大雄宝殿

计五间。高四丈七尺，纵六丈七尺，广八丈七尺。重簷结角，金碧流辉。外游廊之前，中堦九级。明堂深四丈九尺，广八丈六尺五寸。上梁时，老人陞座云：「托出脊梁横法界，大开眼目耀乾坤，都卢一座空王殿，百万四千解脱门。正当与么时，撑持者撑持，葢覆者葢覆，且道阿那个作得其中主？」良久云：「儿孙卓立如麻粟，没量大人独个尊。」

旧天王殿

在放生池南，今废。

法堂

计五间。高三丈有六，广八丈，深七丈。乙卯岁，僧兴寿等建为殿。庚辰春，复改为法堂。

禅堂

在阁下西廊之后。纵五丈六尺，广六丈二尺。有嘲者云：「和尚不可以经阁混为禅堂。」师云：「这裡甚么所在，许你分经分禅？苟悟一椎两当，则千七百个古锥、三藏烂熳葛藤无地可寄矣！」

学事堂

在钟鼓楼下，计三间。

云水堂

在山门左。

应供堂

在东廊后，计三间。高二丈有八，广六丈有六，深六丈有三。师示众云：「法眼圆明，日费千金非分外；偷心不死，时尝滴水也难消。」

藏阁

在殿右，计五间。高三丈有五，广六丈有二，深五丈有六。八闽中藏阁甚多，奉特赐者甚少。惟黄檗僧兴寿、兴慈，成中天老人之志，叩阙坚请。乙卯岁，蒙神宗皇帝特差内监王公賫送至山，有勅书一道云：「勅谕福建福州府福清县黄檗山万福禅寺住持僧人正圆及僧众人等。朕發诚心，造印佛大藏经，颁施在京及天下名山寺院供奉。经首护勅，已谕其由。尔住持及僧众人等，务要虔洁供安，朝夕礼诵，保眇躬康乐，宫壸肃清。忏已往愆尤，祈无疆寿福；民安国泰，天下太平。俾四海八荒咸归仁慈善教，朕成恭己无为之治道焉。今特差御马监太监王举，賫请前去彼处供安，各宜仰体知悉。钦哉！故谕。」戊寅春，诸绅士请师开阅。师上堂开阅竟，复说偈云：「四十九年烂葛藤，看来真个可怜生。大家出手俱翻却，始信共途不共行。」

钟鼓楼

在藏阁右，计三间。高三丈五尺，广四丈八尺，深五丈六尺。内悬铜钟一口，重千斤，庚辰仲冬铸，系监寺能得募。请师说偈，云：「黄檗铸铜钟，虚悬释梵宫，千觔乐信施，万古醒迷蒙。器大奚愁晚？韵高谁与同？婆娑真教体，尽在此声中。」有大鼓一面，系鳌江佩玄林檀越施，以配洪钟。禅林礼乐由斯备焉。

刷印楼

在藏阁上，凡法宝新旧板俱在此楼。递年刷印者住焉则有《黄檗希运禅师心要》一本，《白云端禅师语录》一本，《虎丘隆禅师语录》一本，《三教平心论》一本，《天童老和尚语录》全部，《费隐容和尚语录》二本，《祖庭钳鎚录》一本，《心经斵轮解》一本，《禅灯世谱》二本，《禅关策进》一本，本山隐元和尚《语录》全部、《又录》二本、《云涛集》一本，《宝训》一本，《石屋语录》一本，《庞居士语录》一本，《梵本普门品》一本，《梵网经》二本，梵本《药师经》一卷，《四十二章经》一本，《禅林课诵》一本，《毗尼日用》一本，《小法数》一本，《四分戒本》一本。板藏于斯，永为流通。

库司楼

在应供堂傍，计三间。广四丈三尺，深六丈三尺，高二丈六尺。

东廊

从下至上计一十二丈二尺。

西廊

如东。

首座寮

在方丈右。

西堂寮

在首座寮右。

书记寮

在方丈左边。

知客寮

在择木堂右边。

化主寮

在择木堂左。

典座寮

在香积左。

杂务寮

在山门右。

什物寮

在三门右。

行堂寮

在下客堂左。

米房

在行堂寮左。

碓房

在米房左。

茶房

在择木堂左。

小菜房

在香积右。

园房

在库司楼左。

田房

在浴堂右。

圊房

在浴堂后。

浴房

在田房左。

直牲房

在牛房右。

牛房

在直牲房左。

三门

在大殿前。高二丈八尺，广五丈四尺，深三丈八尺。门旁有青石阃，联云：「千古吉祥临万福，九重紫气葢三门。」

环翠亭

在外拱桥东首。扁系朱晦翁书。今废。

纪游亭

距外拱桥左半里许。内有石碑，载叶相国诗。

茶亭

在狮子峰前。寺路由此而进。

作霖亭

在龙湫上。今废。

内三树桥

在三门前。右有甘棠三树，郁翠盘葢其上；流泉漱石，清音朗朗于下。前有石凳三面，名曰「三树桥」。檀樾林伯春坐息其间，神情快爽，戏吟三字诗以美之。诗曰：

中木桥

在碾前二十余武。有二石人立焉。

外拱桥

在桑池园西，即古山门旁。有勒石碑，载宋时僧妙湛募化。

新坝

在三门东南，与三树桥平列。崇祯甲戌始筑，为内堂水口。高一丈三尺，阔四丈，长六丈余。山门通道于寺右。

塔前碾

坝东二十余武。

水碓

在大溪坝上百余武，今废。臼尚存江家门口。

水磨

在水碓上，今废。

化人台

由绛节峰分枝而下，距寺二里许江书院北。现有迹存焉。

狮子庵

在狮子峰间，因峰而得名。自外拱桥东去一里许。旧传金长者之宅，辛卯春赎囘。背负狮子，面对佛座，群峦拱翠，碧水环流，如拖毬状。虽形胜之说，释氏不道；而地灵人杰，得无有返掷狮儿出现于世者乎？故师有「坐对金僊谈主伴，卧闻狮子吼风雷」之句。乾隆间，界泉尊　、道暹和尚、道昱首座重建。

翠竹庵

在寺龙臂后仑中，庚寅春始搆。环围翠茂可观，亦卫寺之嘉气，所谓居不可无竹也。此君虚心待物，永夜达旦，吟风嘲月，冷冷成韵，讵假香岩击节而后有声哉？无价赵居士登此，则云：「天风坐笑语萧萧，玉版山中频见招。忽忆香岩家里事，竿头一击便通霄。」

梅福庵

在四潭塔右仑，去寺四里余。戊寅冬，修中天祖塔，始创三间一偏。内祀中天祖并诸耆旧牌位；旁立一碑，聊敍祖之始末。游者沿溪鸟道而上，丹崖插汉，峭壁凌空。悬流玲珑，大畅胸襟。偶触其机，词锋顿發。围梅百余株，每至雪嶂流辉，清香扑鼻，可谓名实不虚。故师咏之曰：「素性天然洁，临霜志愈贞，破颜微冷笑，十里净无尘。」

万松庵

在佛座峰间、必翁塔前，一名熨斗山卧云庵。计三间两偏，东西两坑计田十亩。其山塲环绕一派，东至茶亭下，南至佛座山下头陀庵止，连桐管坑田下为界；北至寺案，西连大小帽。自崇祯丁丑岁，周围栽植松柏数万株，今已成林，改名万松庵。偈曰：

白马庵

在狮子峰东，距寺三里余，旧曰白马庙。始京师以白马名寺，以其䭾经西来，有功法门；故此亦以白马名庙，袭其迹也。寻庙废为民宅，辛卯春赎囘。一围五亩余，计五间，改庙为庵，以存故事。右角廿余武，即报恩寺旧址，有石𥕢在焉。

水月庵

去寺一里余，在吉祥峰之右，其山地乃檀越林结夫所施。辛卯春，始搆为庵，三间一偏。枕佛座，濯清溪，紫微影护，罗汉来朝。钵盂、天柱、屏障、宝峰、狮子、香炉，罗列围绕，增万福之胜槩，畅达者之大观，名曰「水月庵」。后有大士应现，未可知也。(道光间，道本德庸公重建。)

三官庵(即闻香庵)

在水月庵右，香炉峰之后，去寺三里许。古祀三官处，寻废为埔地。戊子春赎囘，受种五亩余。后山三仑连熨斗，俱为寺业。己丑春，略搆一偏，以存旧迹。

绛节庵

去寺二里余。自寺西涧溯流而上，过石门而入焉。脉自罗汉峰左肩迢递而下，如绛节状，故以峰得名。庵居峰之右，亦以峰名之。建自壬辰季春，三间一偏。前有报雨、五云，后得绛节飘扬，故有「岳献五云供法眼，天垂七宝葢真人」之句。

紫微庵

在紫微峰下，去寺五里许。沿马鞍而上，至天柱峰腰而下，葢宝峰、天柱之间。壬辰春，僧无尘结茅于此，日以采薇当供，夜则禅静而乐。群峦拱翠，万壑呈祥。紫气迫人，通身锦绣。山花映日，遍体文章。鸟鸣丹壁，水奏清溪。一曲两曲无人会，惟许幽人独自知。

弥勒庵

在狮子峰尾仑，狮庵左畔数十武，前后五间。嘉庆丁卯，道升公首座重搆前隖一偏，背岏巑而迤古道，临畧彴而瞰清流。薜荔烟萝，扶踈绕屋，柟楠露筿，逦𨓦垂垣。不殊兜率陀天，崇祀阿逸多佛。有句云：「放下肚皮笑，笑几家邨落；解开叉口包，包数里谿山。」当来定有补处菩萨，下生应现其间。

崐仑庵

在牛颓洋中，去寺里半之遥。乾隆乙酉，昙会禅宿、瑞英公西堂鼎建。佛座、香炉西耸，象峰、狮岫东环。紫甸朱埢，纵横映带；乌潭碧溆，左右溁洄。陟岑楼，披綉闼，山原广厥遐瞻；临绀宇，启玄扃，川泽盈其胜赏。白云半坞，古德宗风；明月前溪，作家境界。亶其然乎？信足乐也！

塔庵

在下棋垅之麓、公妈塔左侧，离环翠亭一牛㖃地。供普陀大士，旁列诸上善人牌，并熨斗万松庵、报恩塔总套。年节晨昏，香火罔替。门通曲径，室倚层峦。日出而林霏开，人来人去；云归而岩穴暝，樵唱樵歌。野色山围，松送瑶笙雅韵；石头路滑，笋藏玉版禅机。道光癸未，崇暟禅德、思琏师重整。

松隐堂

在荔湾墩北、纪游亭东去半里许。康熙间，良规公开剏，为本师隐元老人舍利齿发塔院，并祀奉真像。春霜秋露，虔申追远之忱；夕梵晨灯，用达酬恩之悃。嘉庆乙丑，继宗和尚、监寺永悦师鼎建西偏数间，以为香积、湢溷、寮舍。狮峤左回，田畴绮错；象峰后乐，涧壑环萦。列𪩘云开，屏障画图缭绕；前岗日映，香炉烟篆氤氲。花雨盈庭，山色香凝霞磴；松风隔陇，涛声翠绕云堂。天宝物华，法乳联芳八表；地灵人瑞，宗猷丕振千龄。诚窣堵之名蓝，福唐之胜概也。

黄檗塔院

在下棋垅。宋太平兴国元年建。以衰乱故，江氏从而宅。左右现存塔五座，内有古井一口。

报恩塔院

在香炉峰前莫氏宅右。宋建炎间建，今废。现存大井一口，井栏勒石可据。

东岳塔院

在南阳庄左百余武，今废。现存基一围五亩，丙戌年赎囘。

黄檗海塘

在井得、隆仁二里，东西　百五十丈，南北一百五十丈，陡门三间。洪武十四年本寺筑，灌官民田十五顷。今属民间。

南阳庄

在香炉峰前百余武，与鳌江林田舍共焉。以中厅为界，寺居右边，两房一偏；外护小屋一列，又北边另一座两偏。左右前后计田一百六十余亩。

监收僧良聪主之，调众有法，不失农时，虽歉岁亦有收焉。这一叚田地，分付来多少时也，把柄在手，任渠反覆。所谓「栽田博饭寻常事，不是饱叅人不知」。

何洋庄

在狮子峰外，土名何厝洋。今废为民居。

桃花坞

去寺二里许，即往龙潭路溪边是也。今废。

界内田

据传十二峰内外田地俱属寺业，以嘉靖倭焚，僧散不还。近民请受租税，久假不归，惜哉！

寺前田

自寺前旧址至樜仔里铁灶，共计三十四亩，隆庆间，僧中天于民间赎囘。又大桥外军民田八亩零，己丑年赎囘。

熨斗田

计十亩，坐佛座峰左右两坑。

梨洋田

计十亩，土名大潭口等处。

南阳田

计一百六十余亩。

黎湾洋田

计五十六亩。

牛队洋田

计二十亩余。

东满洋田

计一十三亩。

陈白洋田

计四十五亩。

郑渚田

在苏溪里渔浦南濒地也。唐天宝中尝为田，后废。至宋天禧间，僧履元重堤之。长二百二十丈，址广三丈，高一丈二尺，陡门十四间，望若长坂焉。今稍坏，亦属民间。

桑池园

下棋垅西原有池园，今为埔地。现存有祖塔三座，已受塔禁。未丈地五亩，东至下棋垅，西连寺龙臂，南至田，北连水枧坑。前里长陈大绶册据。

熨斗园

计六亩，在报恩塔前。

埢头畬园

计五亩。

铁炉墩园

计四亩。

三官垅园

计五亩。