才能解除众生从物质贫乏而来的苦痛与罪恶。药师如来的第三大愿，特別著重这方面。
庚四 安立大道愿
第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立之。
第二、第三大愿，侧重于事业与物质的受用，可说是物质文明；第四大愿，即特別侧重于正知正见，也可说是精神文明。
药师如来在因地中發愿说：「若」有不信善恶因果，否认三宝功德，抹煞真理，作杀盗淫妄种种罪恶，向于地狱、饿鬼、畜生道的「诸有情」，如此失去正途而误「行邪道者」，我成佛时，「悉」皆「令」他们舍离邪道、摆脱恶趣，而永远「安住」于「菩提道中」。菩提道即是正觉道，如知善恶、因果，知有凡圣，知三宝功德，知四谛、十二因缘，修习戒定慧，不作杀盗淫妄等罪，这是共三乘法门。使众生脱离生死险恶的邪道，踏上三乘的坦途，是一种过程，而不是佛陀拯救众生的究竟目标。所以药师佛又愿：「行声闻独觉」的小「乘」行「者」，「皆」要「以大乘」究竟法门「而安立之」。听佛音声的教化而修行悟道的，名为声闻。独觉根性，比声闻者略高一著，他不待佛的教化，看见现象界无常变化，就会自己發心修行，开悟证果。过去有一国王，有天到御园中游玩，看见一棵花树，正当鲜花怒放，清香扑鼻，真是可爱极了！可是当他往別处观赏片刻而转来时，只见空枝残叶，零乱不堪。原因是被一群宫女所攀折了。因此，他得到万化无常的启示；觉得人生也是如此。一个美满的家庭，一个强盛的国家，遭遇一场灾难，一场战争，也就落得破败衰颓，令人不堪回想！从这些现象，觉悟了人生无常的真谛，而证得圣果，叫独觉。声闻与独觉，都能出生死，从此岸而登彼岸，所以名为乘。但这都是小乘，佛陀的本怀在大乘，所以药师如来在因地中，發愿要以大乘法去转化他们，使他们回小向大，会三归一，而入究竟的大乘。
《法华经》说：『佛以一大事因缘故出现于世。』这一大事因缘，即是使一切众生，尽皆悟入佛之知见。但众生根性千差万殊，好乐不一，事实上不能立即教一切众生都入佛之知见，所以释尊一面以此最高目的为原则，一面随机教化。见行于邪道的众生，即教以三乘法门；见声闻独觉停滞在自利的化城，即教以大乘究竟法门，叫他们再向前走，直至般涅槃——宝所为止。第四大愿，包括了回邪向正、回小向大。经说安立与安住，有令他永远不退转的意义。如凡夫确生出离心，向二乘圣道，即不再退回凡夫；大乘确發自利利他的广大菩提心，永向佛果而不再退心为小乘或凡夫。
庚五 戒行清净愿
第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
前四愿，依药师如来的自证功德，利乐众生；此下，因众生有了缺陷，苦痛，需要援助救济。上来是与乐，此下是拔苦。药师如来对苦难众生的悲济，以及消灾免难，将由这第五大愿起，逐一显示出来。
此愿说：将来成佛时，假「若有无量无边」的「有情」，「于我」药师佛的正「法中」，「修行梵行」。梵行，一、约一般意义说，指一切清净行（梵是清净的意思）；二、约特殊意义说，专指出家的不淫戒；三、约中义说，凡佛所制的戒行名为梵行。在药师佛土的净法中修行、受戒：不问所受的是比丘戒，或是沙弥戒，或五戒，或菩萨戒，凡參加过药师法会，听闻药师圣典，称念药师名号的众生，「一切皆令」获「得」圆满的「不缺戒」。缺就是犯戒或仅持一分；不缺即能圆满受持。比方受五戒，全部都持守得严格、清净，便是不缺；若只能持得三四戒，或部分犯轻垢罪，即是缺戒。仗药师慈光威德的加被，受戒，或受戒而有所缺犯的，都能得圆满受持。而且，都能「具」足大乘菩萨的「三聚戒」。三聚戒：一、摄律仪戒，即五戒、十戒、二百五十戒等。二、摄善法戒，如修布施、持戒等六度四摄。三、饶益有情戒，大乘菩萨一切要以利益众生为前提，若但为自利而不利他，即是犯戒。能依药师的净土法门去修，即能得到三聚戒的圆满不缺。佛法中受戒，先是未受令受，已受的令守。受了戒以后，不一定能清净严持，这是多数人难免的现象，即在佛陀时代，有的圣者也还有不能圆满受持的，何况一般烦恼深重的凡夫？因此，佛法中有忏悔法门。如只知受戒而不持，或有所犯而不知忏悔，即难得清净。所以药师如来本愿，更进一步地说：「设有」众生「毁犯」了禁戒，但由听「闻」了「我」佛的「名」字，「还」可「得」到「清净」。清净就是罪障消除；罪业消除，自然就「不堕恶趣」了。恶趣，即地狱、饿鬼、畜生的三恶道。众生因闻佛的圣号，而如法忏悔，便得免堕三途，这是药师如来的慈悲与方便，也是为了忏悔业障。称佛名号，戒行能重获清净，是方等大乘的忏悔法。然并非一听佛号就等于忏悔，必须一心一意的持佛圣号，对过往错失，至诚發露忏悔，礼拜，供养，时时摄心于佛号佛德上。久而久之，罪业自然消除，内心感受佛的光明，恢复了本来的德行清净。
庚六 诸根具足愿
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋、顽愚、盲、聋、瘖、痖、挛、躄、背偻、白癞、癫狂、种种病苦；闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
药师如来的第六大愿说：将来成大菩提时，「若」有「诸有情」，因罪业所感，致使报「身下劣」，眼等「诸根不具」足。下劣即身体矮小或衰弱，或身分不称，头大身小，身长足短，以及种种畸形。诸根不具，有外表的，如眼耳损坏，或手足残缺，或缺唇烂鼻等等；有内在的，从外表看来，身体各部完全无缺，可是事实上，耳鼻等失其功用，已属残废。还有，「丑陋」是根身的相貌不端严。「顽愚」是意根的不懂事理。眼不见物的瞎子叫「盲」；耳根失灵，听不到声音，叫「聋」。「瘖」是喉音嘶沙，语音不亮。「痖」是不会说话的痖巴。「挛」是瘸手。「躄」是跛子。「背偻」即驼背。「白癞」是大痲疯。「癫狂」即神经反常。这「种种病苦」，是世间最难医治的残疾，但听了药师如来的「名」号，或一心称念，或礼拜供养，蒙药师如来功德威力的加被，「一切皆得」到救治。令身相丑陋的转为「端正」；顽愚痴暗的也转为「黠慧」。「诸根」损缺的，也都「完具」起来。总之，挛躄等一切的疾病，受药师如来威德力的加被，也得彻底治疗，再也「无诸疾苦」。我们称佛为大药师大医王，也就是这个意思。
众生如有善根，有因缘，能依药师法门的开导去实行，确能消除一切病患；不但药师如来是如此，即释尊在世时，得到救治的病苦众生，也不知有多少呢！据佛经所载，舍卫城有一妇人，由于她的丈夫，在田作时被牛抵死；两个小孩，又在渡河时失去；房屋又因邻家失火而烧光了，她怎受得起这个打击！结果她發疯了，连衣服也不穿，赤裸著身体，到处乱跑。一天，不知怎的竟跑到祇洹精舍，她望见佛相庄严，光明显赫，心裡忽然清醒过来。看看自己一丝不挂，自觉难以为情，便蹲在地下。佛命阿难，拿件衣服给她披上。然后为她说法，开示人世无常的真理。疯妇听了佛的开示，不但疯病得以解除，而且证了圣果。
一般人只见生理上的疾患，而不知心理的病态。有些人虽长有眼睛和耳朵，但不能分辨善恶是非，不爱听正法善语，这与瞎子聋子有何差別？或虽手足具全，而懒惰不务正业，不做好事，不走正路，这与挛躄又有甚不同？或没有气节，不顾正义，一味卑躬下贱，不肯挺起脊梁做一堂堂正正的人，这岂不等于驼子？白癞是容易传染的痼疾，这如某些危害人类的不良思想，一经蔓延开去，置无数人于无可救药的苦境。从前，南印度有一位法师，在讲经席上，为大众开示饮酒得癫狂报。当时国王也在座，就起来问难说：饮酒的人占多数，何以患癫狂病的却寥寥无几？法师并不回答什么，只用手向听众指了几下。在座听法的外道们，以为法师无言可答，大家赞叹国王的智慧。但国王却领悟了，认为法师答得最妙。法师所指的，就是正在得意的外道。他们有的长年裸体；有的不吃饭，而吃野草树叶；有的不睡觉；有的冬入寒冰，而夏天在太阳中曝晒。这种思想的邪僻，行为的怪诞，实都是心理变态的癫狂病者！
药师如来發此大愿，不独愿身体有疾病、有残缺的众生，可因闻名号而得到彻底救治；即心理不健全的各种病患，也可因佛而好转过来，以获致身心端严的理想人生。
庚七 身心康乐愿
第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦，我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
此愿众生都得到健康、快乐，虽仍是基于救拔众生的病苦，不过与前稍有不同；前愿特別重在身体上的各种恶疾，而这是通泛的一般病苦，而且重视贫病。
药师如来因地中说：将来我成佛的时候，「若诸有情」受了「众病」的煎「逼」，苦「切」，同时又「无」人「救」治，「无」所「归」托。或「无」力延「医」，「无」钱买「药」；或「无亲」戚朋友，「无」父母兄弟，夫妻儿女等「家」属，可以服侍照应。如此「贫穷」如洗，而又孤独伶仃，病缠「多苦」，人生世间，真没有比这更不幸了！可是「我」药师如来的「名号，一经」那苦难众生的「耳」鼓，即得「众病悉除，身心安乐」；而且「家」庭亲「属」，「资」生之「具」，也就能「悉皆」具备「丰足」起来了。不仅如此，以闻的善根因缘，能进修福德智慧，一直到「证得无上菩提」。
称念药师如来的名号，一切病苦便可消除，这确是常事。念佛，或念观世音菩萨的圣号，获得佛菩萨的加被，因而病患得以消除，恢复健康，在我们佛教徒中，得到真实经验的，著实不少。至于没有家属，一闻佛名便可具足，这似乎不可能。须知这不是说父母死了，念佛又会复活起来；或本无家属，一闻佛名便都有了。这是说：过去由于因缘不足，福德薄劣，所以贫穷孤苦。此后，以善根福德增长，身心恢复健康，由于从事事业的努力，便能把家庭建立起来；亲属朋友，也因人缘的转好而逐渐增多。佛陀的慈悲虽极普遍，但对于孤苦贫病的众生，特別关怀，特別护念和救济。所以释尊在世时，特別倡导施医施药，救济孤独。凡身为佛子，修学佛法，须体念释迦的精神，效法药师的本愿，随分随力去做！
庚八 转女成男愿
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
药师如来的第八大愿，是说：「若有女人」，「为女」身「百恶之所逼恼」，而「极」其苦痛，「生厌离」心，「愿」意能够「舍」弃「女身」。女人的苦事多，所以说有百恶；这可分生理与心理二方面说。一、生理上的苦患：如女孩一到成年，就有月经；又如生育小孩，也是女人最感痛苦的事。二、心理上的病患：如嫉妒心、虚荣心，一般都比男子为重。三、在社会所受的歧视：女人在社会的处境，无论是家庭或社团，从过去到现在，仍未完全取得与男人同等地位；一般对于女人的轻视，还是或多或少的存在。因此，就心生厌恶，希望舍离女子的身形。药师如来为满足众生的要求，特發此大愿：若有愿舍女身的，「闻我」药师如来的「名」号，一心称念，礼敬供养，「一切皆得转女成男」，「具」足大「丈夫相」。由此修行，「证得无上菩提」。女人的希求男身，古来社会是极普遍的，可是现代的女性，对于自己，不但不生厌离心，似乎还特別满意，喜欢修饰，处处表现出自己是女人，要男人注意她；这是爱好女身的表现。据报载，美国有个百万富翁，也要动手术希望一过女人生活呢！这虽因社会的逐步接近男女平等的理想，而科学發达，医药昌明，女人特有的痛苦，如分娩等，也减轻而逐渐消除；然现代女性的地位，还是不平正的，从迷醉于物欲而来的自己爱好，其实是忘记自己了。
在大乘佛法中，男女本来是平等的。不过女人的性格，确乎要心胸狭窄，嫉妒心重些，特別讲究修饰。希望在座的女同道们！要尽可能纠正自己，学作大丈夫。经说：学大乘法，修菩萨行，要有大丈夫的精神才得。关于转女成男，据经裡说有两类：一、善根极深，厌离心切，加以精进修行，现生便可转女成男。二、依大乘法门的开导，如法修行，或称念圣号，或礼拜供养，来生定可得转。
庚九 回邪归正愿
第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔羂网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
众生不知佛法，沦堕于邪道之中，只要听到药师如来的圣号，便可脱离邪道，走上正途。没有佛法的地方，受邪道的熏染特別深。惟愿药师如来的圣号，遍化全世界，使堕于邪道的弃邪向正。
药师如来因地發愿：来世证得大菩提时，要「令」一切「有情」，都能「出」离恶「魔」的「羂网」，和「解脱一切外道」的「缠缚」。网与羂，样子差不多；捕鱼的叫网，捉兽的叫羂。迷信魔外邪说，像鱼兽被羂网罗住了一样，不易解脱出来。魔和外道的不同是：佛法以外的宗教，名外道。魔的意义是杀者，不一定是宗教，如一种主义，一种学说，可使人不信因果法则，抹煞道德价值，或是否定真理。或是使人弃高尚而向凡庸，弃身心修养而求物欲满足，害人害世的，都是魔。如有众生落在魔的羂网中，药师如来方便，使他脱出魔掌，投入佛法的怀抱；如有众生受了外道邪见的缠缚，药师佛也使他得以解脱，归向正法。不论邪魔的，外道的，通称为「种种恶见稠林」。邪恶见，如同稠密的森林，误入其中，触处荆榛葛籐，不易觅路出来。现在药师本愿，要用种种善巧方便，导「引摄」受，使出离魔外的邪见，而安「置」于佛法「正见」之中。「渐令修习」四摄六度等「诸菩萨行」，而「速」能「证」得「无上正等菩提」。
此愿是佛令众生，从魔及外道的黑暗中，奔向光明的正法。魔外的恶见力量极大，如不曾在佛法中得到不退转，都有受魔外所转的可能。从前有一比丘，看见裸体的外道，便讥笑他。佛提醒他说：不要笑他，你说不定也还要做外道呢！我们修学佛法，如未得正确而深刻的信解，得不退转，现生不落魔外，来生，也可能堕入邪网呢！必须如大乘發菩提心，小乘發出离心，得不退转，才出魔外的稠林，才可真正的欢喜！在这邪说猖狂的末世，我们要时时提高警觉，始能免于魔外的迷蒙。
庚十 从缚得脱愿
第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎迫，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
「第十大愿」，是药师如来在因地中，發大悲愿，济拔犯法受禁的众生。愿说：「若诸有情」，因犯罪或受枉而为「王法所录」。国家法律，过去称为王法；录，是受国家法律的制裁或审判。经过法律裁判，或用「绳」索綑「缚」，加以「鞭挞」；或受徒刑，「系」禁于「牢狱」中；罪更重大的，「或当」受剜手足耳目等「刑」，或遭「戮」杀——死刑。「及」其「余」种种的「无量灾难」，受欺「凌」、侮「辱」，而致「悲」伤忧「愁」，交「煎」逼「迫」，「身心」感「受」无边的「苦」楚！这些苦难，在这个时代，更加普遍。悲心深切的药师如来，愍念到众生的苦痛，所以说：受这些刑罚灾难的有情，「若」听到「我」药师如来的「名」号，由于「我」的圆满「福德」力，与广大「威神力」加被他们的缘「故」，便能「皆得解脱一切」灾难，而免受「忧」愁「苦」恼！
国家创制法律，原是为了制裁恶人，而保障善良人民的权益，维持社会的治安。社会相当复杂，人与人相处，难免發生纠纷；彼此互相猜忌，互相争执，互相欺诈，互相凌辱，一切杀盗淫妄种种罪恶，莫不于此层出无穷。所以，为社会的秩序著想，为人民的安宁著想，就非正之以法律，范之以规矩不可了。但因冤枉而受法律误害的，当然也在所不免。故上说的种种罪犯，从缚得脱，可约两方面说：一、冤枉的：过去宿业现前，受人诬告，以致被系，遭种种刑罚。像这类苦难众生，若能称念药师如来圣号，定可业障消除，得免于难。二、确是违犯国法：如匪盗的杀人掠物，扰乱国家治安；或操纵金融，破坏国家经济；邪淫，或侵占等。像这种罪犯，称念药师名号，是否也能够免难得脱？如称名而能得脱，那等于奖励犯罪了。不久以前，蒋总统就职时，有人建议大赦；消息一出，牢裡的犯人反而多起来。因为有人怀著赦免的希望，不惜为非犯罪。这样的罪人，当然是不能解脱的。不过，如罪有应得，而能于佛生净信心，惭愧心，至诚恳切的忏悔，确认错误，立愿痛改前非，这样的礼念药师如来圣号，也有得脱可能。须知国家对人民而治以法律，并非恶意，而是要人民向上；即使不得已而刑杀，也是杀一警百。所以犯罪而能真切的悔悟，约个人说，原可以不必惩处。如现在我国，订有『自首改过』的宽大法律。像这样犯罪而能虔诚忏悔，称念药师如来名号的，感应道交，也可解脱一切苦难。
庚十一 得妙饮食愿
第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身；后以法味，毕竟安乐而建立之。
「第十一大愿」说：将来我成佛时，「若诸有情」生活困难，而受「饥渴所」逼「恼」，「为」了维持生存，不择手段去追「求」饮「食」，「造」下了重大的「诸恶业」。世间饮食，不是现成而一求便到的。有知识有才能的，可用智力体力去换取，但无技能，又无资本，那从何而来此资生物呢？为了生活，不是暗偷，便是明劫，或者欺诈，或者恐吓，但这会造成社会的动乱不安，决非善事。由此，可知作恶也有两类：一是由于内心的烦恼深重；另一是环境所迫，出于不得已。如由于烦恼所驱使而造罪恶，即应从思想等去解决；若由于贫穷实在没得吃，没得穿，就得从经济方面去解决。药师如来因地發此大愿，即从解决后者著手。所以说：一切饥寒无衣无食的众生，若「得闻我名」字，依照佛的开示，「专」心忆「念」，信「受」奉「持」，那么「我当先以上妙」的「饮食，饱足其身」，然「后」进一步，「以」无上的佛「法味」，使他们「建立」于佛的正法中，得「毕竟安乐」——究竟解脱乐。
饮食只能作暂时的救济，不是解决问题的根本办法。如人的思想不正，行为放荡，不守信用，不务正业，弄到经济拮据，生活困苦，这决非救济所能解决的。如先以饮食饱其口腹，进而教以人生正行，知识技能，使生活改善，从事职业，就相对的解决了。再进行一步，令其修学佛法，在佛法丰富的宝藏中，得世间希有的无上法乐，那才是究竟的救济。古语说：『衣食足，而后知礼义。』药师如来，针对这一现实，故發此愿，先以食味，再以法味。有人说，佛法是出世的，不问人生现事，实在错误！佛法的重视现实人生乐，我们读了药师佛的本愿，便可知道。中国佛教的衰微，似乎是忽略了药师法门的救济，而专重于后世与出世佛教的弘传。所以今后的佛弟子，应多多發扬药师精神，多从事救济运动。药师如来在因地中，發了这一大愿，对于我们确为最有意义的启示。
庚十二 得妙衣具愿
第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
药师如来的「第十二大愿」，希望他将来成佛时，使一切贫苦有情，都能得种种美妙的衣服、装饰品，及娱乐用具。
「若诸有情」，因为「贫」穷困难，「无衣服」穿，也没有被褥帐子，为「蚊虻」所苦；冷天无衣御「寒」，「热」天无衣遮体。这样的「昼夜逼恼」，不胜其苦。药师如来悲愍众生，愿使这一切苦恼有情，得到安乐，所以说：「若闻我」药师如来的「名」号，「专」心称「念」，如法「受持」，那么承药师本愿功德与威神力，即能「如其」内心「所好」，高兴得什么，「即得」什么——长的、短的、厚的、薄的，「种种」高贵的「上妙衣服」。同时，「亦」能「得一切宝庄严具」，如首饰、宝石、古董、花瓶等类；还有「花鬘」、「涂香」，这都是属于严饰身体的东西。此外，还有「鼓乐」——音乐，「众伎」——娱乐所用各样器具。总之，「随」贫苦众生的「心」意「所」爱好「玩」赏的，药师如来「皆」能「令」他得到「满足」。
己三 总结
曼殊室利！是为彼世尊药师琉璃光如来、应、正等觉，行菩萨道时，所發十二微妙上愿。
以上分別说明十二大愿，现在总结。
释尊说完了药师如来的十二大愿，又呼「曼殊室利」说：这「是」「彼」东方净土的「世尊药师琉璃光如来、应、正等觉」，在因地「行菩萨道时，所發」的「十二微妙上愿」。如来、应、正等觉，如上已说，都是佛的通号。经裡对于佛号，有时具用十号，有时略称三名，有时单说一名；这裡用不广不略的三个通号。此十二愿，非一般的誓愿可比，纯由大悲心所流露的利他大愿，所以称为微妙上愿。
从十二大愿的内容看，第一大愿为生佛平等愿；此后，便是思想的正确，行为的合理，生活的丰富；缺陷的加以弥补，病患的予以救治，苦痛的予以安乐。不但著重衣食等物质生活，又注意到教育，健康，正常的娱乐，达到人类的和乐生存。学佛，决非死后才有好处。药师如来的十二大愿，启示得最为明白。所以佛法的流行世间确能领受实惠，确能适应现实人生的。
太虚大师倡导人生佛教，即侧重生活的改善、解决。这并非说专重吃饭穿衣的事，而是提示我们，要在现实人生乐的基础上，發大乘心。菩萨的精神便是为众生服务。修学佛法的，能依菩萨的精神去躬行实践，即是菩萨。大家想想，果然都遵照药师如来十二大愿的开导，和大师人生佛教的提示去做，这世界不就是净土，不就是康乐的国家，理想的社会了吗？国父倡说民生主义，说明衣食住行的重要；总统又作育乐两篇的补述。育即教育方面；乐是健康娱乐方面。药师法门，除了重视生活上的衣食住行，以及健康、卫生、娱乐而外，还特別重视思想的正确。所以药师法门的重心，在乎十二大愿，与民生主义的精神，非常吻合。我们如能以此而净我身心，建我国家；扩而大之，澄清人类的思想，纠正人类的行为，發展人间的产业等，世界和平的实现，也就有希望了。所以民国二十二年，戴院长在宝华山启建药师法会，即仰承药师如来的精神，领导大众發十二大愿。这完全是实践药师的精神，配合民生政治的要求，承药师如来的愿力，希望药师净土实现于人间。我们要依如来本愿去实行，才是真能修学药师净土法门的人。
戊二 果德
己一 说略指广
复次，曼殊室利！彼世尊药师琉璃光如来，行菩萨道时所發大愿，及彼佛土功德庄严，我若一劫，若一劫余，说不能尽。
如来在因地所修的广大行愿，已逐一说明；现在再显示证大菩提时所成就的果德。
现在要另说一论题，所以佛说，「复次」。释尊告诉「曼殊室利」：「彼」东方净土的「世尊药师琉璃光如来」，在因地修「行菩萨道」的「时」候，「所發」的广「大」悲「愿」，「及」成佛时，「彼佛」所有国「土」的殊胜「功德」，清净「庄严」，「我」（释尊自称）就是在「一劫」，或「一劫余」的时间，也「说不能尽」。劫，梵语劫波，义译为时分；有小劫、中劫、大劫。依佛法说，世界最初成立，人寿八万四千岁，百年减一岁，慢慢减到人寿十岁时，又百年增一岁，一直增到八万四千岁；这样的一减一增，名叫小劫；二十个小劫，为一中劫；八十个小劫为一大劫。菩萨的行愿无量无边，佛陀的果德，也是极广极多，这那裡说得完。所以释尊所说药师如来的本愿功德，果地庄严，都只是略说一滴而已。说来虽简略，而实是说一劫或一劫多的时间，也是说不尽的。
己二 以西喻东
然彼佛土，一向清净，无有女人，亦无恶趣，及苦音声。琉璃为地，金绳界道，城、阙、宫、阁、轩、窗、罗网，皆七宝成。亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差別。
释尊在宣说药师法门之前，已先说《阿弥陀经》，开显了西方极乐世界的净土法门；故本经关于药师的清净国土，不再加以详述，而以极乐世界为例。因为佛佛道同，佛与佛的净土，也是没有什么两样的。今说明东方净土的庄严，从二方面说：一是有情正报；二是世界依报。药师如来的净琉璃世界，自成就以来，「一向」都是「清净」的。我们的世界或起初清净，后变污秽；或最初秽染，后转清净，而东方净土则始终一如。到底怎样的清净呢？第一、「无有女人」，女人如前文所说，身有百恶。同时，有了男女即有夫妇，于是产生种种的不清净。东方药师净土，没有女人，一切都是大丈夫；换句话说，没有男女相，一律平等平等，无有男女差別。第二、「无恶趣」，一切恶趣都是罪业所感，而往生净土的众生，都已消除业障，善根具足。如《弥陀经》所说『彼佛国土，无三恶道』；『其佛国土，尚无三恶道之名，何况有实』？因无恶趣，所以第三、无有「苦」痛的「音声」。以下叙述净土的依报：药师如来的国土，「地」面是由天然的「琉璃」宝所成的，通明透亮；用「金绳」分「界」为「道」。「城」即城墻，「阙」即城楼，「宫」是宫殿，「阁」为小楼，「轩」是屋上的飞簷；以及「窗」户、「罗网，皆」是「七宝」——金、银、琉璃、玻璃、砗磲、赤珠、玛瑙所「成」就的。一切「功德庄严」，与「西方极乐世界」毫无二致。如要知详细情况，可读大本《阿弥陀经》。
己三 以伴赞主
于其国中，有二菩萨摩诃萨：一名日光遍照，二名月光遍照，是彼无量无数菩萨众之上首，次补佛处，悉能持彼世尊药师琉璃光如来正法宝藏。
东方净土，不但有药师如来，还有无量无边的菩萨辅助教化。如国家——有了最高的元首外，还有辅弼治理国家的文武百官。东方净土也是如此，还「有二菩萨摩诃萨」，为其宣化的得力助手：「一名日光遍照」菩萨，「二名月光遍照」菩萨，「是彼」国土「无量无数菩萨众」中的「上首」。上首，即领导者。用譬喻说，在明净虚空中，日、月光明，为无量无边的星光的上首。二大菩萨是药师如来的继承者，是「次」后「补」登「佛处」的。娑婆世界的补处，为弥勒佛；西方净土的补佛处者，为观音、势至；净琉璃世界，则为日光、月光二大菩萨。二菩萨的功德智慧最大，「悉能」受「持彼世尊药师琉璃光如来」的「正法宝藏」，如王太子能推行父王的政治，才能继承王业。补处菩萨是佛陀正法的继承者，当然能受持佛的正法宝藏。正法的法，即常遍的实相。此法不邪名为正；也可名妙法，即是不粗浅而微妙的；约离却二边，也可名为中法。藏是库藏，一切钱财珍宝，不用时可以放进去，要时就拿出来名为藏。一切清净微妙的功德法财，也都从此正法而流出；一切无边功德法门，也都含藏于此，所以正法名为宝藏。对此正法宝藏，二大菩萨是能受持而不失，弘通而无尽的。
丁三 结劝往生
是故曼殊室利！诸有信心善男子、善女人等，应当愿生彼佛世界。」
上来说明了因地行愿，依正果德。即知东方净土是如此的庄严，「是故曼殊室利！」凡是对药师法门「有信心」的「善男子、善女人等，应当」立定志「愿」，求「生彼」药师「佛」的净琉璃「世界」。不但资生物是无限的丰富，大众是非常的和乐，而且能受佛的教化开导。依后文说：凡能生东方净土的，即得不退菩提。这样的法门，在十方净土中，也是难得希有的，应当發愿往生才是。
丙二 善巧方便
丁一 闻名忆念益
戊一 离恶益
己一 离悭悋贪惜恶
尔时，世尊复告曼殊室利童子言：「曼殊室利！有诸众生，不识善恶，惟怀贪悋，不知布施及施果报，愚痴无智，阙于信根，多聚财宝，勤加守护；见乞者来，其心不喜，设不获已而行施时，如割身肉，深生痛惜。复有无量悭贪有情，积集资财，于其自身尚不受用，何况能与父母、妻子、奴婢、作使，及来乞者？彼诸有情，从此命终，生饿鬼界，或旁生趣。
如来开示中，依正行愿已讲完；现说药师佛的善巧方便。药师如来，依过去因中的本愿力，及现证佛果的无边功德，救度一切苦难众生。度生主要是慈悲，而慈悲是内在的，须有高度的善巧方便，才能表现出来。救济众生的利益，可分三类：即闻名忆念益，持咒治病益，供养受持益。闻名利益中，又有离恶与得善二类；离恶也有四种，先明第一离悭悋贪惜恶。
这是另一大段，故开头又说「尔时」，即世尊开示药师佛国如何庄严，劝勉大家往生彼土之时。释迦「世尊」又「告」诉「曼殊室利童子」：「有诸众生，不」能辨「识善恶，惟」是一味「怀」著悭「贪」鄙「悋」心。这不识善恶，不是白痴；世间侭有聪明人，满腹经纶，才智横溢，然而好事不做，反而尽力作恶。这裡所指，就是那些否认善恶因果，抹煞道德价值的人。因不识善恶因果，所以也就「不知布施」的意义，「及」布「施」的「果报」。有些人，可以一下赌输几千元，但遇到慈善公益的事情，连少数都舍不得捐助。有些人，可以为男女朋友无谓的吃喝玩，花上几千几万，而不能布施一碗饭给求乞的穷人。这些人虽不是悭悋，而不知人与人间，是祸福相关的，有互助救难的必要，应该从布施中，增长自己的功德，求得自己更富裕的果报。财物原是布施功德所得的。如一粒谷子，播作种子，将有更多谷子的收获。可是有些人，不识善恶因果，认为布施是最不上算的事。这些人，不识因果善恶，是「愚痴无智」；于三宝功德，也「阙于信根」。由于不识因果，不信三宝，所以对一般贫病，及三宝功德，都不肯布施。他们一天到晚，一味的贪悋，辛苦地为财物而「勤加守护」，舍不得布施。若「见」有贫穷的向他「乞」求衣食，或是慈善机构向他劝捐「来」了，「心」裡便讨厌而「不」欢「喜」。但有时，因人事关系，面子关系，「不」得「已而行施时」，就「如割」了他的「身肉」一般，「深生痛惜」。
像这种人，为自己还舍得花钱，虽然花得并不正当。还「有无量」数的「悭贪有情」，但知把「资」产「财」物「积集」起来，对「于」「自身尚」且舍「不」得「受用，何况能」孝养「父母」，赡养「妻子」？对家裡的「奴婢、作使（佣人）」，不用说是刻薄了；以「及来」向他乞求的「乞者」，更不会施予分文了。在这种人的心目中，只有钱好，而且越多越好；至于要钱何用，他是从来不曾想到的。「彼诸有情」，如此的悭悋不舍，等到「从此」世界「命终」之后，必定要「生饿鬼界，或」者是堕落「旁生趣」，这裡文略，应还有地狱。饿鬼，顾名思义，它永远在求食，而永远食不饱；渴得连水都求不到一滴，长期生活在饿渴的逼恼中。这是贪无厌足，有钱财不肯布施的应得后果。旁生即是畜生，有些也是贪悋而堕落的；畜生也时常找不到食，如虎狼虽猛，有时也不免挨饿。贪悋不厌的人，永不满足，即得永不满的恶报。
由昔人间，曾得暂闻药师琉璃光如来名故，今在恶趣，暂得忆念彼如来名，即于念时，从彼处没，还生人中。得宿命念，畏恶趣苦，不乐欲乐，好行惠施，赞叹施者，一切所有悉无贪惜，渐次尚能以头目手足血肉身分施来求者，况余财物！
上文所述，因贪悋而堕入恶趣的众生，「由」于往「昔」在「人间」的时候，「曾」「暂」时听「闻」到「药师琉璃光如来」的「名」号，有意无意中称念过，在心中留下种子，所以当他堕「在恶趣」，受众苦煎迫，无处可避时，忽然便能「暂得忆念彼如来名」，生恭敬心，至诚恳到而皈向如来。凭此暂时忆念如来圣号的功德，「即于」这一「念时，从彼」三恶道「处没」——结束了苦难生命，「还」得受「生人中」。由此可见药师如来的慈悲方便！偶而听闻过他的名号，就有这么大的功德，真是佛德难量！众生听闻佛号，内心就留下影子，佛法叫做『闻熏习』。一旦遇到苦难，就能记起，且以此而离苦。有些人平时不一定相信，遇难时，才记起来观音菩萨等圣号，而虔心称念，于是得免于难；这是常有的事。还生人间以后，「得」到对于「宿命」——宿生经历的忆「念」，记起前生曾堕苦趣，由于悭贪悋惜，不肯施舍。于是此生能「畏恶趣苦」，彻底改变已往错失，「不」再但为自己，好「乐」五「欲」之「乐」，而能利益他人，「好行惠施」——或布施乞者，或供养三宝，或热心社会的慈善公益。不独自己好行惠施，并且随喜「赞叹」別人的布「施」。这样，自己「一切所有」的财物，「悉无贪惜」而能布施；「渐次」进修，从外财到内财施，「尚能以」自己的「头」、「目」、「手」、「足」、「血」、「肉」、「身分」，布「施来求」乞的，何「况」其「余」身外的「财物」？这是由于听闻药师如来名号，而能脱离悭贪悋惜的恶行与恶果。
己二 离毁犯见慢恶
复次，曼殊室利！若诸有情，虽于如来受诸学处，而破尸罗；有虽不破尸罗，而破轨则；有于尸罗、轨则，虽得不坏，然毁正见；有虽不毁正见，而弃多闻，于佛所说契经深义不能解了；有虽多闻而增上慢，由增上慢覆蔽心故，自是非他，嫌谤正法，为魔伴党，如是愚人，自行邪见，复令无量俱胝有情，堕大险坑。此诸有情，应于地狱、旁生、鬼趣，流转无穷。若得闻此药师琉璃光如来名号，便舍恶行，修诸善法，不堕恶趣。
释尊又告诉「曼殊室利」说：「若诸有情」，「虽于如来」正法中，「受诸学处，而」却「破」坏了「尸罗」。学处，即戒律，为佛弟子所应当修学的处所。佛法有种种学处，如在家众受五戒，比丘众受比丘戒，菩萨众受菩萨戒，其学处各各不同，所以说诸学处。受了学处，就得守持不犯。但众生烦恼重，或环境恶，往往因放逸而毁犯了。梵语尸罗，是清净的意思，义译为戒。持戒能灭除一切烦恼业障，得到清凉自在，所以名为尸罗。破尸罗，即破犯杀盗淫妄等性戒。有的人，「虽不破尸罗」——性戒，「而破」了「轨则」。佛弟子受戒，还兼受有关于僧团生活的轨则，或处群入众的轨则。破尸罗罪重，但是损坏私德；如破了轨则，更是违犯团体的公共规律。事关公共，罪过实也不小。这即是私德好而公德不好。「有」的人，对「于尸罗、轨则」，都能受持遵守，「不」曾毁犯破「坏」，「然」而「毁」坏了「正见」。这即是说，行为虽不坏，但思想错误，不正确。知有善恶、因果，有生死、解脱，有圣贤、凡夫，这是世间正见；解苦、空、无常、无我、涅槃寂静、法性如如，是为出世正见。佛住世时，有一比丘，以为涅槃是什么都没有，这是破坏正见的邪见。戒德、规律，虽守好，可是破了正见，罪恶更大！因为破了正见，会影响別人，如对佛法的见解不正，传播邪谬的教法，受害的人就多了。「有」的人，「虽」能「不毁正见」，「而」舍「弃多闻」。这类众生，知见虽然正确，可是忽略了法门无量誓愿学的精神，而以一部经、一句佛为满足，甚至把其他无边经论视为多余的。这样，对「于佛所说契经」的甚「深义」理，当然「不能解了」，每每误以不了义为了义。假使学佛的都如此，丰富的三藏宝典，那便只有置之高阁。断人慧命，灭人眼目，罪过该是如何重大呢！「有」的「虽」不弃「多闻」，对佛法很有体会，造诣极高，可是起「增上慢」——依增上法而起慢，即未证谓证，未得谓得。世间学者，学识高人一等，每起骄慢；学佛的也这样，广学多闻，或于止观小有修验，不觉就起了增上慢。这种人，「由」于「增上慢」的「覆蔽心」志，狂慢得不可一世，「自是」——自己对，而「非他」——说別人不对。结果，他是诽「谤」了「正法」，自认为如来嫡子，独得正法，而不知实已成「为魔」的「伴党」了！「如是愚人」，不但「自」己「行」于「邪见」，同时「复令无量俱胝（亿）有情」，也「堕」落邪见的「大险坑」！
「此诸有情」，学佛法而入歧途，罪大恶极，合「应」堕「于地狱、旁生、鬼趣，流转」生死「无」有「穷」尽，一直受诸苦恼。但药师佛的慈悲威力，是不可思议的。所以在他破尸罗，到起增上慢的一生中，「若得闻此药师琉璃光如来」的「名号」，「便」能悬崖勒马，痛改前非，「舍」弃一切「恶行」。破尸罗的能转持净戒，犯轨则的能遵守，乃至不弃多闻，不起增上慢；反而勇猛精进，「修」习种种「善法」——持戒、正见、多闻、离增上慢，就此能「不」再「堕恶趣」。这如从层楼堕地，而从半途中把他救济过来。
设有不能舍诸恶行，修行善法，堕恶趣者，以彼如来本愿威力，令其现前暂闻名号，从彼命终还生人趣，得正见精进，善调意乐，便能舍家趣于非家，如来法中，受持学处，无有毁犯；正见多闻，解甚深义，离增上慢，不谤正法，不为魔伴，渐次修行诸菩萨行，速得圆满。
业障轻而善根深的，称念药师如来的圣号，可以因慈悲愿力的加被，而改恶向善，不致堕落恶趣。但如「有」罪业太重，善根微劣，一时在思想上、行为上转不过来，「不能舍诸恶行，修行善法」的，当然不免要「堕」落「恶趣」。但「以彼」药师「如来」的「本愿威力」，「令」此罪恶众生，「现前暂」得听「闻」药师「名号」。以此功德，即能「从彼」恶趣「命终，还生人趣」。这回受了教训，吃了大苦，痛定思痛，深觉从前毁戒破见的不是，而得住于「正见」的基础。继而「精进」修行，「善」能「调」伏内心的「意乐」，使它合理。因为切实体验到三恶道的可怕，深感佛德的崇高，及其慈悲救济的恩德，所以不再恋著世间，「便能舍」离「家」庭，「趣」向「于非（出）家」，在「如来」的正「法中，受持」种种「学处（戒）」，恐惧戒慎，「无有毁犯」。而且起「正见」，求「多闻」，「解」了契经的「甚深义」理，远「离增上慢，不」再毁「谤正法，不」致堕魔坑而「为魔伴」党。这样的「渐次」升进，「修行诸菩萨」的六度万「行」，功德便可迅「速」地「得」到「圆满」。
这段文，对修学佛法的，尤其是末法的现在，显得更为重要。若犯了以上的种种过失，将堕落而无以自拔，那便应就此现生，勤加修习药师法门，称念药师名号，祈求药师如来慈悲愿力的加被，使我们消除业障，改恶向善。莫待堕入三途受苦，回头再来修行。
复次，曼殊室利！若诸有情，悭贪嫉妬，自赞毁他，当堕三恶趣中，无量千岁受诸剧苦；受剧苦已，从彼命终，来生人间，作牛、马、驼、驴，恒被鞭挞，饥渴逼恼；又常负重，随路而行。或得为人，生居下贱，作人奴婢，受他驱役，恒不自在。
「嫉妬」，即是不耐他荣，从「悭贪」烦恼而引生；由于嫉妒心，必然会「自赞毁他」。如见人有钱、有势，或有声望、有地位、有学问、有能力、有道德，一切比自己强，便不能忍受而起嫉妒障碍，自赞毁他；不毁谤別人，便显不出自己的好处。然而须知自赞毁他，罪恶极重，将来「当堕三恶趣中」，经过「无量千岁，受」尽「诸」般惨痛「剧苦」。不但地狱、饿鬼中多苦，就是「受」完了「剧苦」果报，「从彼」恶趣「命终」，又「来生人间」。或「作牛、马」、骆「驼」、「驴」子等畜类，「恒」常「被」人「鞭挞」，忍受「饥渴」等「逼恼」；「又常」为人背「负重」担，「随路而行」。即使「或得为人」，也还是「生居下贱」，愚笨无能，一辈子「作人奴婢，受他驱役」支配，自己做不得主，得「不」到自由「自在」。自赞毁他，只是想高高在上，果报反而是生居下贱，被人奴使。
若昔人中，曾闻世尊药师琉璃光如来名号，由此善因，今复忆念，至心归依。以佛神力，众苦解脱，诸根聪利，智慧多闻，恒求胜法，常遇善友，永断魔羂，破无明㲉，竭烦恼河，解脱一切生、老、病、死、忧、悲、苦恼。
然而这些众生，「若」往「昔」生在「人中」的时候，「曾」经听「闻世尊药师琉璃光如来」的「名号，由此」宿习的「善因」，现「今」又「复忆念」起如来，生惭愧心，「至心归依」药师如来，恳求救济。那时，「佛」便「以」大威「神力」，慈愍护念，无论牛马畜生，或是奴婢驱役，无边痛「苦」，完全得到「解脱」。而且，转而成为「诸根聪利，智慧多闻」，知道「恒求」上「胜」的佛「法」；常「常遇」到「善友」，远离恶知识；「永」远「断」除「魔」外的邪见「羂」网，突「破无明㲉」。㲉，就是卵。如鸡在未孵出时，闭在蛋㲉内，是黑暗而不自由的；众生在无明烦恼的蒙蔽中，愚痴暗昧，不得解脱自在，也如鸡在㲉内。所以破除无明，称为破无明㲉。险恶汹涌的「烦恼河」，为众生沈溺处，也因佛力的加持，进修而使之枯「竭」。无明与烦恼，是滋润生死的源泉，既破无明㲉，竭烦恼河，「一切生、老、病、死，忧、悲、苦恼」，当然也就完全「解脱」了！
己四 离鬪讼咒诅恶
复次，曼殊室利！若诸有情，好憙乖离，更相鬪讼，恼乱自他，以身语意，造作增长种种恶业，展转常为不饶益事，互相谋害。告召山林树塚等神；杀诸众生，取其血肉，祭祀药叉罗刹婆等；书怨人名，作其形像，以恶咒术而咒诅之；厌魅蛊道，咒起尸鬼，令断彼命，及坏其身。
这是离鬪讼咒诅恶。众生的鬪争、诤讼、咒诅、谋害等种种不道德的行为，都是导源于嗔恨心。这也可以因念药师如来的圣号而得解除。
药师佛的本愿，又说：「若诸有情」，因嗔恨心重，彼此相处，不能谋求和合谅解，而却「好」生是非，欢「憙」互相「乖」角「离」间，以致「更（互）相鬪」争，互相诤「讼」。鬪，即殴鬪；讼，即诤辩，或作文字上的攻讦，或诉诸法律。结果，两败俱伤，「恼乱自」己，又恼乱「他」人，彼此都痛苦不堪。人与人间不能和睦相处，造成家庭的纠纷，社会的扰乱；国家与国家间不能和谐相处，引生国际间的战乱。总之，人类不能和平，不能互助，皆由嗔恨烦恼的作祟。好喜乖离，自他恼乱的众生，「以身语意」三业，「造作增长种种恶业」。你害我，我也害你，「展转」报复，「常」时在做「不饶益」众生的恶「事」；或公开，或暗裡，在「互相谋害」。
有力有势的，可以直接谋害对方；而无能力的，即另想秘密的邪恶办法。如祷「告」「山林树」木，以及「塚」墓间的鬼「神」，请它们代替报复。或「杀」牛羊鸡等「诸众生，取其血肉，祭祀药叉」与「罗刹婆等」。药叉，义译轻捷，行动极为迅速，有大勇力。罗刹婆，义译暴恶。这二者，是恶鬼中力量很大的，所以祭祀他，请他伤害敌方。或「书」写「怨」仇「人」的「名」字，中国又加上怨仇的生辰八字，用草木「作其形像，以恶」毒的「咒术而咒诅」他。或以「厌魅蛊道」相害：厌，如泥木匠，嫌主人待遇不好，就在屋梁或墻壁间，暗藏些刀箭假人之类的东西，使主人居住不安；魅，近于中国所说的妖精；蛊道，是集毒虫在一起，让它们自相残杀，到最后剩下一只，把它弄死，磨成粉末，然后偷放入仇人的食物或衣服中，使他受毒致毙。还有「咒起尸鬼」的，是对死尸念咒，使尸首活动起来，给他刀枪，要他去「断」仇人的生「命」，以「及」损「坏其身」体。这些都从嗔恨心出發，害人不到而想出的邪术恶法，都是不道德的。现在时代进步了，少有用这些邪术害人，但人与人的仇恨，仍然非常之深，而相害的手段，更为毒辣、残酷。
是诸有情，若得闻此药师琉璃光如来名号，彼诸恶事，悉不能害。一切展转皆起慈心，利益安乐，无损恼意及嫌恨心；各各欢悦，于自所受生于喜足，不相侵凌，互为饶益。
像这类受人毒害的「有情，若得」听「闻此药师琉璃光如来名号」，便可承其慈悲威力，使以上的种种「恶事」，失去效力，「不能」再为危「害」，这就是所谓邪不胜正。邪神恶鬼，不管有多大的力量，也不及佛的慈悲愿力。如有人遭受诬害，被下级政府机构拘禁，只要最高当局一道释放令，谁能不服从？所以称念药师如来圣号的功德，力量最大！据佛法说，要想危害別人，能否得手，当然是一个问题；若对方果真受害，那他自身也一定有问题的。如佛那样，身心没有一丝一毫的污染，净洁无瑕，任凭再阴再强暴的魔力，也不能损动佛的一毛！犹如我们身上皮肤有伤，一粘著毒药，便会中毒；若皮肤完整坚实，就不受影响。释尊在世时，多少外道要陷害他，如用毒药、恶咒、狂象、大石等，可是全都没有效用。所以要不受危害，要减轻对方的毒燄，更要增强自己的力量。如遇种种逼恼谋害，应切实受持药师法门，依药师如来的加被力，增强自己内在的力量，以消解抗拒外来的魔力。
如得药师如来的威力加持，不但一切恶事不能侵害，而且「一切」嗔害恼人的毒意，也都消解了，而彼此间能「展转」的和乐相处，「皆起慈心」；而能相互增进种种「利益」，大家得到「安乐」。彼此间不再存有「损恼意及嫌恨心」；大家都慈颜相向，爱语相勉，「各各欢悦」。对「于自」己「所受」的果报，即使困难艰苦，也能安贫乐道，「生」「喜足」心，「不」再互「相侵」害，互相欺「凌」，而「互」助合作，「为饶益」事。
上面所离的四种恶：一、是出發于贪心，而悭悋鄙惜，不行布施；二、从慢心出發，毁谤三宝；三、从嫉妒心出發，自赞毁他；四、从嗔恨心出發，鬪讼咒诅。这在大乘中，罪恶极大，比之犯杀盗等根本大戒，并无差別。无论《胜鬘夫人经》、《梵网经》、《菩萨璎珞经》、《瑜伽菩萨戒经》，都特別提出：若犯了这四种恶，即是菩萨波罗夷罪，违犯大乘戒律。这四种罪恶，个人如不能消除，不能行菩萨道；人类如不能减轻此种罪恶，世界的和平，永久是没有希望的！所以我们要行菩萨道，消我们的宿业，遏止疯狂的鬪争，建设和平大同的理想世界，实有修持药师净土，發扬药师法门的需要！
戊二 得善益
己一 得往生净土益
复次，曼殊室利！若有四众：苾刍、苾刍尼、邬波索迦、邬波斯迦，及余净信善男子、善女人等，有能受持八分斋戒，或经一年，或复三月，受持学处。以此善根，愿生西方极乐世界无量寿佛所，听闻正法，而未定者。
上明离（四种）恶益；此下明得善益，也有四种，先说得生净土益。
释尊复对「曼殊室利」说：「若有四众」佛弟子——「苾刍、苾刍尼、邬波索迦、邬波斯迦」。苾刍（比丘），苾刍尼（比丘尼），为出家的男女二众；邬波索迦（优婆塞），邬婆斯迦（优婆夷），是在家的男女二众。在家二众的名称，义译为近事男、近事女，因他（她）们都已信奉三宝，亲近佛法。四众弟子而外，其他信佛法而未受三皈五戒的，为「净信善男子、善女人」。这些佛弟子，「有能受持八分斋戒」的。八分斋戒，或名八关斋戒：(一)、不杀生，(二)、不偷盗，(三)、不行淫，(四)、不妄语，(五)、不饮酒，(六)、不著花鬘不香涂身，(七)、不歌舞唱伎及过往观听，(八)、不卧高广大床。此八是戒，还有一种不非时食，名为斋，合为八分斋戒。受持八分斋戒的时间，「或经一年」之久，「或」只于一、五、九「三」个「月」内，「受持」此「学处。以此」受戒「善根」，回向「愿生西方极乐世界无量寿佛」的净土，「听闻」弥陀如来及诸大菩萨的开示「正法」。可是这仅系愿望，事实上能否往生，还「未」能决「定」。众生因娑婆世界的环境太复杂，障碍太多，不易修学正法，所以要發愿往生西方净土；得一个比较理想、比较合宜修学佛法的安身处。如这样發愿，而对于往生还没有把握，这就得修持药师法门，以作补救办法。往生净土，除一心称念佛号以外，还应修学其他功德，积集善根，并非只须称念阿弥陀佛名号。如此处所说，受持八分斋戒；又如《阿弥陀经》说『不可以少善根福德因缘，得生彼国』，所以修行往生净土，于信愿外，还得兼行布施持戒等功行。
若闻世尊药师琉璃光如来名号，临命终时，有八大菩萨，其名曰：文殊师利菩萨、观世音菩萨、得大势菩萨、无尽意菩萨、宝檀华菩萨、药王菩萨、药上菩萨、弥勒菩萨。是八大菩萨乘空而来，示其道路，即于彼界种种杂色众宝华中，自然化生。
愿生西方而没有把握的众生，「若」能得「闻世尊药师琉璃光如来」的「名号」，至心持念；依此称念功德，及如来的本愿力，便可获得助力。所以当「临命终时」，即「有八大菩萨」——「文殊（曼殊）师利」、「观世音」、「得大势（大势至）」、「无尽意」、「宝檀华」、「药王」、「药上」、「弥勒」——「乘空而来」，指「示其」往生净土的「道路」；一刻间，「即于彼界」的「种种杂色众宝华中，自然化生」。极乐国土的宝华，如《阿弥陀经》说：『大如车轮，青色青光，黄色黄光，赤色赤光，白色白光，微妙香洁。』往生西方的众生，就在各种不同颜色相杂的宝华中，不须父母因缘，就能自然化生。念阿弥陀佛，临命终时，有观音、势至二大菩萨来接引；若念药师如来，则有八大菩萨来迎。这裡有个问题：经中『即于彼界』的彼字，究竟是指东方琉璃世界？抑是指西方极乐世界？可作两种说法：一、受八大菩萨的引导，往生西方净土，这是很通情顺理的。二、初發愿往生西方净土，因没有把握，后又得闻药师如来名号，始有八大菩萨的接引，是往生东方净土的。这二种说法都可通，因为佛佛平等，净土当然也是一样。我们生到那一净土，依凭我们过去的愿力，功德力。如对阿弥陀佛的信心强，现在称念药师如来，药师如来即能以慈悲愿力，助我们往生西方阿弥陀佛的国土。阿弥陀佛力，伸手拉我们，而药师佛力，又在后面推一下，生西方净土就容易了。若对药师如来的信念深，过去念阿弥陀佛，现在阿弥陀佛，也可助我们往生药师净土。净土的意义是一样的，喜欢西方即往生西方，乐意东方便往生东方；佛佛道同，净土与净土也是平等无二的。
己二 得上生天国益
或有因此生于天上，虽生天上，而本善根亦未穷尽，不复更生诸余恶趣。
药师法门的利济有情，非常广大普及。「或有」众生，「因」为得闻药师如来名号，以「此」功德而「生于天上」。不生净土而生天国，并非药师如来不加被，而是众生的信心、愿力、资粮，不够作为往生净土的条件，只可以感得生天之乐。不过这也与一般生天不同；一般天福享尽便要堕落，可是这类众生，由于过去生中，曾闻药师名号的关系，「虽生天上」受天福；等到天寿终了，「而本」有的生天「善根」，「亦未」能「穷尽」。所以绝对可以保证，「不复更生」地狱、饿鬼、畜生等「诸余恶趣」，不会像一般天人的可能堕落。
己三 得还生人间益
天上寿尽，还生人间，或为轮王，统摄四洲，威德自在，安立无量百千有情于十善道；或生刹帝利、婆罗门、居士大家，多饶财宝，仓库盈溢，形相端严，眷属具足，聪明智慧，勇健威猛，如大力士。
生天是有尽的，但又不会堕落三恶道，所以到了「天上寿尽」，自然「还生人间」。平常都说人间太苦，其实人间是个好地方；释尊不出天上而生人间，我们可以领会到，人间对于菩提道，是如何富有价值了！人间的环境，不太苦也不太乐，既没有天国欲乐的迷惑，也没有三途剧苦的逼恼，实是最适修行办道的理想场所。我们若能切实利用它，精进修习福慧资粮，那么佛果是离我们并不太远的。
从天上还生人间的有情，因过去曾闻药师佛圣号，成就了深厚的善根，故他们大多是些有力的领导者。「或为」转「轮」圣「王，统摄四」大部「洲」。依佛教说，此世界当中有一须弥山，东南西北为四大部洲，每洲多有小王统治。但金轮王统四大洲，银轮王统三洲，铜轮王统二洲，铁轮王统一洲。今为金轮王，统摄四大部洲，也即是统一天下。其「威德」极大，权力无比，一切都能如意「自在」。轮王的治理天下，是为了使人类都生活得理想，也即是用良好政治，使人类都过著一种向上的、有意义的生活，故说「安立无量百千有情于十善道」。顶好的政治，即是推行十善的政治。十善是：身不杀生、不偷盗、不邪淫；口不妄语、不两舌、不恶口、不绮语；意不贪、不嗔、不邪见。经裡说轮王的治权到达一个地方，小国王便以金银财宝献给他，他不要，只是谆谆劝导小王，多以十善治世。轮王的理想天下，是十善普及的天下，政治是一种道德的政治，引导人民步上美满、安乐、向上的人生境地。所以经中每说转轮圣王，多系菩萨的化身。孔子所说『导之以德，齐之以礼』的政治，与轮王的德政相近。这重于道德的激發，思想的净化，从精神文明的基础上，建立高尚的道德生活，融道德与政治而为一。
福德较大的众生，还生人间作轮王；差一点的，则「或生刹帝利」——武士贵族阶级；或生宗教阶级的「婆罗门」族；或生于「居士大家」——自由民中的实业家。转生以上的三大族，第一是产业丰富，「多饶财宝，仓库盈溢」；第二是身「形相」貌，生得极其「端」正庄「严」；第三是父母、兄弟、夫妇、儿女等「眷属」，都「具足」无缺；第四是生得很「聪明」，有「智慧」，广闻博知；第五是「勇」敢、「健」强、「威猛」无比，「如大力士」那样，可以摧伏一切，而不为他所屈。生于人间而具备了这一切优越条件，才算是美满幸福的人生。
己四 得转生丈夫益
若是女人，得闻世尊药师琉璃光如来名号，至心受持，于后不复更受女身。
「若」本来「是女人」，对于女身生厌弃心，因「得闻世尊药师琉璃光如来名号」，而「至心」领「受」奉「持」，便能永远「不复更受女身」，以大丈夫身，精进修行，向于佛果。
以上的离四种恶，得四种乐，均为听闻药师如来圣号，进而至心称念，如法修持，而获得的效果；我们若想离恶得乐，就得依此教法信受奉行！
丁二 持咒治病益
戊一 由愿观苦
复次，曼殊室利！彼药师琉璃光如来得菩提时，由本愿力，观诸有情，遇众病苦，瘦𤼣、乾消、黄热等病；或被厌魅、蛊毒所中；或复短命；或时横死；欲令是等病苦消除，所求愿满。」
如来开示的善巧方便中，现讲第二持咒治病益。闻名利益内容广，可以离种种罪恶，获种种善乐；持咒利益较狭，只能治病。众生如有病苦，虔诚持念药师咒，便可病根拔除，恢复健康。
释尊说了闻名利益，又呼唤「曼殊室利」说：「彼」东方「药师琉璃光如来」，当他证「得」大「菩提时」，「由」于菩萨因地所發的「本愿力」——欲慈济一切众生的苦难，尤其是病苦，所以便以慧眼「观」察「诸有情」的病况。众生所「遇」种种的「病苦」，今只略举数种：(一)、「瘦𤼣（羸）」，即肺病等，古代叫劳伤病。(二)、「乾消」，我国医书中叫消渴症，口渴、肚饿，吃得多，屙得多，一天天消瘦。(三)、「黄热」，即黄疸，身上温度高，面色眼睛全都發黄。这三种病，在当时为极流行的重病，故释尊举为例证。这均属生理上的病患。其次，「或被厌魅」所扰，即被人暗中捉弄，使其神识颠倒，危害健康；或被「蛊毒所中」，而丧身失命。众生遭受这些病患与毒害，「或」即「短命」——年轻便夭亡，未尽天年；「或时横死」，如为刀枪所伤，为水所溺，乃至火烧致死等。人的福报尽，寿命未尽，是短命；福报、寿命都未尽，而偶然死于非命，名为横死。药师如来發大慈悲，「欲令」众生一切「病」痛「苦」难，皆得「消除」，使其「所求」的消灾延寿的「愿」欲，能够得到「满」足。
有人说念佛好，有人说念咒好。若依本经看起来，念药师佛功德要大得多，什么恶业都能消除，什么愿望都能感应实现；持咒功德虽妙，但只局于治病。所以我们要求消灾免难，平时的行持，最好还是多多称念药师如来的圣号；若为治病，即可多持药师神咒。
戊二 入定说咒
时，彼世尊入三摩地，名曰除灭一切众生苦恼；既入定已，于肉髻中出大光明，光中演说大陀罗尼曰：
上面说药师如来由大悲愿力，观察众生的病苦；既然深知众生病情，为满足众生的愿求，特为施设方便，入定宣说神咒。
那「时」候，「彼」药师「世尊入三摩地」——定。三摩地，此译等持，即平等持心，不惛沈，不掉举，令心保持平衡、安静，而专注于一境。在经中，佛将说法、说咒，或现神通时，每每先入定。佛原无时不在定境中，无论穿衣、吃饭、说法度生，佛的心境都常安住定中。不过为与众生作示范，适应众生的心情，故每欲说法（咒）现通的时候，即首先入定。佛法虽不特別重视定，但一切功德智慧，确都由定中流出。定的种类很多，根据其不同作用，而安立种种名称；现在药师如来所入的三摩地，叫做「除灭一切众生苦恼」定。
药师如来「入定」后，即「于肉髻中出大光明」。头顶上的肉髻，为佛的三十二相之一，名无见顶相。头部为全身最高最贵的所在，今从佛的无见顶上放大光明，这即表示从最高定發究竟慧；身光先發，心光也就随应而来。慧發于定，而说法说咒，则又是从智慧流出的善巧方便，故从无见顶上放大光明。大乘经所说咒语，每有从佛的无见顶放光说出，如楞严咒，即是佛顶放光化佛而宣说出来的。顶髻在佛的最高处，我们所不能见，表示此咒从佛最高的智慧中流出，深妙不可思议。
「光中演说大陀罗尼」：陀罗尼，译为总持，其中含二义：(一)、持，(二)、遮；能摄持一切功德，遮障一切罪恶；也即是总一切法，持无量义。在佛经中，有文字陀罗尼、语言陀罗尼等多种，此处是咒陀罗尼，因其功用大，故名大陀罗尼。
「南谟薄伽伐帝，鞞杀社窭噜，薜琉璃，钵喇婆，喝啰阇也，怛陀揭多耶，阿啰喝帝，三藐三勃陀耶。怛姪他：唵！鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝，娑诃！」
向来以为咒是秘密藏，持念就好，不可求解；其实咒语大部分都可以解释，只有极少几句在可解与不可解之间。「南谟」，即皈依、皈命的意思。「薄伽伐帝」，为薄伽梵的异译，也即是世尊。「鞞杀社窭噜」，是药师。「薜琉璃」，即是琉璃。「钵喇婆」，是光。「喝啰阇也」，是王。「怛陀揭多耶」，是如来。「阿啰喝帝」，是应（供）。「三藐三勃陀耶」，是等正觉。这几句综合起来，即是：『皈命世尊药师琉璃光王如来、应、等正觉。』以下才是真正咒心：「怛姪他」，就是『即说咒曰』的意思。「唵」，应读作嗡音，意义很多。(一)、皈依义，即是集中身心而向于三宝；(二)、警觉义，提起注意；也就是把精神集中起来，注意一个地方。「鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社」，即是说：药！药！药！「三没揭帝」，即是普度，普遍救度一切众生之义。「娑诃」，也作『娑婆诃』，意思是速得成就，等于中国古代文书中的『急急如律令』。
此咒上半是皈依药师如来，祈求加被；下半是说用药治疗一切众生病苦，希望立即痊愈。
佛教中的咒语，形式大多如此，一开头就是归依什么佛或什么菩萨，如大悲咒的『南无喝啰怛那哆啰夜耶』等，即是归依三宝，归依圣观音菩萨的意思，往生咒的『南无阿弥多婆夜』，即是归依阿弥陀佛；还有善天女咒，以及其他许多咒语，也都以归依为开始。持咒到底是否灵验？这当然有其潜在难思的作用，不过也有条件。在特殊情况下，危急临头，专诚恳切，念起来就每有效用。或者是经很长的时间，每日精勤持念，才能發生神效。有人持大悲咒，十年或廿年，得到神验，可以为人治病，一念就發生作用，这是恒久受持的关系。有的人临时念几遍，心不专切；或断断续续受持，没有恒心，所以不会灵验。如打太极拳，时间短暂，不曾多练习，对身体毫无用处；若时间长久，而能无间练习，自然可以出功夫。持咒与念佛，都要持久，要一心专念。不过念经念佛与念咒，多少有些不同。念经要了解经义，念佛也要明了佛的名号及其本愿功德；念咒则不然，咒的含义非常多，不必了解，行者只须集中精神持念就行。虽然不能了解其中意义，但有一潜在的力量。这种力量，隐而不显，看不见，想不透，而作用却非常大。我们持念药师咒，依此咒的力量，就可与药师如来的愿力相交感，而得消除病患。这如世间人，有时用说话，或用通讯，可以详尽地表白意见，使对方明瞭；可是有时，彼此预先有了密约，或只用一句话，或符号，或密码，外人虽然不懂，但他们两者间，却能借此互达情意。药师咒，就是我们众生有病痛时，向药师如来恳求救济的一种密码；我们不一定了解其中意义，只须至心持念，自然就会与药师如来的慈悲愿力發生交感作用，使我们达到消除病苦的目的。其他咒语，凡有不可解的地方，我们都应作这样的理解。
尔时，光中说此咒已，大地震动，放大光明，一切众生病苦皆除，受安隐乐。
当「时」，药师如来在「光中说」了「此咒」之后，因受佛光的威力所动，「大地」都「震动」起来，而且普遍的「放大光明」，照「一切众生」，使一切众生顿除宿业，所有「病苦」，尽「皆」消「除，受安隐乐」，不会再受病苦的缠绵侵扰，而永远过著安静康宁的生活。药师如来在东方净土宣说此咒，可令彼土一切众生身心健康，无病自在，得安隐快乐。地动放光除病等，即表示此咒的功力，是何等伟大！释尊本著悲愍心怀，特別将他介绍给这个充满无边病苦的娑婆世界，希望我们能够依教奉行，也得药师如来的护念，根绝一切病患，像东方净土的众生一样，过著安宁康乐的生活。
戊三 持咒灭苦
「曼殊室利！若见男子、女人，有病苦者，应当一心为彼病人，常清净澡漱，或食、或药、或无虫水，咒一百八遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。若有所求，至心念诵，皆得如是无病延年；命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提。
念咒除病，最好是病者自己念；若病势沈重，自己不能持念，那么別人可代为持念。
释尊又告诉「曼殊」菩萨：假「若」看「见」有「男子」或是「女人」，染患到种种「病苦」，就「应当一心为彼病人」，虔持药师如来神咒，使他脱离病痛。在平时如肯下工夫勤念多念，念得一心不乱，到了应用的时候，必然有灵验的。替病人持念此咒时，必须洗「澡」、「漱」口，「常」保持身口的「清净」。然后用病人吃的「食」物，如水果、稀饭之类；「或」用病人所服的「药」汤药丸；「或」用「无虫」的清净「水」也可以；用这些东西，持「咒一百」零「八遍」，然后给「与」病人「服食」。这样，病人「所有」的一切「病苦」，便可「悉皆消灭」。「若有」其他的要「求」，如恢复健康以后，要求免于短命，或免于横死、饿死等等，能「至心念诵」药师神咒，也同样可以蒙佛加被，得以「无病延年」。而且，「命终之后」，凭此咒力也能展转引發功德，往「生」东方净琉璃「世界」。只要往生东方净土，决定「得不退转，乃至」究竟证得大「菩提」果，如西方极乐净土一样。
戊四 结劝受持
是故，曼殊室利！若有男子、女人，于彼药师琉璃光如来，至心殷重恭敬供养者，常持此咒，勿令废忘。
持咒利益，到这裡作一结论，释尊郑重劝导大众恭敬受持，所以呼「曼殊室利」说：以「是」之「故」，「若有男子」或「女人」，对「于彼药师琉璃光如来」，能「至心殷」勤、尊「重」、「恭敬」、「供养」，那么对于「此」药师「咒」，应当「常」时受「持」念诵，自利利他，切「勿令」它「废忘」！
丁三 供养受持益
戊一 供养得护持益
己一 修供养行
复次，曼殊室利！若有净信男子女人，得闻药师琉璃光如来应正等觉所有名号，闻已诵持；晨嚼齿木，澡漱清净，以诸香华、烧香、涂香，作众伎乐，供养形像。
在供养受持益中，先明供养得护持益。对于药师如来，不但要称名，持咒，同时还要施设种种供养。先说供养药师佛。
释迦世尊又说：「复次，曼殊室利！若」对佛法「有」清「净信」心的「男子」和「女人」，「得闻药师琉璃光如来」、「应」、「正等觉所有」的「名号」，及其悲切的行愿，和消灾免难的慈恩，听「闻」以后，应恭敬「诵持」——这包括礼拜供养。如普贤的十大行愿，即有『称赞如来』与『广修供养』等愿。然而，供养药师佛，应该如何呢？这裡说：早「晨」起来，首先就得「漱」口、洗「澡」。印度古代，一般习惯于清「晨」起身，就「嚼」一种「齿木」，木中有苦汁，可除口臭；用这种木枝漱刷，等于现代牙刷牙膏的合用。漱口沐浴之后，身心都已「清净」，然后敬献各种芳「香」的妙「华」；及「烧」燃用的名「香」；「涂」身的「香」末，香膏；以及「作众伎乐」，歌颂赞叹。药师如来在东方世界，此间众生不能面申供养，所以这香华供具，只能「供养」他的「形像」——金塑、木雕、铜铸、纸绘等像。有人问：佛不在这个世界，我们供养他，是不是能有利益？这可说一譬喻：如总统住在台北，而台湾各处，以及侨胞都为总统祝寿，当然总统是受到大众的庆祝，不能说毫无意义。我们供养佛陀，佛陀当然受到我们的供养；而且由于我们的敬虔心，清净心，当然能成功德利益。
于此经典，若自书，若教人书，一心受持，听闻其义。
一方面供养药师如来的形像，一方面对「于此」药师琉璃光如来本愿功德「经」，也要供养受持。或「自」己「书」写，或「教」別「人书」写；现在工业發达，有了印刷，不一定是抄写，出钱印经也一样。此外，还要对此经义「一心受持，听闻其义」。受持，包括从闻起思，从思而修的一切行。这不要以为是学教，这是真正的受持于法，供养于法。
于彼法师应修供养，一切所有资身之具，悉皆施与，勿令乏少；如是便蒙诸佛护念，所求愿满，乃至菩提。」
供养药师佛，供养药师法门，更应供养弘扬药师法门的法师。所以说：对「于」弘扬此法门的「法师」，也「应」当广「修供养」。古德说：『人能弘道，非道弘人。』佛法所以能久传，能發扬光大；使正法住世，慧命延续，完全是法师的功绩。对某种经典或某一法门，有法师倡导宣扬，人们才知道它的殊胜功德，种种好处，因而才有人發心书写经典，有人雕塑佛像，有人受持读诵，礼拜供养，乃至依法奉行。所以有了法师，佛法僧三宝也就俱全了。因此，对弘扬药师法门的法师，应起恭敬心，供养心。凡是生活上需要的「一切所有资身之具」，如穿的，吃的，用的，「悉皆施与，勿令」资生「乏少」，而障碍自修或弘通。供养法师，应作报恩想，利益众生想。若能「如是」供养三宝，不但药师如来欢喜护念，即十方「诸佛」也欢喜「护念」，使其「所求」之「愿」，皆得圆「满」实现，「乃至」悟证「菩提」。
己二 得护持益
庚一 曼殊护持
尔时，曼殊室利童子白佛言：「世尊！我当誓于像法转时，以种种方便，令诸净信善男子、善女人等，得闻世尊药师琉璃光如来名号，乃至睡中亦以佛名觉悟其耳。
如来说到，于药师法门凡能受持、供养的众生，药师如来及与诸佛，都会加被护持；曼殊室利菩萨，即随顺佛旨，而说自己与诸天护持。先是曼殊菩萨發愿护持。
当释尊开示供养利益「时」，「曼殊室利童子」禀「白佛」说：「世尊！」受持供养有这么大的功德，为了利乐有情，「我当」發大「誓」愿，要「于像法转时，以种种」善巧「方便」，「令」一切有清「净信」心的「善男子、善女人等」，大家都能「得闻世尊药师琉璃光如来」的「名号」，甚「至」在惛沈的「睡」梦「中」，也「以」药师「佛」的「名」号，给他们听到而有所「觉悟」。这是曼殊菩萨在佛前所發的悲愿。现今大家能够听到药师如来的圣号，和亲闻《药师如来本愿功德经》，可说皆因曼殊菩萨的悲愿力的加被。梦裡见佛或闻佛名号，也是常有的事。半年前，有位居士告诉我：台中有一位太太，原是天主教徒。一天夜裡，在梦中见一块不像是树干又不像石头的东西，上面刻著『大悲心陀罗尼』六个大字。她为此请教很多人，个个都说不懂；后来遇到一个佛教徒，才告诉她，佛教确有这么一部叫《大悲心陀罗尼》的经典。她于是改信佛教，并且發心印行那一部经。这有两方面的因缘：一是自己善根已经达到成熟阶段，二是菩萨的大悲愿力，使众生在梦中不知不觉间發现到。当前法会大众，不要以为自己没有善根，梦裡不曾见有菩萨指点；我们在清醒时，能够听闻或持念药师圣号，及能闻此药师法门，比之梦中的见佛闻法，善根要深厚得多呢！
庚二 诸天护持
若于此经受持读诵，或复为他演说开示；若自书，若教人书；恭敬尊重，以种种华香、涂香、末香、烧香、华鬘、璎珞、幡盖、伎乐，而为供养；以五色䌽，作囊盛之；扫洒净处，敷设高座，而用安处。尔时，四大天王与其眷属，及余无量百千天众，皆诣其所，供养守护。
诸天护持，与曼殊护持稍有不同：曼殊是以各种方便，令人得闻药师圣号；诸天则是护持修学药师法门的人。
曼殊又说：「若」有人对「于此」药师琉璃光如来本愿功德「经」，能自己「受持」——领受经义，持念不忘；阅「读」、背「诵」，「或」者「为他」人「演说」，如实「开示」；或「自」己「书」写此经，或劝「教」他「人书」写。这都是修学药师法门应修的法行。不管读诵也好，讲说、书写也好，对于法宝总要生「恭敬」心，「尊重」心，如开经偈说：『无上甚深微妙法，百千万劫难遭遇。』对于经典，要「以种种华香、涂香、末香、烧香、华鬘、璎珞、幡盖、伎乐，而为供养」。璎珞，即用线贯串起来的各色珠宝。幡是扁形的长幡；盖是圆顶的凉伞，可遮太阳。伎乐，如琵琶、箫、笛、琴等乐音，及歌唱的佛赞等。修持药师法门，须从内心生起虔诚的崇敬，又要以香花宝盖等供养。同时，还要「以五色䌽」缎，「作」成经「囊」，「盛」置《药师经》，然后将「处」所「扫洒」清「净」，「敷设高座」，「用」作供坛，「安」放经典。
学佛者，常有用金或刺血写经，而作虔诚的供养。供养经典，使人生尊敬心，难得想，从此听闻、读诵、受持经义，进而依解起行。一般寺院，把藏经请去，置之高阁，供养得好好，而却不进而读诵受持，不知發掘其中法味，以长养自己的慧命，因之减少了供养法宝的意义与无上价值。佛法以信心为本，为了易于领受经裡的教诫，大乘经典都特別重视隆重的供养。所以药师法会，依照仪轨规定，坛的当中，应该供奉《药师经》。
在庄严清净的法坛中，大众（个人也如此）若能如法供养修持，那「时」「四大天王与其眷属，及」其他「无量百千天众，皆诣其所」，而作「供养」，「守护」修行者。诸天的降临，一是尊重法宝；二是见法坛布置如法，行者心诚，一意奉持，故特来随喜——听闻、礼拜等；三是特来护持道场，以免恶鬼神的扰乱。四大天王，向为佛教有名的护法，故大寺院的山门，总供奉四大天王的形像。真正修学佛法的人，用不著请，诸天自己会来。如法坛布置不如法，不清净，修学的人无诚心，无恭敬心，那无论怎样请他，也是不会来的。经中说：若能至诚一心修持，不但四大天王，即帝释梵天等都会来护持。经说：『增益诸天众，减损阿修罗众。』众生肯發心修学佛法，即是向善向光明，即使不得解脱，也可生天，所以修学佛法的人多，天众也就跟著增加；而阿修罗（天的捣乱者）自会减少。因此，诸天见人修学佛法，便生随喜心，誓愿护持。诸天莅临时，人虽见不到，但有特殊现象，可为证明：一、异香满室。二、所供鲜花，虽隔天而不萎谢，鲜艳如初从树上摘下一样。三、大众同见光明——非个人的幻觉。天人下降护法的现象很多，这不繁述。总之，參预药师法会，如能真实如法修持，确有这些感应的。
谈到护法，最好是不请自来，受道行的感召而来，其动机真诚而纯正，才能贯彻始终一意护法；否则请求而来，自己身心不纯净，有时不仅不护法，还要引起麻烦，天神护法如此，宰官护法何尝不如此？若能道场清净，生活严谨，精进道业，弘扬佛法得人的信敬，自会来护法，这是从自力中引生他力。不然的话，请求护法，有时会增多困难的。
世尊！若此经宝流行之处，有能受持，以彼世尊药师琉璃光如来本愿功德，及闻名号，当知是处无复横死；亦复不为诸恶鬼神夺其精气；设已夺者，还得如故，身心安乐。」
曼殊菩萨又接著说：「世尊！若」是「此」药师「经宝流行」的地方，「有」人「能」够恭敬「受持」。一方面，「以彼世尊药师琉璃光如来」的「本愿功德」力；一方面「及」听「闻」药师如来「名号」，而忆念受持力，承此功德善根，「当知是处无复横死」——即在那《药师经》流通的区域内，不会有非分而死的；同时也不会「为诸恶鬼神夺其精气」。有些人平时精神焕發，色力充足，陡然间一天天颓萎下来，色力减退，精神由不振而颠倒错乱，这即遭邪神恶鬼夺了精气的病相。若依药师法门修持，便不致遭此厄难；「设」使「已」经被「夺」，也会慢慢「还」复健康，「如」同正常时候一样，「身心安乐」。俗语说：『邪不胜正』，如我们修学佛法，心地光明，思想行为都纯洁严正，那么一切邪恶鬼神，不独不敢来夺精气，就连和我们接近也不敢的。我们修学佛法，要懂得此理，切勿起不纯正的思想，与不合法的行为，以免自寻苦恼。
戊二 受持得加被益
己一 受持仪轨
佛告曼殊室利：「如是！如是！如汝所说。曼殊室利！若有净信善男子善女人等，欲供养彼世尊药师琉璃光如来者，应先造立彼佛形像，敷清净座而安处之；散种种华，烧种种香，以种种幢幡庄严其处；七日七夜，受八分斋戒，食清净食，澡浴香洁，著清净衣，应生无垢浊心，无怒害心，于一切有情，起利益安乐，慈、悲、喜、舍，平等之心，鼓乐歌赞，右绕佛像。复应念彼如来本愿功德，读诵此经，思惟其义，演说开示。
此下，说明受持而得药师加被的利益。应怎样受持，才能合法而得感应？所以对修持药师法门的仪轨，先加以说明。
释迦「佛」认为「曼殊」所说的不错，所以印可他说：是这样！是这样！正「如汝所说」的。接著就告诉「曼殊」说：「若有净信善男子」及「善女人等，欲」想「供养彼世尊药师琉璃光如来」，「应」该首「先」「造」作药师「佛」的「形像」，然后「敷」设「清净」的高「座」，「而安处」佛像。上已说过，佛像的体质有木刻的、金塑的、铜铸的、纸绘的，各式各样不同。依本经说，药师坛内须供七尊佛像——均为药师佛像。在所供佛像前，应该「散种种华」。散花，原是印度的敬礼；当释尊游化说法时，听众每来散花。还要「烧种种香」——如末香、檀香、沈香等类。并「以种种幢幡庄严其处」。这些，是关于坛场的布置事宜；至于行者的修持方面，则应该：「七日七夜，受八分斋戒」——这约未受戒或仅受五戒的在家信众说。「食清净食」：如受八关斋戒的，吃晚饭即是不清净；或吃蒜韭等荤物，都属不清净食。对于身体，也要时常「澡浴香洁」，随时更换「清净」的「衣」服。还有更要紧的，參加药师法会，内心必须清净，不「生」一点「垢」秽染「浊」的「心」念，也不發「怒」或存有「害」人的不良「心」理。因为佛法最重慈悲，特別是药师法门，它底基本精神，就是慈济众生，利乐众生；若起怒害心，则与药师法门不相应。所以我们不但对于父母师长、兄弟妻子，不生怒害心，「于一切有情」，也应尽量生「起利益」和「安乐」，皆待以「慈、悲、喜、舍，平等之心」。慈是与乐，悲即拔苦；一方多予人快乐，一方减除人的苦痛，名为慈悲。喜是无嫉妒心，见人离苦得乐，生欢喜心。舍即平等心，不分冤亲爱恶，一律平等看待。这四种心，名为四无量心；此心非常广大，因在一切众生边起，而众生无量，此心也就无量，故名四无量心。身心都已修治清净，而后来修持。一、「鼓乐歌赞」。二、「右绕佛像」。鼓乐如击犍槌；歌赞如唱念药师赞偈等。右绕佛像，是表示敬佛。中国以左为大，印度以右为大，故绕佛皆从右而左。三、「应念彼」药师「如来」的「本愿功德」。念佛，不光是口头称念佛名，还要由内心忆念佛的功德；尤其是药师如来，更要多多忆念其因地十二大愿，消灾免难的慈济精神，及与依报正报的无尽功德，如此才能与佛的心愿相应。四、「读诵此」药师「经」。要深深地「思惟」，以求理解得「其」中奥「义」，依解起行，行解相应。五、为人「演说开示」。这是释尊开示启建药师法会所应具备的条件。我们參预法会共修，或为个人专修，都应切实遵照释尊指导的轨则去行，然后才可获得所希求的成果。
己二 受持效益
庚一 获福益
随所乐求，一切皆遂：求长寿得长寿，求富饶得富饶，求官位得官位，求男女得男女。
依如来的善巧方便，施设修学药师法门的方轨，必能获得效益。效益中又分二，先是获福益。
由于奉行药师法门，能够得到「长寿」、「富饶」、「官位」、「男女」等四种福报，可见药师法门对现生乐的重视。现生乐的要求，是人类普遍而本能的要求。在这人世间，能获致绵长的寿命，富裕的经济，崇高的政治权位，满堂的儿女，几乎被看为人生幸福的极点，谁不希求？一般人从生到死，忙碌一辈子，无非为了满足这些欲望；然而人生是缺陷的，任凭怎样努力趣求，也难以完满实现。只有依药师法门去行持，仗药师如来大悲愿力的加被，始能「随所乐求，一切皆遂」。
我觉得，修持药师法门而满足这些愿望，倒还容易，唯得到之后，将如何运用这人生的幸福，却值得考虑。例如利用长寿，多做饶益众生、建功立德的事业。利用富裕的经济能力，给孤济贫，广作文化慈善公益。利用官位权力，作革新社会，改善民生，利益社会人群；或能更进一步，利用政治力量，护持三宝，發扬佛教精神，以促进政治的健全。若有了儿女，能施以良好的教育，为社会国家造就健全的公民，和有用的人才；从自己说，培植出养老送终的孝子，将来始可老而有赖。这样的人生，不独美满幸福，而且才过得有意义，才切合药师如来加被的原意。否则，寿命虽长，而所作所为，全是危害国家社会的坏事，倒是早些夭亡还乾净些！若有了钱，而不做慈善公益，或自己胡乱挥霍，或专留给下代子孙作业造罪，还不如困穷而能安贫乐道的好。求得官位，而倚仗权势，欺凌弱小，压迫善良；或贪污舞弊，弄到身败名裂，这又何苦来？又如生得儿女满堂，而尽是不肖之徒，既不孝敬父母，又不奉公守法，终日游荡，不务正业，结果耗尽财产，为非作歹，扰害人群；多生儿女而增添苦痛麻烦，试问有何好处？所以我们修学佛法的，对这四项，应当愿求圆满，但必须多加考虑，才不致弄成因福得祸。从这些地方，即可知道：现生乐虽好，但不彻底；要善能运用，运用得恰当，引入出世大乘，才能得到真实受用。
前面说，药师如来發十二大愿，对于为饥渴逼恼的众生，先以上妙饮食饱足其身，然后以无上法味，令其毕竟安乐，由浅而深。这四事，也可作深一层解释。如长寿，世间的长寿，即使活到一百二百岁，也不过是『石火光中寄此生』；只极短暂的一闪，便归幻灭。若由如实智慧，证得法身慧命，尽未来际，不生不灭，那才真正得无量寿哩！论富饶，《法华经》说，佛为大富长者；菩萨有无量的本愿功德，佛果有无边的法财，受用不尽；药师净土是琉璃宝所成，阿弥陀佛的极乐世界，也都以金银七宝等物为严饰，这是何等的富有？官位，佛于一切法得大自在，为三千大千世界的法王，其崇高地位，超过一切有权力者。再说男女，佛法每以善心诚实为男子，柔和忍辱为女人。所以我们修学佛法，对此四事应该有深一层看法，要以证得法身慧命，具备功德法财，登法王位，以及有诚实和忍辱的德性为愿望，这才是药师法门的最高境界。
庚二 免难益
辛一 百怪出现难
若复有人，忽得恶梦，见诸恶相，或怪鸟来集，或于住处，百怪出现；此人若以众妙资具，恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来者，恶梦恶相，诸不吉祥，皆悉隐没，不能为患。
下为免难益，第一是离百怪出现难。
释尊说：「若复有人」，睡觉的时候，「忽得恶梦」，看「见」种种「恶相」现前；「或」有不祥的「怪鸟」，如猫头鹰、乌鸦之类，突然飞「来」聚「集」家中；「或于住处，百怪出现」，如房屋巨响，器皿自破，或夜出怪声，种种希奇的现象，从未曾有过，而骤然發生，这都是个人或家庭不祥的预兆。此类异乎寻常的现象，使人引生不幸的预感，而且每有应验。近见报纸登载：有个外国人，养了一条狗，一天忽然跳出屋外，大声狂吠起来，主人跑出一看，整个屋子跟著坍下。据科学家研究，人们将發生不幸的事情，畜类可能有一种第六感官，可以预感得到。我们若遇到这类怪现象，第一、不要慌，一慌就不易应付。如正人君子，心地坦然，或是有道德有修持的人，索性就不要睬他。我国有句俗语：『见怪不怪，其怪自败。』第二、若德行有亏，则虔诚称念药师如来圣号，祈求佛力加被，一切怪事自可消灭。所以这裡说，遇怪现象扰乱的「人」，「若」依上面所指示的，备办各种美「妙资具，恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来」，那么所有「恶梦恶相」等「诸不吉祥」的现象，就会「皆悉隐没，不能」成「为」我们的祸「患」。
辛二 一切怖畏难
或有水、火、刀、毒、悬险、恶象、师子、虎、狼、熊、罴、毒蛇、恶蝎、蜈蚣、蚰蜒、蚊、虻等怖；若能至心忆念彼佛，恭敬供养，一切怖畏皆得解脱。
在各种恐怖的灾难中，此处列举出来的，「有水」灾，大水成灾，可淹死园田的农作物，冲毁房舍，漂没生命，如大陆空前未有的大水灾，不知多少灾民，等待救济。「火」灾，大火成灾也可怕，有时一烧就是百千栋的房屋，人命财产的损失，极为惨重。「刀」灾，即战乱时期的一切灾难。「毒」是遭毒药所害。「悬险」，即走上绝崖峭壁，及危桥险坑，容易失足堕落。「恶象」，象有暴戾的，见人就要蹈死。另外还有恶「师」、猛「虎」、凶「狼」、犬「熊」、和「罴」——即人熊等，都是兽类中最凶猛的一群。「毒蛇、恶蝎、蜈蚣」，是毒虫，若被咬到，不是中毒致命，便是發肿發痛。「蚰蜒」，俗称簑衣虫，与蜈蚣同类，毒液渗入皮肤，立即起泡，發痛發痒。「蚊、虻」，如前已说到。众生「若能至心忆念彼佛」——药师如来，及「恭敬供养」，便能承此殊胜功德，对以上「一切怖畏」灾难，「皆得解脱」。
我们之所以会遭遇猛兽毒虫的啖害，一是由于自己宿业的招感；二是现前心意太毒。我们称念药师圣号，一面消除业障，一面培植慈悲心，减除毒害心，如此便可消灾免难。有的人说：虎狼是人类的祸害，应该把它扑灭。其实毒蛇猛兽并不一定要伤人，而是人心太毒太坏了，总是存心要伤害它，为了自卫，它当然也会伤害你。有人问驯兽师：何以整天跟老虎狮子一块玩而不被伤？他说：简单得很，只要取得它们的信心，让它们确知你实无心害它，而且对它有利，它也就不会咬噬你，并且和你成为好朋友，任凭抚摩玩弄，毫不介意。可见老虎、狮子也有友好的感情。克实说来，虎狼猛兽是怕人的，凭他们的本能与经验，见了人就以为要伤害它，所以迎头抵抗。蜈蚣也是如此，有时爬在我们的身上，不摸它没有事，摸它就被咬一口，因为它要自卫，故起而反抗。我们学了佛，宿业一天天消损，慈悲心一天天增长，一切恶兽毒虫的伤害，自会渐渐减少。古语说『至德之世』，这是真理，并非笑话。佛教有的祖师住在山中，无人照应，就养两只老虎作伴，在他慈悲心怀的抚慰之下，一切驯服听话。明乎此理，欲求消灾免难，就得至心称念药师如来的名号，以消除宿业，滋长悲心；将内心的嗔毒，洗刷得乾乾净净，然后灾难始得免除，否则，可別以为药师如来不感应呢！
辛三 内乱外患难
若他国侵扰，盗贼反乱；忆念恭敬彼如来者，亦皆解脱。
国家的灾难，不出二种：一、为「他国侵扰」——外患；二、为「盗贼反乱」——内乱。如过去有黄巢、李闯、张献忠等流寇的作乱，现今有共产党的叛乱。国家战乱，弄得国破家亡，妻离子散，民众到处逃难，不能安居乐业，真是痛苦极了！这是关于内乱方面的。外患如日本过去的侵略我国，在八年的长期抗战中，人力物力不知损失多少，挨尽战争的苦痛。总之，不管内乱也好，外患也好，我们不幸遭逢这种国难民祸，若能「忆念」、「恭敬」、礼拜、供养「彼」药师「如来」，这些内乱外患的灾害，「亦皆」能够获得「解脱」。因为一个国家受到内外祸患，其主要因素即是本身不健全，所谓木腐而后虫生，如内部健全，无隙可乘，外人不敢侵犯，内乱更不会發动。我们称念药师如来名号，依药师如来的本愿去实行，这些灾难根本不会發生；若万一已经發生，仍须称念药师圣号，修持药师法门，祈求如来本愿功德的加被，同时消除大众的业障。国难是大家共业的所感，非个人或少数人的事，所以要大家至心一意，共修药师法门；大家一致称念佛号，恭敬礼拜，發愿忏悔，这样才能灭除国难——从重而轻，由轻化无。
元朝兵力最强，曾派兵东征日本，日本因国小兵弱，无力抵抗，非常著急，后来發动启建护国消灾法会，由全国民众集中力量，一致祈祷佛力加被，结果元兵两次进犯，兵船都被狂风吹覆，而日本的国难也得以幸免。可是后来，日本反转来侵略我国，终至酿成第二次世界大战，美国也參加攻击日本，情势危急。日本也曾修息灾法，结果，原子弹仍然落在日本。所以，佛力的感应，应为系受人侵略，如侵略他人，那是罪有应得，除非确实认错，痛切忏悔，一切都没有用。
辛四 毁犯堕落难
复次，曼殊室利！若有净信善男子、善女人等，乃至尽形不事余天，唯当一心归佛、法、僧，受持禁戒，若五戒、十戒、菩萨四百戒、苾刍二百五十戒、苾刍尼五百戒，于所受中或有毁犯，怖堕恶趣，若能专念彼佛名号，恭敬供养者，必定不受三恶趣生。
毁犯尸罗，堕三恶趣，也是一大厄难。所以释尊呼「曼殊室利」说：「若有净信善男子、善女人等」，从皈依三宝时起，「乃至尽形」寿——到死为止，「不事」奉或信仰其「余」的「天」魔外道，「唯当一心」一意「归」依「佛、法、僧」三宝。修学佛法的第一课，即是皈依三宝，皈依了三宝，就不许更皈依邪恶鬼神，及其他各种宗教，因为信仰是专一的。所以说要尽形寿的皈依，信心才有著实的归宿。否则见这也皈依，见那也皈依，信心泛乱而分散，等于没有信仰。真正皈依三宝，必须记著！如有人说什么三教同源，五教同源，即是外道邪说，切不可信！或有人说：信了佛不能连财神爷都不要。须知佛法是丰富的宝藏，求财求寿求男女，佛教中样样现成，都能满足众生的心愿；何必供养非佛教的财神？信佛而不皈依魔外，为皈依三宝最根本的原则。
有清净信心的佛弟子，首先归依三宝，其次便要「受持禁戒」。戒为佛法的根本，没有这一根本，一切微妙善法，便无从出生。所以佛弟子必要受戒。受过了戒，佛弟子的资格才算具足。有人因恐受戒而不能持守，毁犯了罪过更重，其实如杀盗淫妄等性戒，就是不受戒，犯了也同样有罪过。戒有「五戒、十戒、菩萨四百戒、苾刍二百五十戒、苾刍尼五百戒」。五戒为在家近事弟子所受持的；十戒为出家沙弥、沙弥尼戒。如约十善说，即通于在家出家。菩萨四百戒，有译为一百四戒，《瑜伽菩萨戒经》说有四重四十三轻，依《梵网经》，则为十重四十八轻。比丘尼总数五百戒，实际上仅有三百多戒。在以上「所受」的各种禁戒「中」，无论是优婆戒，沙弥戒，乃至菩萨戒，「或有毁犯」了的，当然会「怖」畏「堕」落「恶趣」。犯戒众生，「若能专」心称「念彼」药师「佛」的「名号」，以及「恭敬供养」药师如来，那么依此善根功德，犯戒罪垢就可消除，「必定不受三恶趣生」。犯戒众生，果真有怖畏心，惭愧心，能够痛切悔悟，發露忏悔，以慈济众生为本怀的大觉世尊，自然可以悲愍摄受，威力加被，给予自新的机会。释尊住世时，有比丘比丘尼犯了根本大戒，也允许他们作与学沙弥，可免于堕落恶趣；不过现生不能解脱生死罢了。
辛五 女人生产难
或有女人，临当产时，受于极苦，若能至心称名，礼赞恭敬供养彼如来者，众苦皆除。所生之子，身分具足，形色端正，见者欢喜，利根聪明，安隐少病，无有非人夺其精气。」
「或有女人」怀胎期满，「临当」生「产」的「时」候，受到「极」大的「苦」痛。女人生小孩，原为生理上的自然现象，犹如『瓜熟蒂落』，应该没有什么苦痛才是。每见穷人家的妇女，每于分娩的前夕，还在田裡工作；觉得快要临盆了，才回家休息，生了两三天便又工作去了，好像什么没有似地。虽然产时，总有些阵痛，但不一定太苦。生产之所以太苦，主因大概有两种：一、怀孕期间，不知调养，或饮食起居不节，或多嗔多淫。二、或有一般妇女，平时娇生惯养，微微有点感觉，就身心躁动，日夜不安，等到真要生产，精疲力竭，反而不易产下。除此之外，确系前生业障所感的产难，是很少有的。大部分的苦痛，可说都是自找的。现代医药發达，医术高明，在医院中生产，苦痛更少了。如确系难产受剧苦时，「能」够「至心称名，礼赞恭敬供养彼」药师「如来」，一切产难的「苦」痛，尽「皆」可以消「除」。
关于难产的问题，《印光大师文钞》曾讨论到：生产的苦痛，可能是未到时间就急于要生，用力过度所致。故一般均教产妇静躺休憩，不要著急，待时间一到，如顺水推舟，自然不苦。若对佛教有信仰的，则劝其诚心称念药师圣号，观想佛的相好庄严，微妙功德，各种苦难便可冰消。有的人说：产房污秽，不可念佛。其实这完全错误，佛菩萨是大慈大悲的，若见众生苦难，不管处于最污秽的环境裡，也会莅临救济。如慈母看见爱子误坠毛厕，绝不会厌恶他的龌龊，而袖手旁观，不予援救的。佛菩萨视一切众生如爱子，侭管在生产时，皆应诚心念佛圣号，佛一样可以俯垂加护，令其离苦得乐。不独产妇可以脱离苦难，即她「所生」的「子」女，也因母亲念佛礼佛的功德，而「身分」——手足五官等「具足」，「形」貌「色」相「端正」，凡看「见」的都生「欢喜」心。加之天性敏「利」，善「根」深厚，「聪」颖「明」慧，从小至大，「安隐」无事，「少病」少恼，「无有非人」来「夺其精气」，容易抚育成人。
佛教的业感说，除自己造业自己受报（感果）而外，还有一种颇强的展转增上力，也即是说，別人的业力，也可以影响，引發自己的果报。故本经特別强调，父母平时或临产时，称念恭敬供养药师如来，生的小孩也会因之相貌端正，智慧利根。依因果律说，自己的因感自己的果，那是必然的法则，无可异议；即父母的善恶业因，也可影响儿女的祸福。人与人之间，有著密切的依存关系，因此，一切祸福利害，也就不无相关。甲的行为，在某种情形之下，可以把乙的思想性情完全改变。母亲对于婴儿，影响力尤其重大。怀了孕的母亲，如果能归依三宝，受了佛法的熏陶，性情善良，温柔，娴静，少生烦恼，且多作功德，小孩便可五官端正，聪慧无病，这叫做胎教。如母亲常起烦恼，性情暴躁，残酷，或多贪欲，小孩大半是性情暴恶，或多病，愚痴。小孩出生之后，如父母信奉三宝，常行布施，爱物护生，小孩的心地纯白，摹仿性强，易于受熏，如此累年积月跟在一起，目染耳濡，将来自然也能善良和爱。当母亲的，谁都欢喜生好孩子，这必须以身作则，从自己向善做起。
有些年轻夫妇，感情融洽，经济环境都很好，心地也很正直，家庭非常和睦，生的小孩子也就很聪明可爱。有些夫妇，因为家庭环境不好，感情破裂，时常吵闹發脾气，结果生了孩子也染有恶习。这即所谓展转增上力——他力。在座诸位，为了家庭幸福，为了儿女健康聪明，大家应该至诚恳到，信奉三宝，多修福德。
丙三 德行叵思
丁一 信解难得
戊一 问答决定
尔时，世尊告阿难言：「如我称扬彼世尊药师琉璃光如来所有功德，此是诸佛甚深行处，难可解了，汝为信否？」
第三明德行叵思；佛的功德，愿行，不可思议，非我们众生所能理解得到，想像得到。此中分二，今是第一信解难得。因佛的功德愿行不可思议，所以就难信难解；众生于此难能信解中，而能生信起解，实在难得。这又分三，先问答决定。
也许有人發生疑问：何以上文的当机者为曼殊，而现在却告诉阿难？要知道，曼殊是智慧第一的大菩萨，凭他智慧，对佛的功德妙行，没有什么不可信解的，所以将此问题转问阿难。阿难，义译庆喜，为释尊在家的堂弟，非常聪明，听什么就记得什么，博闻强记，为佛出家弟子中『多闻第一』。他前后跟随释尊二十年，佛所说法，都能记忆不忘，是结集经典的重要人物。现在，释迦「世尊告」诉「阿难」说：像「我称」赞宣「扬彼世尊药师琉璃光如来所有」的「功德」，这「是」十方「诸佛」最奥妙，极「甚深」的「行处」，在一般众生是最「难可解了」的，「汝」阿难听了可相「信」吗？甚深行处，为佛的境界，即佛的智慧慈悲所行的境界。佛的智慧方便，及其慈悲济世的妙用，极广极深，一般凡夫的心境，确实无法生信。因此，释尊特別提出，假借与阿难的问答而普示大众。
佛法有大小乘，一切经典不完全一致，各有他的中心论题。对于一切大乘经，大体可以分为三大类：一、是重于境相的分析，二、是著重行门的叙说，三、是注重果德的显示。侧重境相的，如说明世界的情况，六道的轮回，以及众生的色身、心识等，总之是说明宇宙人生的各种现象，有科学、哲学的意味，最现实，所以易于信仰和理解。著重修行的，如说明布施、持戒、忍辱、精进、智慧等等，这是陈述發菩提心，修菩萨行的一切，比较难解，特別是关于修定，發慧，体证毕竟空性。真如不二，实相无相，这些胜义行，更不易解；不过与果德比较起来，还可推论而知。阐述果德的，如《法华经》、《华严经》、《弥陀经》、《药师经》，这类经典，所说的都是佛果位的圆满功德、神通、智慧、利生济世等事。《弥陀经》说『此难信之法』，《法华经》也说『其智慧门，难解难入』，《华严经》也以佛果为本而说明一切。这与我们凡夫的心境差得太远，故难于信解。本经说药师如来的本愿功德及其广大行果，也是不易理解不易确信的。所以教化众生，给他讲唯识，给他分析自然现象与心理活动，倒还容易接受；进而论到菩萨行门，观照缘起性空，不生不灭真性，还不难信解；如说到佛果的境界，那就太高深，太难解难信了！佛法的境行果，是有其一贯性的；从境相的分析，到行门的陈叙，到果德的阐發；约众生说，也即是由可思议到不可思议，由易信解到难信解。
阿难白言：「大德世尊！我于如来所说契经，不生疑惑；所以者何？一切如来身语意业，无不清净。世尊！此日月轮，可令堕落；妙高山王，可使倾动，诸佛所言，无有异也。
这是阿难回答的话。他说：「大德世尊！我」对「于如来所说」的「契经」（上契诸法真理，下契众生之机），深深信受，绝「不生」起任何「疑惑」。大德，梵语婆檀陀，是对佛的一种尊称，也可译为尊者，含有极其尊重的敬意；现今多滥用，一般在家人也称为大德了。阿难是一位声闻行者，对释尊所说的诸佛甚深行处，何以能够深信不疑？据阿难自己向佛的表白，即因为「一切如来身语意业，无不清净」。如来的动身發语，以及起心动念，一切三业妙用，无非是清净法界的等流，无非是智慧慈悲的表现。二十年来，阿难形影不离的跟著佛，亲自目睹耳闻，当然最为了解；所以佛陀，在他是唯一可信的。既相信佛，而此经出自佛口，自然也就可以深信不疑了。所以阿难并非真能信解诸佛甚深行处，而是信任释尊的圣格，绝不会说假话。因此，所说最深难解的如来果德，他能信受不疑。人类的信仰，原有二种：一、用自己的智力，从究理而起的信仰。二、由于信任別人的启示，间接引生自己的信仰。这如有人从远方来，讲述那边的情形如何如何，虽是极难令人置信的事情，但由于说者一向诚实可靠，也可使大家相信不疑。阿难从信佛而深信药师如来的本愿功德——诸佛甚深行处，也是这个道理。从前有一外道，不信释尊已证大菩提，特地暗派他的儿子，跟随佛，视察佛的各种生活动态，经过了三个月，看不出佛的一点毛病；这才弃邪向正，归依佛陀。佛的威仪严肃，衣服整齐，内外一致；佛说法也用不著思考，说出自然契机契理，恰到好处；佛对世出世法，不用推求，自然现前明了。佛的三业如此清净如法，还有什么可疑！阿难跟佛最久，而且最接近佛，在日常生活中，佛的穿衣吃饭，行住坐卧，待人接物，乃至说法度生，每一样的动作，阿难都了解最为亲切，所以阿难对發扬药师如来果德的本经，彻底相信。他接著说：纵使天空的「日月轮，可」以「令」它「堕落」下来；地上的「妙高山（须弥山）王，可」以「使」它「倾动」，而「诸佛所」说的话，绝对真实不虚，「无有」变「异」的！这即是表示，纵许日月轮有掉下来的一天，须弥山有倾动的一天，而阿难对佛说的可信性，却始终不会稍有动摇。
戊二 信谤德失
世尊！有诸众生，信根不具，闻说诸佛甚深行处，作是思惟：云何但念药师琉璃光如来一佛名号，便获尔所功德胜利？由此不信，返生诽谤；彼于长夜，失大利乐，堕诸恶趣，流转无穷。」佛告阿难：「是诸有情，若闻世尊药师琉璃光如来名号，至心受持，不生疑惑，堕恶趣者，无有是处。
众生对此难可解了的诸佛甚深行处，若相信不疑有何功德，若诽谤不信有何过失。先由阿难陈述不信的过失。
阿难说：「世尊！有诸众生」，因为「信根（坚固的信心，如树之生根）不具」足，「闻说诸佛甚深行处」，便「作」这样「思惟」：凭什么理由，「但念药师琉璃光如来一佛」的「名号」，就能够「获」得那么多的微妙「功德」，和殊「胜」的「利」益？「由此」疑惑「不信」，继而「返生」种种「诽谤」。因这是诸佛共同的甚深境界，智慧较深的，还可从推理中求得信解，若智力薄劣的，对于佛法没有深固信心的，当然难于信受了。不信而反加诽谤佛法，罪过很大，所以说：「彼于」漫长的生死「长夜」中，得不到佛光的照耀，一切福德智慧无由滋长，「失」去了极「大利乐」！永远「堕」落三「恶趣」中，沈没苦海深渊，「流转无穷」，求出无期。《般若经．赞毁品》说：一切功德赞叹经典为大；一切罪过以毁谤经典为重。
接著，由佛赞叹信受的功德。「佛告」诉「阿难」说：「是诸有情，若闻世尊药师琉璃光如来名号」，而起净信，「至心受持」忆念，恭敬供养，「不生」丝毫「疑惑」；如果这样而还会「堕」于「恶趣」，决定「无有是处」！因为闻说药师如来的名号，能够信受忆持，至心称念，便可蒙佛慈悲愿力的加被，得以往生净土，或受生天上人间了，那有堕于恶趣之理？这是决无可能的。
戊三 信解希有
阿难！此是诸佛甚深所行，难可信解；汝今能受，当知皆是如来威力。阿难！一切声闻、独觉，及未登地诸菩萨等，皆悉不能如实信解；唯除一生所系菩萨。阿难！人身难得；于三宝中，信敬尊重，亦难可得；得闻世尊药师琉璃光如来名号，复难于是。
既说明了信谤的德失，再归结到，对药师法门能生净信，能如实理解，为最极难得，最极希有。所以释尊又告诉「阿难」说：这以上所说药师如来的无边功德，「是诸佛甚深」悲智「所行」的境界，一般众生「难可信解」，而「汝」阿难现「今」却「能」信「受」，「当知」这不是你自己的智慧力所能办的，而完全「是如来威力」的加被。因为，这不但一般愚痴暗昧的凡夫难于信解，即解脱生死，证得小乘极果的「一切声闻」和「独觉」，以「及未登」初「地」之前——十信、十住、十行、十回向的「诸菩萨等」，也都同样「不能如实信解」。登地菩萨，对于佛法才算已经登堂入室，分证得如来的法身，也才能部分如实信解诸佛的甚深行处。如实信解，是真实的、亲切的确信，和彻底的、明了的体解。如一瓶醋，只听別人说是酸的，虽然可信，但不够确切实在，必须亲自尝了一口，然后才确实知道它是酸的。我们平常的信，只是一种仰信；相信佛、菩萨、祖师等，均属仰信，即由尊敬仰慕而起信。对于佛果的功德，凡夫固然不能如实信解。就连二乘圣者，地前菩萨，也都未能如实信解，「唯除一生所系菩萨」——即下一生就成佛的补处菩萨，才能如实信解。阿难的信，与我们的信，同属于仰信；真正的如实信，那就要亲自体证，所以极其不易。
释尊以如实信解不易，又作层层深入的说明：在生死轮回中，「人身」是非常「难得」的；得了人身，能「于三宝中」，起「信敬尊重，亦难可得」。如今世界上二十多亿的人群中，信敬三宝的能有几人？这虽然是难中之难，但还不及听闻药师如来而如实信解的难得，所以说：「闻世尊药师琉璃光如来名号，复难于是。」这有三层：第一、人身难得，第二、信敬三宝更难得，第三、闻药师名号更极难得。由前面的两难得，显示最后的难得。释尊为什么要这样说呢？须知对佛的果德，难信能信，难解能解，才显出信解者所获的功德是如何之大！
丁二 功德无尽
阿难！彼药师琉璃光如来，无量菩萨行；无量善巧方便；无量广大愿；我若一劫，若一劫余而广说者，劫可速尽，彼佛行愿，善巧方便，无有尽也！」
佛的德行难思，信解固然难得，功德无尽，也难以尽说。因为佛有无穷无尽的功德，故难以信解；由于难信难解，显得佛功德的无穷无尽。
佛对「阿难」说：「彼药师琉璃光如来」，为什么有那样大的功德，令众生闻其名号，一切灾难悉皆消除，一切愿求都能满愿？因为，在过去菩萨因地中，修「无量」的「菩萨行」，發「无量」的「广大愿」，所以成佛以后，即有「无量善巧方便」，慈济一切有情，令其离苦得乐。不但佛果的善巧方便，无量无边难以说尽，即菩萨因中的广大行愿，也难说尽，所以释尊说：「我若」以「一劫」或「一劫余」的时间，「而」来「广说」药师如来的无量行愿，和善巧方便，也还是说不完。因为「劫」的时间虽长，而到底是有「尽」的；「彼」药师「佛」的广大「行愿」，及其「善巧方便」，却是「无有」穷「尽」的，怎么说也说不完。这是显示药师如来因行与果德的广大无尽。
乙二 菩萨弘传
丙一 开示弘通
丁一 救病难以延命
戊一 说延寿法
己一 起说
尔时，众中有一菩萨摩诃萨，名曰救脱，即从座起，偏袒一肩，右膝著地，曲躬合掌，而白佛言：
如来开示后，必有称机的大菩萨發愿继佛弘扬，这等于老师提示根本道理，由学生去發扬光大。今此菩萨弘传，特重于消灾延寿。也分三科，第一开示弘通；先是救病难以延寿。
当释迦如来开示结束「时」，在法会的听「众中」，「有一」位「菩萨摩诃萨，名」叫「救脱」。此大菩萨，顾名思义，即救拔众生脱离苦难，是依德立名。因药师世尊的精神重此，所以代佛弘扬消灾延寿一门，由这位救脱菩萨来负担。救脱菩萨「即从」自己的「座」位站「起」来，依著请法的礼仪，「偏袒一肩，右膝著地」，恭敬地「曲躬合掌，而」向「佛」禀「白」他的意思。
己二 正明
庚一 病患垂危
「大德世尊！像法转时，有诸众生，为种种患之所困厄，长病羸瘦，不能饮食，喉唇乾燥，见诸方暗，死相现前；父母、亲属、朋友、知识，啼泣围绕。
救脱菩萨说：「大德世尊！」到佛灭千年后，「像法转时，有诸众生」善根微薄，业障深重，「为种种」病「患之所困厄」。一病就是几月，或「长病」几年，「羸瘦」如柴，「不能饮食」。越病越重，「喉」咙口「唇」，由于热度高，均得「乾燥」焦破，不能说话。眼「见」东西南北「诸方」黑「暗」来侵袭。依佛法说，一个人病得口唇乾裂，鼻子翘起，眼色无神，种种「死相现前」的时候，若见四方的黑暗弥漫，即是下堕恶趣的现象。到了这临死的片刻，自己病苦难堪，而「父母」以及兄弟、妻儿等「亲属」，及「朋友、知识」——师长或知心友好，见其病势沈重，医药无救，将与死神见面，不免有死別的苦切，所以「围绕」著病人，「啼」哭啜「泣」，这给病人更添无限的苦痛。人都是要死的，死时多少有一些苦痛。可是最苦痛的，是上有父母，无人奉养，下有儿女，无人抚育，或年轻的恩爱夫妇，难离难舍，或财富多而放不下，这才是临终时的最大苦痛。
庚二 神识受报
然彼自身，卧在本处，见琰魔使，引其神识，至于琰魔法王之前；然诸有情，有俱生神，随其所作，若罪若福，皆具书之，尽持授与琰魔法王。尔时，彼王推问其人，算计所作，随其罪福而处断之。
神识受报，依佛法的究竟义说，是很深奥的；今救脱菩萨，为了适应末世钝根众生，故用一般的通俗说法。他说：病人当在垂危之际，虽然「自身」还是「卧在本处」的病榻上，但却看「见琰魔」王的「使」者来拘引他。琰魔，中国俗称为阎罗王，义译为平等王或双王。据说，有兄妹二人死后受生地狱，分掌统治罪人的职权，故称双王；因对罪犯的判罚公平，铁面无私，不狥人情，所以又名平等王。王的使者，或如我们人间衙门裡的差役，或是生得古怪凶恶，他把病人的「神识」拘「引」到「琰魔法王」的跟「前」，听候审判。在佛教裡，被称为法王的有三：一是推行十善，以正法治世的转轮法王；二为铁面无私，治理地狱罪犯的琰魔法王；三即于一切法得大自在的无上法王——佛。三者虽同称为法王，而意义很有差別。
这裡所说见琰魔使者等等，是在病重闷绝，或昏迷状态之下，过去所作的业相现前。便在自己的心识上，幻现一种果报影像，并非真的死去，也不是真被琰魔使者拘入地狱。因为依佛法真义说，人如真的死了，是不能复生的。很多关于游地府见阎王的民间故事，在众生当时的心境，确有这种经历，但绝不是真已死亡堕入地狱，而只是业相的显现于心识而已。唯识学说众生有八识，这神识即系第六意识，非是第八阿赖耶识。我们见人闷绝或昏迷过去，似乎已经死亡，其实还有第八识在执持。第八识若一旦脱离躯体，生命便告结束，绝不可能复活。所以此处说神识受报的情景，纯属意识的活动作用。
琰魔王的裁判罪人，或轻或重，完全是以罪人自己的『俱生神』所呈报为根据。我们每个「有情」，从生下来就有一个「俱生神」，形影不离地跟踪著，「随」我们「所作」的事情，「若罪若福」，或善或恶，「皆」一点不漏地完全「书」写下来，比我们自己记的还要清楚。待我们命终之后，便原原本本「尽持授与琰魔法王」。那「时」，琰魔王就依著记事簿册，审「问」那被拘去的「人」，并且「算计」他平生「所作」的事，看到底善多恶多，然后「随其罪福」的轻重，「而处断」他该受何报。这与我国民间传说的阎罗王故事一样。
像以上的这种境界，在沈重的病患者中，有经验的很多，而且苏醒之后，能够记得清清楚楚。不过若依佛法的真义说，这是将死而业相现前。一生作善作恶，此时皆一一清楚地浮现于自己的心前，一幕一幕过去，如在梦中所见一切境界，像真的一样。如年轻时不孝父母，后来时常抱疚于心，于是夜裡就作梦，好像真的因此而受到惩罚。平时的所作所为，到了将死的前夕，业相即从神识显现出来，也是如此。
此中所说的俱生神，也即是众生的第八识；所谓记录善恶罪福，便是八识的熏习作用。一切种子，不管善的恶的，或是无记性的，都熏习在八识田中。有时自己都记忆不起，而它却受熏而并不失去。一举一动，做善做恶，都留下一个不可磨灭的印象，在自己的八识库藏中；没有化为现行前，永远保存在那裡，到将要死亡的时候，就会完全显现出来。特別是作恶的，如宰羊杀猪为业，临死时，所见的都是猪羊向他讨命索债；好杀青蛙的，见到满地尽是青蛙，向他叫嚣吵闹。所以本经所讲见琰魔王使者等等，只是业相在心识中显现，并非真情实景。若果真造了恶业，死后当然要堕落恶趣，受种种苦逼的。假使一落琰魔死王手中，是再也不能复活。
庚三 作福续命
时彼病人亲属、知识，若能为彼归依世尊药师琉璃光如来，请诸众僧，转读此经，然七层之灯，悬五色续命神幡，或有是处，彼识得还。
病情进入死相现前的阶段，是难有生还的希望了。然而大悲慈济的药师如来，设有一消灾延寿的法门，若能依教奉行，或有复起的可能。此一方便，据救脱菩萨的指示是这样：一、「彼病人」的父母「亲属、知识」朋友等，要专诚恳至，「为」他「归依世尊药师琉璃光如来」；二、「请诸」高「僧」大德，一遍又一遍地「转读此」药师如来本愿功德「经」；三、「然七层」长明「灯」，每层七盏，共四十九盏，以象征生命光辉的延续；四、「悬」挂「五」种䌽「色」的长幡，幡上写著药师琉璃光如来的名号，叫「续命神幡」，意思即延续病者的寿命。若能这样代为皈依药师如来，礼请高僧读诵《药师经》，以及然灯、悬幡供养如来，那么「或」者「有」此可能，使「彼」病人神「识得」到「还」复苏醒过来，生命得以延长。不过，这是病人寿命还没有尽，或具有善根，再加以代为皈依、念佛、诵经，作了许多功德，则可因此回复生机。如寿命已尽，此生业报力尽，到了必死的时候，那是无法挽救的。故说或有是处，即或者有此可能，而不说决定。
庚四 励力行善
如在梦中，明了自见，或经七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼识还时，如从梦觉，皆自忆知善不善业所得果报。由自证见业果报故，乃至命难，亦不造作诸恶之业。
如此死相现前生命垂危的病人，若因受药师如来慈悲愿力的加被，而得以扭转危机，恢复健康，那么他此后的一生，必定能够弃罪恶，而进趣于善行。这因他在沈病中，被琰魔使者拘引到地狱裡，亲见各种残毒可怕的刑具，犯人受罪的凄厉惨痛的景象，以及琰魔王推问审判他的情形，都曾令他毛骨悚然！他在经历这些境界的时候，「如在」睡「梦」之「中」，一切「明」明「了」了地亲「自见」到。这样的情形，「或经」过「七日，或二十一日，或三十五日，或」长到「四十九日」。在这期间，因其亲属能依照前面列举的各种续命办法去做，所以他的神「识」就得「还」苏回来。那「时」，他恰「如从」大「梦」中「觉」醒一般，病中所梦所见的各种凄惨苦况，历历分明，「皆」能一一记「忆」著，并且确切了「知善」业与「不善业」，「所」应感「得」的「果报」，和生死轮回的因果情况。「由」于亲「自」身历其境，确实「证见」到「业」感「果报」的缘「故」；所以自今而后，不但平时不做越轨的非法行动，「乃至」遇到「命难」——如有人威胁他的生命，逼他作恶，也宁可牺牲生命，「不」愿「造作」任何罪「恶」「业」。因为他知道：死，不过一期生命的结束，还可得到未来的善报；如作了恶业，必定要堕落恶趣，受无量苦。
己三 结劝
是故，净信善男子、善女人等，皆应受持药师琉璃光如来名号，随力所能，恭敬供养。」
这是结劝，即总结上述延命的方便法门，而劝大众努力修持。救脱菩萨说：以「是」之「故」，凡对药师如来有「净信」的「善男子、善女人等，皆应」依教「受持」，称念「药师琉璃光如来」的「名号」。或遇病苦缠绵，死相现前，或者无此不幸遭遇，都应「随」分随「力」，尽自己「所能」做的，用种种香、花、灯、幡等物，「恭敬供养」药师如来。
戊二 明延寿仪
己一 问
尔时，阿难问救脱菩萨曰：「善男子！应云何恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来？续命幡灯，复云何造？」
救脱菩萨在佛前开示大众，欲救病难以延命的，应该恭敬供养药师如来，和然灯、悬幡等等，但仍嫌简略，故今由阿难启问具体办法，对此方便作一番详说。救脱菩萨虽于佛前为大众说，而其真正的称机者，实为像法转时的众生；阿难体会得这点，也为彼时众生著想，因而起问。
救脱菩萨结劝大众的「时」候，「阿难」便问他说：「善男子！」有病难的众生，「应」该怎样「恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来」？同时，「续命幡」和长明「灯」，又该如「何」制「造」？阿难所提出的问题，仅此两点。
己二 答
救脱菩萨言：「大德！若有病人，欲脱病苦，当为其人，七日七夜，受持八分斋戒，应以饮食及余资具，随力所办，供养苾刍僧；昼夜六时，礼拜供养彼世尊药师琉璃光如来；读诵此经四十九遍；然四十九灯；造彼如来形像七躯，一一像前各置七灯，一一灯量大如车轮，乃至四十九日光明不绝；造五色䌽幡，长四十九搩手；应放杂类众生至四十九；可得过度危厄之难，不为诸横恶鬼所持。
「救脱菩萨」答覆阿难，先尊称一声「大德」。阿难称救脱菩萨为善男子，救脱菩萨却尊称阿难为大德；因救脱虽是菩萨，但现在家相；阿难虽属小乘行者，而现出家相，为尊重出家比丘，故称大德。救脱菩萨说：「若有病人，欲」想「脱」离「病苦」，亲属朋友，或诸相识，应「当」代「为其人，七日七夜，受持八分斋戒」。同时，「应以」种种清净「饮食」，「及」其「余」各样「资」生用「具」，「随力」量「所办」得到的，多少不拘，随分「供养苾刍（比丘）僧」。又于「昼夜六时（印度古时，日夜各分初中后三时）」中，虔诚「礼拜」，恭敬「供养彼世尊药师琉璃光如来」。此外，还要专心「读诵此」药师「经四十九遍」。这是答云何恭敬供养药师如来的问题。
下再说明幡和灯的造法，及如何然灯供养。「然」七七「四十九」盏「灯」；「造」药师「如来形像七躯」；在「一一」圣「像前」，「各」各供「置七」盏「灯」；「一一灯」的体「量」，「大如车轮」。轮有大小，所以可随力而办。灯要有人常时照应，从第一天「乃至四十九日」（极多四十九日，如早些日病好了，一七、二七便可停止），务使「光明不绝」。因为灯的光明，是延续生命的象征。制「造五色」的「䌽幡，长」约「四十九搩手」，印度多以搩手量物；伸长手指，从大指端到中指端，叫一搩手。现在成人的一搩手，约六七寸。四十九搩手，有三四丈长。此外，还要放生，「放杂类」的「众生至四十九」数，如放鸟雀、鱼虾、爬虫之类。放生，即是解脱其他生物的寿命之灾，使他得以延长，由此可得消灾延寿的功德。佛教提倡不杀生、放生，处处表现这一慈善行为。如能依照以上各种办法去做，病人便「可」以「得」到「过度危厄」的灾「难」，不致于死，而能恢复健康，无病延年。众生的病，有时实系邪神恶鬼的作祟，搅得病者不死不活，苦痛欲绝！如依法修持药师法门，过去罪障得以消减，功德善根不断增长，蒙受药师如来威力的加被，也就「不」再「为诸横恶鬼所」执「持」，而能恢复健康了。
丁二 救国难以延命
复次，阿难！若刹帝利灌顶王等，灾难起时，所谓人众疾疫难，他国侵逼难，自界叛逆难，星宿变怪难，日月薄蚀难，非时风雨难，过时不雨难。彼刹帝利灌顶王等，尔时应于一切有情起慈悲心，赦诸系闭；依前所说供养之法，供养彼世尊药师琉璃光如来。由此善根，及彼如来本愿力故，令其国界即得安隐：风雨顺时，谷稼成熟；一切有情无病欢乐；于其国中，无有暴恶药叉等神恼有情者；一切恶相，皆悉隐没；而刹帝利灌顶王等，寿命色力，无病自在皆得增益。
国以民立，民依国存。国家是人民的保障，人民是国家的血轮；没有人民即没有国家，没有国家，也没有人民。所以，我们欲得康乐延命，必为国家祈求消灾免难。国家平宁，无灾无难，我们大家才能安居乐业，生命财产才能获得合理的保障，而过著幸福太平的生活。不然，国家多灾多难，不但生活动荡不安，即生命的安全，也随时受著很大的威胁。古语说『宁作太平犬，不作乱世人』，可见乱世人是多么痛苦？民国以来，从抗日，及现在共党的叛乱，国家损失了多少财物，牺牲了多少生命，亿万人民尽生活在水深火热的苦难中！因此，我们要求个人的幸福，或家庭的安全，就应为国家祈求平安，减除灾难。
在现代，人类思想进步，知道国家是全体人民的，可是古时，都把国家视为帝王所有，国家的灾难，即是帝王的灾难。佛法随应当时民情，所以这裡先从帝王说起。救脱菩萨再次对「阿难」说：「若刹帝利（王族或武士阶级）」，和「灌顶王等」，遇有「灾难」生「起」的「时」候。印度习俗，太子将要登王位时，即举行一种隆重的灌顶礼，取东南西北四大海水盛于瓶中，浇灌在太子头顶，近乎现代的加冕礼，故名灌顶王。国王有些什么灾难？「所谓」：一、「人」民群「众」的「疾」病瘟「疫难」。从前欧洲罗马帝国非常强盛，后因人民普遍感受一种恶性疟疾，不久就衰落下来，所以疾病瘟疫，对于国家也是严重的灾难。二、受了其「他」不讲道义，不守国际公约，野蛮强暴的邻「国侵」略和「逼」害而引起的灾「难」。三、在「自」己国「界」之内，發生土匪流寇的「叛逆难」，如中国从前的黄巢、李闯，以及现在的中共。四、「星宿变怪难」：天上的星宿，本来出落都有一定的度数，若起了特殊变化，也很可能预兆著国家的灾难来临。五、「日月薄蚀难」：依现代知识说，这只是一种自然现象；但古代印度和中国，均视为人类灾难的预兆。据实说来，天文现象的变化，与人生确有很密切的关系，因它的变化，可能有风灾、水灾、旱灾等。近代科学家研究，太阳有一黑圈，如果膨大起来，人心即会不安，可能引起严重的战争。总之天文的变化，会影响人心，增加人与人之间的磨擦。六、「非时风雨难」：即不应当吹风下雨的时候，而吹风下雨，以致酿成不可收拾的灾害。七、「过时不雨难」：即应当下雨的季节而不下雨，处处闹水荒，农作物通通被旱死。这些灾难，范围小还不要紧，若到处普遍如此，国家就危险了！
一个国家民族，若不幸遭逢上述各种灾难的扰害，应该怎么办呢？救脱菩萨开导说：身为「彼」国元首的「刹帝利灌顶王」，及辅理国务的王族权贵「等」，在那个「时」候，「应」该对「于一切有情（人民）起」大「慈悲心」。因为国家的灾难，是人民的共业所感，与人心有关；天的降灾，也即因人与人之间的不调和，缺乏同情心。所以先由国家首领，生慈悲心，「赦」免牢狱裡所有被「系」缚囚「闭」的犯人。或好人被冤枉的，或肯自新悔过，或被囚多年，或刑期已满，尽皆释放，畀予自由，让他们得与父母兄弟，妻子儿女团圆过活，重新做人。如此国家刑法减轻，而代以道德政治，领导民心向于慈善，使人人深具同情心，彼此容忍，和谐相处，于是和气可以致祥。这是从人事求改善的一方面。另方面，须「依前」面救脱菩萨「所说」的种种「供养之法」，至心恭敬，「供养彼世尊药师琉璃光如来」。那么，「由此」两方面的功德「善根，及彼」药师「如来本愿力」的加被，便可「令其国界」，所有灾难「即得」解除，人民「安隐」自在。应吹风即吹风，应下雨即下雨，「风雨顺时」，稻「谷」农「稼」物，都能「成熟」丰足。「一切有情（人民）」，身体健康「无病」，人人生活得十分「欢」喜快「乐」。同时，在那个「国」界内，也绝没「有暴恶」的「药叉等神」，作怪「恼」害「有情」，纵有也是卫护人民的善神，而且「一切」不吉祥的「恶相」——灾难的预兆，也「皆悉隐没」不现。此时人民所过的，是一种安宁康乐，丰裕富足的生活。「而刹帝利灌顶王等」，也因人民安定，国家升平，无所忧患操心，因此「寿命」增加，「色力」充沛，身心「无病」，「自在」快乐，全国上下「皆得增益」。
丁三 救众难以延命
阿难！若帝后、妃主、储君、王子、大臣、辅相、中宫、䌽女、百官、黎庶，为病所苦，及余厄难；亦应造立五色神幡，然灯续明，放诸生命，散杂色华，烧众名香，病得除愈，众难解脱。」
这是除了国王以外，而说后妃王子、文武百官，以及一切庶民，也可依药师法门修持，以求除病延命。
救脱菩萨又呼「阿难」说：全国性的灾难和消除灾难的办法，都已说过了，现再略谈关于帝后及臣民的消灾延命。「帝后」，即国王的大夫人，古代为多妻制，帝王除皇后以外，还有其他妻妾，都名为「妃主」。「储君」，即候补王位的太子。「王子」，也是国王的儿子，是太子的兄弟辈。「大臣」，如中国古代三公之类，为国家重臣。「辅相」，是辅助大臣处理国事的大官，如现今部长次长之类。「中宫」即太监，管理王宫的事务。「䌽女」，是王宫中照应帝王和后妃的女子。「百官」，即全国所有其他管理庶政的官员。「黎庶」，即老百姓。上自后妃，下至一切民众，若「为」各种「病」苦所缠，「及」遭其「余」的水、火、风、战乱等「厄难」所困，「亦应」遵照前面指出的方法，制「造」悬「立五色神幡」，「然」七七四十九盏「灯」，供药师如来像前，使其延「续」长「明」，勿令息灭；此外还要「放诸生命」——如鸟雀、鱼虾、牛羊等类——及「散」各种「杂色」鲜「华」；「烧」燃各种「名香」（照上面的指示，应该还有称名、诵经、礼拜等）。借此供养药师如来的殊胜功德，一切「病」苦便「得除愈」，所有「众难」，完全「解脱」。
这以上，虽分灾难为三大类——病难、国难、众难，而救难的方法都一样；这是救脱菩萨特地为末世众生开示的方便。
丙二 问答释疑
尔时，阿难问救脱菩萨言：「善男子！云何已尽之命而可增益？」救脱菩萨言：「大德！汝岂不闻如来说有九横死耶？是故劝造续命幡灯，修诸福德；以修福故，尽其寿命，不经苦患。」
菩萨弘传中，现为第二问答释疑。阿难听了救脱菩萨的开示，对于消灾延寿的法门，心裡發生怀疑，所以在此特別提出请问，以求释除疑惑。
依上面的开示，众生凡有病患或遭其他厄难，无论如何险恶，甚至已经死相现前，只要按照药师法门去履行，都可仗佛愿力加被，获得免难延命。然而依佛法说，人的生存或死亡，系决定于其自身的因果业报；因果，是必然而不变的法则，应死即死，如瓜熟蒂落，谁也更移不了，何能消灾而不死？「阿难」对此疑惑不解，故「问救脱菩萨」说：「善男子！」众生「已」经终「尽」的寿「命」，「何」得还「可增益」延续？「救脱菩萨」答道：「大德！汝岂不」曾听「闻如来说」过「有九」种「横死」吗？佛在经中曾说众生有九横死。这裡所谓消灾续命，便是对那不该死而惨遭横死的人说的。如人寿该活一百岁，但由于种种恶劣因缘的牵制，只活了二、三十岁就死了，这即是不该死而死的。以「是」之「故」，特「劝」导众生制「造续命幡」，和燃「灯」供养三宝，「修诸福德」资粮；「以修福」德的缘「故」，便可「尽其」应得的「寿命」，平安稳健地活下去，直至真正寿终，绝「不」再「经」任何不幸的「苦患」。
阿难问言：「九横云何？」救脱菩萨言：「若诸有情，得病虽轻，然无医药及看病者，设复遇医，授以非药，实不应死而便横死。又信世间邪魔、外道、妖孽之师，妄说祸福，便生恐动，心不自正，卜问觅祸，杀种种众生，解奏神明，呼诸魍魉，请乞福祐，欲冀延年，终不能得；愚痴迷惑，信邪倒见，遂令横死，入于地狱，无有出期——是名初横。
「阿难」又「问」：「九」种「横」死是什么样的？「救脱菩萨」说：「若诸有情」，因四大不调，「得」了毛「病」。起初病「虽轻」微，「然」而没有「医」生诊治，不服汤「药」，以「及」没有「看」护「病」患的人，这样慢慢拖延，病患一天沈重一天，终于不治身死。「设复遇」到「医」生，但系庸医，医术不高明，乱开药方，「授以」不合病症的汤「药」；「实」在「不应」该「死」的，「而」却被误害致遭「横死」。另外「又」有一种人，舍三宝正法不信，而「信世间」一般思想不正、自害害人的「邪魔、外道、妖孽」巫「师」，听受他们谣言惑众，「妄说祸福」。如假借神鬼附体，胡说什么窥得天意，某地方某日某时将降天祸，或说某人某日某时将有大祸临头，可能要丧身失命。这么被他一吓，「便生恐动」，极度慌张，把握不住自己，日夜忐忑不安。「心」思「不」能「自正」，于是想出许多蠢笨办法，如看相算命，抽签「卜」卦，「问觅祸」根，听凭邪师指示，宰「杀」猪羊等「种种众生」，作法祭祀，禀「奏神明」，求其「呼」遣鬼神「魍魉」帮忙，「请乞」消灾纳「福」，保「祐」平安，以「冀」长命「延年」。可是，「终」于「不能得」到效果。因为心思不正，「愚痴」无智，颠倒「迷惑」，轻「信邪」魔外道，起「倒」乱「见」，杀生作孽，罪恶累重，结果「遂令横死」，而且死后还得「入于地狱」，受无量苦，「无有出期」。这就「名」为「初横」。
二者、横被王法之所诛戮。三者、畋猎嬉戏，耽婬嗜酒，放逸无度，横为非人夺其精气。四者、横为火焚。五者、横为水溺。六者、横为种种恶兽所啖。七者、横堕山崖。八者、横为毒药，厌祷，咒诅，起尸鬼等之所中害。九者、饥渴所困，不得饮食而便横死。是为如来略说横死，有此九种。其余复有无量诸横，难可具说。
救脱菩萨对于九横死的解说，初横讲得较为详尽，后面八横，都极其简略。
第「二」横死，即因做了危害国家人民的事情，触犯了国法，罪至死刑；或确无罪过，而受冤枉，「横为王法」（国法）「所诛戮」。第「三」，欢喜「畋猎」鸟兽，赌博等「嬉戏，耽」于「婬」欲，「嗜酒」如命，这大多是些哥儿少爷，或无赖流氓，有闲不务正业，终日游荡，「放逸无度」，于是「横为非人夺其精气」。因行为放荡不羁，狂嫖烂赌，或逢酒必醉。如此精力一天天消耗减损，加以心绪邪乱，邪神恶鬼恰可乘虚而入，夺其精气而置之死地。第「四」，「横为火焚」，如丧身失火场所，或遇世乱，死于砲火之下。第「五」，「横为水溺」，如惨逢水灾，被洪水冲没，或平时掉河而死，或乘船遇难溺毙海洋。第「六」，「横为」毒蛇、疯犬、狮子、虎狼「种种恶兽所啖」食。第「七」，因不小心，「横堕」于「山」坑险谷，悬「崖」断壁，而死于非命。第「八」，「横为毒药、厌祷、咒诅、起尸鬼等之所中」伤、毒「害」而死。第「九」，或因没有能力谋生，或遇大荒年，为「饥渴所困，不得饮食而便横死」。这一切都是未尽天年，而突遇意外丧命的；虽然死的方式各有不同，但总而言之，都是不应该死，死得不寻常的，因此叫做横死。
这便「是」「如来略说」的「九种」「横死」；「其余」尚「有无量」无数的「诸」种「横」死，此处「难」以一一「具说」。救脱菩萨所开导的延命方便，即是专为拯救这些将遭横死的众生，因其寿命未尽，若能如所指示各项办法去修持，依药师如来慈悲愿力的加被，是可以挽救的，但如年老寿尽，则死数已定，佛菩萨也难能为力。
丙三 结劝修度
复次，阿难！彼琰魔王主领世间名籍之记。若诸有情，不孝五逆，破辱三宝，坏君臣法，毁于性戒，琰魔法王，随罪轻重，考而罚之。是故我今劝诸有情，然灯造幡，放生修福，令度苦厄，不遭众难。」
救脱菩萨代佛弘传的消灾延寿法门，主题到此已经说完，现作总结，劝告大众修持，以期度脱苦厄。
救脱菩萨又说：「阿难！彼琰魔王主领世间名籍之记。」上说琰魔王是地狱主，这裡又说他是主领世间的名籍，似乎有些出入。琰魔王实只是主管世间的罪恶众生，作善的，往生净土或生天国，根本不经地狱，他实管不到。名籍之记，以现代话说，即登记众生犯过的名籍簿。「若诸有情」，作种种重罪，如「不孝」，即对于父母不予奉养，或随便辱骂殴打。父母——特別是母亲，更是恩重如山，十月怀胎，三年乳哺，移乾就湿，咽苦吐甘，经过千辛万苦，才渐抚育成人，不知报恩，反而做出不孝行为，真是罪不可逭！「五逆」：一、弑父。二、弑母——这比不孝父母，罪更严重。三、弑阿罗汉，即杀害出世圣者。四、出佛身血，如佛在世时，提婆达多推石害佛，令佛足伤破出血。五、破和合僧，即挑拨和合僧团，使原来和乐清净的大众，發生磨擦，隔膜，彼此烦恼，不能安心办道。一切罪恶，以此五逆为最重。还有「破辱三宝」的，对佛法僧或加侮辱，或广为宣传毁谤，或破坏寺院佛像，焚烧经书等。「坏君臣法」，君主为国家元首，即是代表国家，故对君应尽忠，若不忠而倒戈叛乱，即名坏君臣法。「毁于性戒」，杀盗淫妄为性戒，受戒或不受戒，犯了皆有罪过。「琰魔法王」依据名籍簿的记录，「随」众生犯「罪」的「轻重」，按法「考」问审讯，「而」加以应得的处「罚」。如犯以上所举出五逆不孝等罪的，即堕地狱。最后救脱菩萨提示道：「是故我今」力「劝」一切「诸有情」，依照上面开示的方法，一面散花、烧香、「然灯」、「造幡」，恭敬供养如来，以及「放生修福」；一面精进称念药师如来，诵《药师经》，發露忏悔。仗此功德福力，当可「令」其「度」脱一切「苦厄」，而得消灾延寿，「不」复「遭」受「众难」的困恼。
乙三 药叉誓护
尔时，众中有十二药叉大将，俱在会坐，所谓：宫毘罗大将，伐折罗大将，迷企罗大将，安底罗大将，頞儞罗大将，珊底罗大将，因达罗大将，波夷罗大将，摩虎罗大将，真达罗大将，招杜罗大将，毘羯罗大将。此十二药叉大将，一一各有七千药叉以为眷属，同时举声白佛言：「世尊！我等今者，蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有恶趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至尽形归佛法僧，誓当荷负一切有情，为作义利饶益安乐。随于何等村城，国邑，空闲林中，若有流布此经，或复受持药师琉璃光如来名号恭敬供养者，我等眷属卫护是人，皆使解脱一切苦难；诸有愿求，悉令满足。或有疾厄求度脱者，亦应读诵此经，以五色缕，结我名字，得如愿已，然后解结。」
当救脱菩萨详尽阐述了消灾延寿的药师法门之后，就有很多深受感动的药叉大将及其眷属，同时發愿护持此法。药叉，有的译为夜叉，系鬼趣所摄，力量极其强大，印度民间对它的信仰，至为普遍而深固。药叉多住在天上，或深山穷谷，偏僻海岛，或游离虚空，行迹不定。我国道士，炼丹修道而得飞升，情形与它有些类似。药叉的性情不一，有的穷凶极恶，有的善良和顺；如护持佛法的，即是温纯而善良的药叉。在佛教的护法神中，它占有很重要的位置。像四大天王中，手执宝剑的那位毘沙门天王，便是药叉群裡的首领。药叉的性別也有男女，中国人以为母药叉丑陋而凶恶，故每以母夜叉形容泼辣的女人，其实男性药叉才真丑恶难看，女药叉则多半生得如花似玉，天女一般的美丽。现今所说，即是指对于佛教有信心，热忱护法的善良夜叉。
救脱菩萨的开示告结束「时」，在大「众中」，「有十二」个「药叉大将，俱」參预药师法「会」，静「坐」谛听如来说法。在毘沙门天王统摄下的药叉，部属很多，而这十二位为领导者，故名大将。现依其名次，略为解释：(一)、「宫毘罗大将」，义译为蛟龙，顶有金龙相。它住在王舍城的一个山上，与佛教有密切关系，可说是最有功绩的一位护法药叉。佛在世时，它以赤诚心，处处护法。有一天，释尊从灵鹫山麓经过，提婆达多暗中由山顶推下一块大石头，想击害释尊，为宫毘罗所见，连忙用金刚杵迎击，巨石便即粉碎，仅一小块落在佛趾上，微微破皮出血。由此一例，可见它对佛法的忠诚！(二)、「伐折罗大将」（金刚），(三)、「迷企罗大将」（金带），(四)、「安底罗大将」（破空山），(五)、「頞儞罗大将」（沈香），(六)、「珊底罗大将」（螺发），(七)、「因达罗大将」（主），(八)、「波夷罗大将」（鲸），(九)、「摩虎罗大将」（蟒蛇），(十)、「真达罗大将」（一角），(十一)、「招杜罗大将」（严炽），(十二)、「毘羯罗大将」（工艺善巧）。
「此十二」位「药叉大将，一一各」统摄「有七千药叉」「为眷属」，他们都来參加法会。据药师仪轨说：一年十二月，每天十二时辰，由每一药叉大将轮值守护。然另有更深的意义，即药师如来成就了十二大愿，因有十二药叉大将，每一药叉为每一大愿的象征；也可以说，十二药叉即等于药师如来的化身，以现药叉身而推行佛法。佛现佛相，是解脱相；现菩萨相，是慈悲相；现金刚、药叉相，表示威严勇猛，能降服一般刚强难调的众生，及能摧毁一切邪魔外道。所以金刚、药叉的形像，总是竖眉怒目，显出凶猛可怕的样子。
十二药叉大将各领七千眷属，「同时举声」向「佛」宣誓说：「世尊！我」们「今」天能够「蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来」的「名号」，便「不」再感「有恶趣」的恐「怖」了。闻佛名号，一面是宿植善根，一面要承佛威力加被，否则是听不到的。药师如来有无量功德，无边行愿，只要一闻其名号，即可罪障冰除，福慧增长，所以药叉们闻了药师圣号，便没有再生恶趣的恐怖了。药叉属鬼趣所摄，侭管福报大，力量强，但到底离不了恶趣（鬼为三途之一），仍然要感受恶趣的苦痛；今闻佛圣号，不但身心安宁不复恐怖，且得于佛前發愿护持佛法，培植善根，来生解脱恶趣。像在黑暗中摸索而恐惧的孩子，只要听到母亲的音声，一切恐惧心理便可解除，而能勇往直前，奔向光明的坦途。药叉听到药师如来的圣号，蒙受佛力加被，佛光惠照，顿息恶趣的恐怖，此恩德是多么深厚呢！药叉神将为了表示报答佛恩，故禀告佛说：「我等相率，皆同一」条「心」，自今而后，「至尽形」寿而死，「归」依「佛法僧」三宝，并且發「誓」，要「荷负一切有情，为作」种种「义利」，令其脱离苦厄，「饶益安乐」。受了佛的慈济，知道佛法的好处，而發心归依三宝，利济有情，这原是应该的。可是我们人类，有的比药叉还不如，听闻如来的胜法，得到佛法的好处，而却不能發菩提心，利乐众生，甚至皈依三宝，也不能切实办到；人而不如鬼趣的药叉，说来是够惭愧的！药叉發心护持佛法，利益众生，并不是在佛前说说而已，而且在行动上要有所表现，所以说：「随于何等村」庄、「城」市、「国」都、县「邑」，甚至「空闲」的树「林中」，「若有流布此」药师「经，或复受持药师琉璃光如来名号」，或设种种供具，「恭敬供养」药师如来，「我等」药叉大将，及所有「眷属」，一定经常「卫护是人」，「使」他们「解脱一切苦难」，而「诸有」情的「愿求，悉令满足」。如「有疾」病「厄」难而「求度脱」的，「亦应」一心「读诵此经」；同时，要「以五色缕，结我」们十二药叉大将的「名字」，等到病苦灾难解除，「得如愿已，然后解」开缕「结」。这是祈求消除病难的一种特殊方法。关于打结，向来有两种说法：一说用五色丝线织成十二个药叉大将的名字；一说称念一位药叉大将的名字，就用五色丝线打一个结，如次念十二名字，打十二个结。两者比较起来，后说简便而近情。这打结办法，可说是一种互通信息的工具。在没有文字之前，古人都用打结记明事物；發生一件事情，打一个结，看结就晓得什么一回事。药叉沿用此法，教众生遇灾难时，念它名字打一个结，他就知道前来护持。又如现代遇急难时，打一通电报或写一封快信给朋友，他便会赶来援救。所以念一大将名字打一个结，即是请其护持的表示。待病患痊愈，厄难息除，然后将结解开。
尔时，世尊赞诸药叉大将言：「善哉！善哉！大药叉将！汝等念报世尊药师琉璃光如来恩德者，常应如是利益安乐一切有情。」
释迦「世尊」以药叉们能够如此發心护法，利济有情，极为难得，故称「赞」他们说：好极了！好极了！「大药叉将！汝等」能知「念报世尊药师琉璃光如来」的慈济「恩德」，确实「常应如是利益安乐一切有情」！佛弟子中有两类人：一是报佛恩的，一是欠佛债的。佛的教诲，原是一面修行了生死以自利，一面济度众生以利他，但有一分学者，却只顾到自了生死的一边，而不管众生的苦难，这叫不知报佛恩的负欠佛债者。另有一分弟子，能畅达如来本怀，不但要求自了生死，而且处处以救度众生为前提，切实表现自未得度先度人的精神，这即知报佛恩。我们学佛，应该学报佛恩，切勿作一欠佛债者！
甲三 流通分
乙一 阿难问名
尔时，阿难白佛言：「世尊！当何名此法门？我等云何奉持？」佛告阿难：「此法门名说药师琉璃光如来本愿功德；亦名说十二神将饶益有情结愿神咒；亦名拔除一切业障；应如是持。」
正宗分已讲完，现说流通分。即为了使此正法，透过悠久的时间，广大的空间，永久而普遍，流化不绝。先是阿难问名，即请示经题。题能摄义，有了经题，才能把一部经的要义统摄起来；令人一望经题，便可了解其中要义。又题为全经要领，有经题，才易于记忆受持。
当释尊称赞药叉大将的护法胜举之「时」，「阿难」即向「佛」请示道：「世尊！」应「当」以「何名」称，称上来所说的「此」一「法门」？「我等」弟子及末法众生，应当「云何奉持」？于是，「佛告」诉「阿难」：「此法门」有三个名称：一、「名说药师琉璃光如来本愿功德」，即此经通用的题名。二、「亦名说十二神将饶益有情结愿神咒」，即药叉誓护一节；因其灵感神速，故名神咒。三、「亦名拔除一切业障」，众生的种种灾难，即过去与现在生中业障所感，现受持此药师法门，便可拔除一切业障，而得消灾免难，植福延寿，故得此名。「应如是持」，即是说：牢记此三个经题，依其意义的提示，去恭敬受持。
乙二 大众奉行
时薄伽梵说是语已，诸菩萨摩诃萨；及大声闻；国王、大臣、婆罗门、居士，天、龙、药叉、健达缚、阿素洛、揭路荼、紧捺洛、莫呼洛伽，人、非人等，一切大众，闻佛所说，皆大欢喜，信受奉行。
这是大众奉行，佛说完每部经，都有此一段。
当「时，薄伽梵（世尊）说」完此经，在座的「诸菩萨摩诃萨，及大声闻」众，还有「国王、大臣、婆罗门、居士」等人众，和「天、龙、药叉、健达缚、阿素洛、揭路荼、紧捺洛、莫呼洛伽」等非人众。天、龙、药叉三名，上已解说过。健达缚，即乾闼婆，是一位天乐神，诸天有了盛会，均由祂奏乐，可说是天国的音乐家。阿素洛，即阿修罗（解释见上文）。揭路荼，即迦楼罗，系一大鸟，因其翅膀金色，也名金翅鸟。此鸟身体极为庞大，中国庄子说有大鸟，能高飞九万里，似乎即指此鸟。紧捺洛，即紧那罗，它也善歌能舞，唯头生一角，究竟是神是人，令人莫辨，故名为疑神。莫呼洛伽，即摩睺罗伽，是大蟒蛇。如此「人（国王大臣等）、非人（天龙八部）等，一切」在会「大众，闻佛所说」的微妙法门，个个「皆大欢喜，信受奉行」。
一切佛法，不是听过或知道就算了事，必须以信心去接受，去领略。佛说『若有信心得欢喜』，有清净信心，才能深切地理解佛法，知道佛法的广大利益，而把自己的身心，陶融于无边法喜之中！像上面药师法会的听众，无论是声闻众、菩萨众，或是人天众，都充满了法喜。这因为，他们都具有纯正而坚强的绝对信心；以此信心领受高度的法乐，然后才能切实依教奉行。我们修学佛法，应该如此，对于自身才有真实受用；对于佛法，也才能永久流传下去，不断饶益众生。现在，这《药师经》讲完了，希望大家也生清净心，欢喜心，依著经中的指示，信受奉行！才不辜负药师如来的大悲愿，和我们幸闻佛法的此生！
校注
【经文资讯】《印顺法师佛学著作集》第 4 册 No. 4 药师经讲记
【版本记录】發行日期：2022-01，最后更新：2021-12-09
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内容源自：漢文大藏經，繁转简后提供
本经全文，分三大科：即缘起、正宗、流通三分。叙述佛说此经的因缘，是缘起分。由此而引起开示全经的中心主题，为正宗分。佛说法，不但是为了当前的听众，且远为未来的众生，所以还要嘱咐流通，化化不绝，是流通分。
缘起分中，又分叙事证信与礼请起说，通常称为通序与別序。叙事证信，是叙述佛在何时何地为何等人开示此一法门，以及当时在场听众共有若干，以表示结集经典的人，确曾从佛听来，不是妄自杜撰，这才能取得后人的信仰。《大智度论》说：『说方、时、人，令人心生信故。』如现代的会议记录，必记下时间、地点、出席人数及其议案，以示有史实可稽。佛教圣典，不像外道经书，说不出出处，而假借以天降，或是从山洞裡得来，甚至说是由乩坛裡扶乩得来！
「如是我闻」，明所闻的法门。是说：如此之法——这部经典，是我（结集者）亲自听来的。这是佛入灭后，弟子结集经典时所按的。佛当时说法，不像现代有笔记或录音，大家都是从佛那裡听来的；在结集时，阿难或其他同人，不管结集到那一部经，开头总是说『如是我闻』，用以表示从佛得来。这本是浅而易懂的，然古德每每因浅解深，所以有很多解释。现在简单地说：如，约义理方面说，佛所说的，是不异法，其义理绝无两样，所以称如；而显义文字，能恰当地吻合义理，故说是；文义都正确而无差错，名为如是。闻本是耳闻，但仅依耳根，实不能成闻，必须有意识以及其他因缘同时俱起，才能發生听闻了解的功用。依世俗谛说，六根六识的总和，假名为我；假我是总，根识是別。所以现在废別立总，不说耳闻而说我闻。
或许有人發生疑问，以为佛法既说无我，此中为什么又说我闻？世人不明佛法，發生这类的疑难，著实不少。从前有位聪明小沙弥，读诵《心经》，读到『无眼耳鼻舌身意』时，不觉怀疑起来，就到师父那裡，摸摸自己的眼睛、耳朵、鼻子，问师父是什么？师父说：眼睛、耳朵、鼻子都不知道吗？他说：既然我的眼睛、耳朵好端端的，为什么经裡说无眼耳鼻舌呢？结果师父也无从回答。又古代有位德山法师，善讲《金刚经》。他背著《金刚经注疏》去參访，路旁见一老婆婆在卖点心，便歇下来，打算买些点心充饥。老婆婆问他包裡是什么？他说是《金刚经疏》。老婆婆又问：《金刚经》说『过去心不可得，现在心不可得，未来心不可得』，那你到底想点的那个心？德山无以为答，便把经疏烧掉。
佛经说无眼耳鼻舌身意，说三心不可得，而事实上，这种种（根）身心之法，却又显然而存在的；同样地，佛法侭管说无我，而在世俗谛中，因缘和合的假我，却又是不可否定的。这在一般人似乎是矛盾而不可理解。须知五蕴假合的我，与空无我性的我，其含义是迥然不同的。我们的意识中，总觉得有个我，运动于时空中，而且是常住不变、独立而自主存在的。这样的我，是神我，自性我，佛法否定了它，所以说无我。因为从头至足，从物质到精神，任凭怎样去寻求，都没有丝毫的自性可得，故『无眼耳鼻舌身意』，『无我无众生』。然而五蕴和合，心身所起的统一作用，却是有的，虽有而如幻如化；这幻化不实的和合相，即假名为我。假名我，不但凡夫有，即声闻圣者也无例外。有人问佛：阿罗汉可否说我？佛说：可以。假我虽有，但不同凡夫错觉中的实我，和外道妄执的常我、神我。明乎此，佛法的说我与无我，说眼耳鼻舌与无眼耳鼻舌，并不矛盾，于真俗二谛，才能融通无碍。
「一时」，指说法的时间。这是从法会开始，到法会圆满的那一个时候。所以不说某年某月某日，因为佛法要流传到各国去，各地的时间不同，如中国夜间九时，美国便是清晨了；又如阴历阳历，也相差很远，实在无法确指，所以只泛称一时。
「薄伽梵」，是佛陀的尊称，义译为世尊，指说法主——释迦牟尼佛。因含有吉祥、端严、炽盛等多义，所以多含不翻，仍保存它的原音。今就其本义，略述两点：一、薄伽梵是巧分別：佛能善巧分別诸法相，即对宇宙人生的真相，无不彻底通达，了了明达，虽说一切法相，而不违第一义谛，故称为巧分別。二、能破：众生无始以来，受了根本无明以及种种烦恼的蒙蔽与缠缚，从来没有获得真正的解脱和自由；小乘声闻，大乘菩萨，虽都在解脱道上，但尚未到达究竟目的。唯有大觉佛陀，彻底断尽一切无明烦恼，证得一切智智，真正获得了大自在，大解脱，所以尊称佛为薄伽梵。
「游化诸国，至广严城，住乐音树下」。这是说法的地方。佛陀，永远是顾念著众生的苦厄和灾难，所以经常的往来恒河一带，游行教化，使无量无数的苦恼众生，都能沾法雨的润泽。不但佛陀如此，即当时的佛弟子们，也都经常到诸方去游化的。后代的出家佛子，每欢喜坐化一方，这容易發生问题。因为一地方住久了，渐渐就把寺院，产业，甚至佛教信众，看作己有。同时，资生物件也越来越多，贪染心也便越加滋长，不知觉地陷入利欲深渊，而不能自拔。故为利济众生想，节制自我的私欲想，佛陀特別注重游化诸方。广严城，是梵语毘舍离的义译。因为土地广，文化高，物产富，人民的生活都安乐舒适，故名广严。据今学者考证，此城在恒河以北巴特那地方。广严城是总名，佛住的地方，是城外郊区的乐音树下。佛说法没有一定的处所，有时在庄严宽敞的大厦，有时则在幽静的树林间。此地所说的乐音树，不止一棵两棵，应该是乐音林。因为树多，大家坐在林下听法。微风吹动枝叶，便作种种自然音声，犹如奏乐，所以叫做乐音树。